Первые доминиканцы одержали несколько впечатляющих побед, но еще до поражения Амори де Монфора было очевидно, что их влияние на сплоченные ряды катаров было незначительным, гораздо ниже ожиданий первых оптимистов-проповедников. В менее жестокой атмосфере результат мог бы быть совсем другим. Но хотя сам Доминик был способен извлечь уроки из миссионерских успехов катаров, его последователи, в большинстве своем, таковыми не были. Они часто разжигали ту бескомпромиссную ненависть к ереси, которая не оставляла места для примирения и укрепляла подвижные границы зон влияния религиозных сект. Именно "проповедники" весной 1211 года убедили лидеров крестового похода отказаться от всего, что предлагал им Раймунд VI, что вызвало серьезные опасения у некоторых северян и затянуло войну на восемнадцать лет.
Первый совершенный катар был сожжен в Кастре в сентябре 1209 года под личным руководством Симона де Монфора. Уничтожение нераскаявшихся еретиков следовал за каждой победой: 140 при Минерве, 300 при Лаворе, 60 при Ле-Кассе, и бесчисленное множество других, пойманных и сожженных группами, слишком маленькими, чтобы их заметили хронисты крестового похода. Выжившие бежали перед солдатами Симона, как полевые мыши перед жнецами, в постоянно уменьшающийся уголок высокой травы. Первым их побуждением было направиться в недоступные горные замки Корбьера и Монтань-Нуар. В 1209 году сообщалось, что в Рокфоре скрываются 300 еретиков. Но в 1210 и 1211 годах старые владения Транкавелей были основательно колонизированы и заселены, и немногие из тех, кто там остался, выжили. Некоторые бежали в Тулузен, где Симон настиг их в 1211 году. Те, кто укрылись в самой Тулузе, продержались дольше, но единственным спасением было постоянное передвижении. Через тридцать пять лет после начала крестового похода Арнод де Ламот, уроженка Монтобана, поведала тулузскому инквизитору историю своей беспокойной жизни, бегства перед чередой католических армий. В 1209 году она жила в доме совершенных в Вильмюре, небольшом городке на реке Тарн, где она и ее сестра недавно получили consolamentum. Затем, в июне 1209 года, произошла неудачная экспедиция в Керси, возглавляемая архиепископом Бордо. Катары из Вильмюра были охвачены паникой, в то время как крестоносцы были еще в шестидесяти милях от них, и оставили свой город в огне. Они отправились сначала в Рокмор, затем под проливным дождем в Жирусанс и, наконец, в Лавор, где вскоре появился поток беженцев из долины реки Од. Арнод оставалась в Лаворе до осени 1210 года, когда она бежала в Рабастенс, поняв раньше своих товарищей, что крестоносцы, уже захватившие большую часть южного Альбижуа, нанесут следующий удар по Тулузену. Она провела в Рабастансе год, но в мае 1211 года город открыл ворота перед крестоносцами. Арнод успела уехать. После нескольких месяцев скитаний она вернулась в свой родной город Монтобан, где в 1212 году отказалась от своих заблуждений и была примирена с Церковью епископом Каора. Она спокойно жила в Монтобане до 1224 года, когда после окончательного поражения Амори де Монфора услышала проповедь катарского дьякона и решила вернуться к своим старым убеждениям. Когда дьякон покинул Монтобан, он взял Арнод с собой, вместе с ее матерью и сестрой. Они прожили некоторое время в Линаре, а затем перебрались в Лавор, где три женщины снова получили consolamentum. В конце 1224 года они возобновили свои скитания, передвигаясь для безопасности по ночам в сопровождении сочувствующих местных проводников. В следующие два года их можно было встретить в Мозаке, Жюле, Кларете, Ланта и Таравеле, где они редко оставаясь на одном месте более месяца. Наконец, когда Людовик VIII прибыл в Авиньон в 1226 году, они бежали в Тулузу, где поселились под защитой известного дворянина-катара Аламана де Руа.
У Арнод было больше шансов сбежать, чем у руководителей ее Церкви, чьи личности были хорошо известны и которые для своего спасения были вынуждены полагаться на сложную сеть тайных путей и убежищ. Гилаберт де Кастро, который впервые появляется в хрониках как противник в диспуте со Святым Домиником в Монреале в 1207 году, активно действовал на протяжении всей войны, проводя consolamentum и проповедуя широко рассеянной пастве. В 1209 году ему пришлось оставить свою базу в Фанжо и перебраться в более безопасный Монсегюр, но это мешало ему наносить краткие визиты в большинство тулузских городов. Во время долгой осады Кастельнодари в 1220 году он незаметно пробрался через линии армии Амори де Монфора, чтобы продолжить свою миссию в окрестностях. Три года спустя, будучи катарским епископом Тулузы, он смог провести более или менее публичное собрание около сотни видных катаров в Пьёс, всего в двенадцати милях от штаб-квартиры Амори в Каркассоне. Даже в долине реки Од, где Церковь искоренила почти все следы ереси, после ухода Амори катары вернулись вместе с файдитами.
Католические власти в ответ начали с создания примитивной полицейской системы. В 1227 году Собор в Нарбоне приказал епископам назначить в каждом приходе дознавателей (enquirers), которые должны были сообщать о тайных делах своих соседей. Против дисциплинированных и находчивых общин еретиков подобные меры предсказуемо оказались безуспешными. Парижский договор ознаменовал резкое изменение политики, но не произвел особого впечатления на катаров. Раймунду VII предписывалось проводить "тщательные расследования" с целью ареста и наказания еретиков, и Романо Франджипани посетил Тулузу в ноябре 1229 года, чтобы проследить за исполнением этого требования. В результате появился громоздкий сборник правил, регулирующих преследование ереси. Собор епископов решил, что будут составлены списки всего взрослого населения каждого прихода, чтобы требовать клятв в ортодоксальности и отслеживать передвижения лиц скрывающихся от правосудия. Но этот амбициозный план, вероятно, был не под силу административным ресурсам Церкви и в любом случае ничего не добавлял к тому набору полномочий, которыми епископы уже обладали. Проблема заключалась в том, что епископы были не лучшими проводниками систематической кампании репрессий. У них были другие заботы, и они были бессильны за пределами своих епархий. Они были подвержены спорадическим вспышкам рвения, за которыми следовали длительные периоды бездеятельности, и им не хватало продуманной системы шпионажа, с помощью которой инквизиция должна была предотвращать рецидивы "раскаявшихся" еретиков. Раймон дю Фальга, сменивший Фолькета на посту епископа Тулузы в 1231 году, начал свое правление с драматической вылазки в Тулузу, где захватил девятнадцать еретиков, собравшихся ночью в лесу на богослужение. Все они были сожжены. Но на этом его решительные действия по искоренению ереси, похоже, завершились. Хотя Раймон дю Фальга был доминиканцем, он также принадлежал к тулузскому истеблишменту, был другом Раймунда VII и стремился им оставаться. Современник, обвинявший епископа в том, что он меняет курс при каждой перемене ветра, хорошо его знал.
К 1233 году несостоятельность правил борьбы с ересью, разработанных при участии Романо Франджипани, стала очевидной. Те чиновники, которые пытались их выполнять, часто встречали яростное сопротивление, а один из них был убит недалеко от Кастельнодари через несколько дней после отъезда легата. Профессор-доминиканец из университета Тулузы, утверждавший с кафедры, что еретики имеют возможность спокойно жить под носом у духовенства, был немедленно изгнан консулами. Тем не менее, существовало много доказательств в пользу его мнения. Проповедники катаров выступали перед большими собраниями в нескольких милях от городских ворот, а один из их самых влиятельных защитников, Бернард Отон де Ниор, все еще оставался на свободе через четыре года после того, как против него выдвинули грозный перечень преступлений против веры. Это дело стало унижением для Церкви Юга. Григорий IX лично вмешался в марте 1233 года и приказал арестовать Бернарда Отона и двух его братьев; и Раймунд, опасаясь, что за этим последует еще худшее, сразу же подчинился. Он созвал новый Собор прелатов и баронов, на котором был принят ряд суровых эдиктов против еретиков. Но граф опоздал, чтобы помешать Папе принять более радикальные меры. В тот же день в Риме Григорий приказал провести "всеобщую инквизицию" по всей южной Франции и поручил эту задачу не епископам, а доминиканцам, которые должны были действовать как агенты Святого престола. За исключением короткого промежутка времени в середине века, инквизиция оставалась в их руках до тех пор, пока ее дело не было доведено до победного конца.
