Исследования последних лет позволяют уточнить абсолютную хронологию культуры. Сопоставление материалов из кровли II горизонта Туткаула со средним и поздним этапами джейтунской культуры позволило синхронизировать эти комплексы, что подтверждено серией радиоуглеродных датировок. Так, образец, взятый из кровли II горизонта Туткаула, датирован 7100±140 (ЛЕ-690), т. е. 5150 г. до н. э., а из основания того же слоя — 8020±170 (ЛЕ-772), т. е. 6070 г. до н. э. (Романова, Семенцов, Тимофеев, 1972). Имеются радиоуглеродные датировки и для поздних памятников гиссарской культуры. Энеолитический горизонт Ак-Танги (слой «бронза III») датирован по С₁₄ 2220 г. до н. э., 4170±110 (ЛЕ-429). Таким образом, вся гиссарская культура укладывается в рамки VI–III тыс. до н. э., или даже конца VII–III тыс. до н. э.

Исследование многослойных памятников и других поселений гиссарской культуры позволяет выделить в ее истории три периода развития (Коробкова, Ранов, 1968). Период I (ранний) включает памятники типа вторых горизонтов Туткаула и Сай-Сайеда. Он характеризуется двумя типами поселений, жилыми площадками, выложенными из расколотых камней, каменными очагами овальной, сферической и прямоугольной формы, одиночными захоронениями на площади поселений, галечной и кремневой индустрией, в которой второй компонент представлен 30–40 %; наличием геометрических микролитов, долотовидными изделиями прямоугольной формы, выемчатыми изделиями, в том числе скобелями классического типа. Характерны галечные чопперы и чоппинги, отбойники, скребки на отщепах, реже — нуклеовидные и концевые шлифованные тесла и ножи. Единичны вкладыши жатвенных орудий и каменные грубые мотыги (рис. 36). Редки находки костяных изделий и украшений. Керамики нет.

Период II (средний) характеризуют материалы первых горизонтов Туткаула, Сай-Сайеда и Куй-Бульена. Материальная культура во многом повторяет черты раннего этапа. Отличительными признаками являются новые элементы в конструкции жилых площадок. Так, в I горизонте Сай-Сайеда и Куй-Бульена встречаются пятна зольно-гипсовой и глиняной обмазки, перемежающиеся с каменными кладками. В каменном инвентаре увеличивается процент галечных орудий — чопперов и чоппингов, особенно первых. Исчезают геометрические микролиты. Единичные вкладыши жатвенных орудий приобретают зубчатое оформление лезвий. Нуклеусы со смежными площадками вытесняются одноплощадочными ядрищами с односторонней плоскостью скалывания. Изменяется форма и техника изготовления долотовидных орудий или pièces écaillées. Изделия правильной прямоугольной формы исчезают. Уменьшается роль пластинчатой техники. Изделия со вторичной обработкой встречаются эпизодически (рис. 37). Керамика не типична.

К периоду III (позднему) относятся местонахождения с подъемным инвентарем типа Тепеи-Газийон. Существенных изменений в конструкции каменных кладок и очагов не наблюдается. Отличия заметны лишь в каменной индустрии. Сократилось число кремневых изделий, в частности призматических пластин. Исчезают микронуклеусы и изделия со вторичной обработкой. По-прежнему изготовлялись чопперы, чоппинги и скребла. Скребки, скобели, сверла отсутствуют. Основную массу находок составляют нуклеусы, отщепы, осколки галек, реже галечные орудия. Типологически индустрия этого периода соответствует материалу мастерских. Таким образом, эволюция шла по линии увеличения галечного элемента, сокращения пластинчатой техники, исчезновения микролитоидных черт и изделий со вторичной обработкой.

По мнению А.П. Окладникова (1958; 1959а), гиссарцы занимались земледелием и скотоводством. В.М. Массон (1966; 1970) предположил, что гиссарские поселения принадлежали племенам бродячих охотников и собирателей, может быть, и скотоводов. Г.Ф. Коробкова (1973) выдвинула гипотезу о комплексном характере хозяйства гиссарских племен, в котором основную роль играло скотоводство. Эту точку зрения разделяет и А.Х. Юсупов (1972б). Разнообразие инвентаря, насыщенность и мощность культурных горизонтов, наличие в составе фауны (Туткаул, Сай-Сайед) костей домашних животных, отсутствие среди находок охотничьего оружия, экологические условия — все свидетельствует о том, что охота на тура, медведя, дикобраза и других животных не была основой хозяйства, а играла вспомогательную роль в экономике гиссарского общества. В Сай-Сайеде 73 % костей принадлежат домашней козе или овце, а 27 % — диким животным — быку, лошади, лисе, волку (Шарапов, 1972, с. 232). В Туткауле найдены кости домашней козы или овцы и диких — быка, благородного оленя и лисы. При наложении карты экономического районирования Таджикистана, составленной Б.Х. Карамышевой (1969) на основании изучения хозяйства таджиков XIX в., на карту распространения памятников гиссарской культуры, можно заметить, что гиссарские поселения и стойбища совпадают с районами выгонного типа скотоводства.

Прямые свидетельства о земледелии у гиссарцев не имеются. Отсутствует комплекс материальной культуры, характерный для раннеземледельческих культур Средней Азии, Кавказа, Ближнего Востока (наземные глинобитные дома, окультуренные зерна злаковых растений и проч.). Правда, в основании горизонта II Туткаула и Тугузаке имеются единичные каменные мотыги и вкладыши жатвенных орудий. Однако, судя по трасологическим и экспериментальным данным, последние служили для срезания травы или диких злаков. Мотыги же, видимо, связаны с устройством землянок на открытых поселениях, вроде той, что обнаружена в Туткауле. Данные палинологического анализа показали полное отсутствие в Южном Таджикистане доместицированных злаков.

Собирательство являлось второй после охоты вспомогательной отраслью хозяйства, о чем свидетельствует наличие в ранних гиссарских горизонтах вкладышей жатвенных орудий, которые использовались для срезания травы и диких злаков.

Район низкотравного пояса Таджикистана входил в зону произрастания эгилопса и дикого ячменя. Не исключено, что с жатвой этих злаков были связаны найденные в Туткауле и Сай-Сайеде примитивные вкладышевые серпы. В них можно усмотреть первые специализированные жатвенные инструменты древнего собирательства, указывающие на технологическое усложнение производственного процесса.

В гиссарских племенах следует видеть горных скотоводов, которые находились на уровне усложненного собирательства, но так и не пришли к земледелию. Наличие отмеченных выше территориальных групп гиссарских поселений и концентрация мелких местонахождений вокруг крупных базовых поселков свидетельствует, вероятно, о существовании особой культурной общности, которая объединяла несколько родственных племен. Территория, занятая каждым племенем, довольно значительна. Например, нурекская группа памятников охватывает площадь от г. Нурека до кишлака Дагана — примерно 100 кв. км (Ранов, Юсупов, 1969). Крупные базовые долговременные поселения представляли собой отдельные родовые общины определенного племени. Таковым, например, было поселение Туткаул в нурекской группе памятников.

Проблема генезиса гиссарской культуры может решаться на основе стратиграфии и сравнительных данных. Анализ материала из слоя 2а Туткаула, подстилающего раннегиссарский горизонт, показал неразрывную генетическую связь этих комплексов. Различия между ними заключаются лишь в процентном отношении галечного и кремневого элементов и наличии в горизонте 2а таких орудий, как удлиненные низкие сегменты и острия типа перочинного ножа или шательперрон. Таким образом, исходя из общей характеристики индустрии горизонтов 2 и 2а Туткаула и их стратиграфического положения, можно говорить, что они находятся в тесной генетической зависимости. По мнению В.А. Ранова и Г.Ф. Коробковой (1971), культура носителей комплекса слоя 2а Туткаула явилась субстратом, на основе которого сформировалась собственно гиссарская культура. Следовательно, она возникла на местной мезолитической основе. Спорен лишь вопрос о генезисе слоя 2а Туткаула. По мнению В.А. Ранова, в его формировании участвовал комплекс Шугноу (1969; 1973). Г.Ф. Коробкова отвергает эту гипотезу из-за отсутствия в шугноуском материале галечных орудий — основного для гиссарской культуры типа изделий. Кроме того, в Шугноу индустрия представлена пластинчатой техникой, и основными заготовками служили широкие пластины (длиною до 10–12 см), оформленные затупливающей краевой ретушью, а орудиями — специфические острия, совершенно не известные в гиссарских памятниках. По предположению Г.Ф. Коробковой (1975), в сложении комплекса 2а участвовала местная культура типа Самаркандской стоянки и горизонта 3 Сай-Сайеда.