Когда истекло время траура по Федору (17 февраля), начались процедуры выбора нового царя. Патриарх Иов на своем подворье собрал совещание сторонников Бориса Годунова. Там были бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы. Присутствовали также некоторые младшие члены Думы. На соборном совещании было принято решение об избрании на трон Бориса Годунова. В то же самое время в Кремлевском дворце особое совещание по тому же вопросу созвало руководство Боярской думы. Вопрос престолонаследия был в компетенции Боярской думы, так как она была высшим государственным органом страны. Но в Боярской думе царили раздоры.
Занять царский трон желали не только Мстиславский и Романов, но и многие другие великородные бояре. Спорили до драки, но компромисса достичь не удалось. Поэтому решили, чтобы царская власть принадлежала всей Думе. От имени Думы к «народу» обратился лучший оратор дьяк Щелкалов. Но «народ» не одобрил такое решение, и затея лопнула. Ни Боярская дума, ни патриарх не смогли найти устраивающее всех решение. Осталась одна возможность — кто кого переплюнет в подкупе «народа» и очернении своих противников. Борис Годунов все это время находился в Новодевичьем монастыре. Сформированный Земский собор 20 февраля направил к Борису Годунову делегацию, а точнее шествие.
То что Борис Годунов отказывался от царского престола сплошная выдумка. Он занял царский трон как наследник и спокойно. Патриарх повел Бориса Годунова в монастырский собор и там нарек его на царство. Этот акт надо было оформить документально. Дьяки завершали работу над текстом утвержденной грамоты о соборном избрании Бориса на трон. Грамоту в законченном виде зачитали членам Земского собора. Все они поставили на ней свои подписи. Но грамоту должны были подписать и члены Боярской думы. Дума ответила невиданной интригой.
Случилось так, что крымские татары готовили поход на Русское государство. Борис Годунов считал своим долгом организовать оборону страны. Он считал это важным. Поход на татар возглавил, как и полагалось, глава государства — Борис Годунов. Полки были собраны к началу мая. Бояре должны были занять командные посты в воинских отрядах. Отказаться от обороны государства они не могли. Всё дворянское ополчение должно было собраться под Москвой. Годунов выехал в Серпухов, где формировались полки. В ожидании татарского войска русские отряды находились на Оке в полной боевой готовности. Одновременно военные воздвигли под Серпуховом целый город из белоснежных шатров. Были возведены невиданные башни и ворота. Когда стало ясно, что татары изменили свои планы и прекратили поход, Годунов снял войска и отправил их по домам. Но предварительно в военном лагере он устроил царский пир.
По традиции утвержденную грамоту должны были подписать члены Боярской думы. Присяга на верность новому царю всегда принималась в зале заседаний Боярской думы. При этом церемонией руководили старшие бояре. Дума всему этому противилась. Поэтому церемония была перенесена в церковь. Был составлен текст присяги. В нем содержался перечень обязанностей подданных по отношению к царю. Церемония венчания на царство Бориса Годунова проходила в сентябре в Успенском соборе в Кремле. Бояре вели себя двулично. Так, боярин Мстиславский осыпал Годунова золотыми монетами в дверях собора. Годунов обратился к присутствующим с краткой эмоциональной речью. Он сказал: «Отец мой, великий патриарх! Бог тому свидетель, не будет отныне в моем царстве нищих и бедных». Борис Годунов пообещал поделиться со всеми последней сорочкой. Он был искренен.
Царский пир на всю Москву продолжался двенадцать дней. За праздничным столом кормили всех. Для народа были выставлены большие чаны со сладким медом и пивом. По всей стране служивые люди получили вновь денежное жалованье. Борис Годунов пожаловал многим знатным дворянам высшие боярские и думные чины. Особых милостей удостоились Романовы и Бельский. Борис Годунов пообещал, что больше казней не будет, дал обет не проливать крови в течение пяти лет. Новый царь освободил столичных купцов на два года от торговых пошлин. Народ был освобожден от годовой подати. Сиротам и вдовам раздавали милостыню, платье и разные припасы.
Чем больше добрых дел делал Борис Годунов, тем больше раздражались бояре. Они стремились разными способами дискредитировать нового царя. Так, бояре постарались, чтобы за границей думали, что царь Борис уже убит своими подданными. Через полгода после коронации в Москве был созван новый Земский собор. Сейчас на соборе присутствовали все члены Боярской думы, дворянство, многие дьяки и приказные люди, стрелецкие головы, богатые столичные купцы, посадские старосты. Были представлены на соборе и представители провинции. Все челны собора подписали документ, по которому на царский трон восходил Борис Годунов.
Борис Годунов старался делать всё, что от него зависело, для того чтобы положение народа улучшалось. Однако годы его царствования совпали с общенациональной бедой. В 1601–1603 годах всю страну охватил страшный голод. Дожди и ранние морозы в течение двух лет подряд полностью истребляли все крестьянские посевы. Хлеб у крестьян быстро кончился. Голодающие ели лебеду и липовую кору. Очень многие в эти годы умерли. В летописи сказано, что за три года «вымерла треть царства Московского». По стране бродили шайки разбойников, которые грабили и убивали. Голодающие устремились в Москву. Царь Борис Годунов открыл царские житницы.
Голодающим раздавали хлеб. Однако запасы хлеба в Москве через какое-то время кончились. Годунов распорядился покупать хлеб и везти его в Москву. Но обозы с хлебом грабили выросшие как грибы шайки разбойников. Справиться с ними властям не удавалось. Считают, что в Москве от голода погибло не менее 120 тысяч человек. Именно разбойники обрекли на голодную смерть многие тысячи людей. В голодные годы (1601 и 1602) царь Борис Годунов издавал указы, по которым крестьянам разрешалось менять своего хозяина-феодала. Правда, эти указы не распространялись на владения церкви и бояр и на столичный уезд. Но указом остались недовольны те землевладельцы, которые подпадали под указ. Они просто-напросто не выполняли царского предписания.
Бояре ни на минуту не прекращали борьбу с Борисом Годуновым. Вели они эту борьбу самыми нечестными способами. В. Шуйский публично распространял клевету о Борисе Годунове. Вести борьбу с Годуновым в открытую было трудно. Он был избран на царство легитимным путем. Поэтому Годунова пытались опорочить и дискредитировать. Бояре продолжали распространять слухи о том, что царевич Дмитрий был убит по указанию Бориса Годунова. Но при теперешнем весьма устойчивом положении Бориса Годунова это не давало желаемых результатов. Борис Годунов показал себя хорошим царем. Он старался помочь страдающим от голода, расходуя при этом свои личные средства (Борис Годунов был очень богатым человеком).
Был распущен слух, что по велению Бориса Годунова был убит не царевич Дмитрий, а подставной Дмитрий. Настоящий царевич Дмитрий в это время находился в другом, безопасном месте. Он жив, и пора подумать о том, чтобы возвести его на царский престол.
Слухи, направленные против Бориса Годунова, одновременно возвеличивали Романовых. Более того, старший из братьев Романовых публично обвинил царя Бориса Годунова в том, что он убил двух сыновей Ивана Грозного (после смерти Федора Ивановича). Он даже пытался собственноручно покарать злодея Бориса. Идея «оживить» царевича Дмитрия принадлежит Романовым и их окружению. Слухи о том, что царевич Дмитрий жив, стали распускать еще до коронации Бориса Годунова. Но после коронации надежда на успех авантюры была минимальной. Зато после того как царь Борис Годунов тяжело заболел, Романовы и их сторонники воспрянули духом и активизировали свои действия. В результате в 1603 году в пределах Польско-Литовского государства появился «царевич Дмитрий», а точнее его двойник (Лжедмитрий).
Собранные данные о Лжедмитрии свидетельствовали о том, что это был некто Григорий Отрепьев. Сведения были получены у его матери, дяди и других родичей-галичан. Григорий Отрепьев был мелким галицким дворянином Юрием Богдановичем Отрепьевым. Он постригся в одном из русских монастырей и получил имя Григорий, а затем сбежал в Литву. Московские власти передали эту информацию польскому двору. Сообщение гласило: «Юшка Отрепьев, як был в миру, и он по своему злодейству отца своего не слухал, впал в ересь, и воровал, крал, играл в Зернью и бражничал и бегал от отца многожда и, заворовался, постригсе у черницы».