Один из руководителей компартии Эстонии тех лет X. Аллик впоследствии писал о влиянии германского блицкрига на правящие круги Прибалтики: «Если до сих пор часть прибалтийской, и особенно эстонской буржуазии была ориентирована на победу Англии и Франции в идущей борьбе, то теперь решительно победила прогерманская ориентация. Буржуазия не без оснований ждала, что после победы на Западе Гитлер обратит оружие на восток – против Советского Союза, и начала подготовку к созданию для него плацдарма». Американские исследователи балтийского происхождения Р. Мисиунас и Р. Таагепера констатировали: «Советы, очевидно, понимали, что в случае любого военного конфликта они не могут полагаться на балтийские государства как на своих союзников».
В то же время захват Голландии, Бельгии и Люксембурга показал советским руководителям, что через малые нейтральные страны Европы германские войска могут успешно прорваться к центру крупной державы. Аналогия между положением Голландии, Бельгии и Люксембурга относительно Парижа и положением Эстонии, Латвии и Литвы относительно Ленинграда и Москвы была полной. Тем временем из Прибалтики поступили сведения о том, что «под видом проведения «балтийской недели» и «праздника спорта»15 июня фашистские организации Эстонии, Латвии и Литвы при попустительстве правительств готовились захватить власть и обратиться к Германии с просьбой ввести войска в эти страны. Трудно сказать, насколько реальной была угроза путча или провокационного фарса, который бы помог правителям Прибалтики обратиться за помощью к Гитлеру, не дожидаясь осени 1940 года, но, вероятно, советские руководители расценивали эти сообщения в контексте международной обстановки.
В день, когда немецкие войска вступили в Париж, и за день до предполагавшегося фашистского путча в Прибалтике, 14 июня 1940 года, Советское правительство потребовало от Литвы немедленно сформировать новое правительство, которое было бы способно честно выполнять советско-литовский Договор о взаимопомощи и не препятствовать вводу «на территорию Литвы советских воинских частей для размещения в важнейших центрах Литвы в количестве, достаточном для того, чтобы обеспечить возможность осуществления советско-литовского Договора о взаимопомощи и предотвратить провокационные действия, направленные против советского гарнизона в Литве».
Схожие требования-были предъявлены 16 июня 1940 года правительствам Латвии и Эстонии. В Таллин, Ригу и Вильнюс были направлены эмиссары Сталина – А. Жданов, А. Вышинский и В. Деканозов, которые должны были наблюдать за формированием новых правительств. 15—17 июня на территорию Эстонии, Латвии и Литвы были введены новые контингента советских войск, чему правительства этих прибалтийских государств не стали чинить препятствий, и потому все обошлось без осложнений. Во многих городах Прибалтики население тепло встречало советские войска.
В то же время под видом помощи вступающим советским войскам эстонская полиция по приказу Л айдонера разгоняла митинги и арестовывала ораторов, приветствовавших Красную Армию. В Риге же при разгоне демонстрантов, вышедших приветствовать советские части, было ранено 29 человек, из них двое скончались. Однако советские войска не препятствовали действиям местной полиции, а Жданов запрашивал Москву: «Не следует ли вмешаться в это дело или оставить до нового правительства». Лишь получив сообщения о расстрелах в Риге и арестах в Таллине, Молотов 20 июня телеграфировал Жданову: «Надо твердо сказать эстонцам, чтобы они не мешали населению демонстрировать свои хорошие чувства к СССР и Красной Армии. При этом намекнуть, что в случае стрельбы в демонстрантов советские войска возьмут демонстрантов под свою защиту».
Тем временем Деканозов, Вышинский и Жданов вели переговоры о формировании просоветских правительств. Местные коммунисты настаивали на том, чтобы новые правительства состояли из членов компартий и их союзников, однако эмиссары Сталина не поддерживали этих предложений. В новом правительстве Эстонии во главе с И. Варесом преобладали социалисты и беспартийные, коммунистов же не было вообще. По настоянию Деканозова в правительство Литвы, которое сформировал В. Креве-Мицкевичус, вошел и министр финансов Э. Галанаускас, занимавший тот же пост при режиме Сметоны. Единственный коммунист в новом литовском кабинете занял пост министра внутренних дел. Лишь коммунисты Латвии добились включения четырех членов своей партии в новое правительство, которое возглавил беспартийный А. Кирхенштейн. В то же время президенты Латвии и Эстонии Ульманис и Пяте сохраняли свои посты. (Президент Литвы Сметона эмигрировал в Германию.)
Новые правительства пользовались широкой поддержкой населения Прибалтики. Комиссия АН Эстонской ССР в своем докладе, цель которого состояла в том, чтобы обосновать «противозаконность» вступления Эстонии в СССР, все же признала, что «большая часть народа Эстонии приветствовала новое правительство по различным причинам: демократически настроенная интеллигенция связывала с этим устремления к демократизации государственного строя, наиболее бедные слои населения надеялись на улучшение своего материального и социального положения, основная часть крестьянства добивалась уменьшения долгов, ложащихся на хутора, малоземельные и безземельные крестьяне хотели получить землю, коммунисты видели в этом один из этапов реализации своих программных требований. Это подтверждают многочисленные митинги, народные собрания, резолюции трудовых коллективов и программные документы созданных новых организаций».
В то же время специальные уполномоченные Кремля постоянно подчеркивали, что «демократические перемены» не приведут к изменению государственного устройства в этих республиках. Выступив в Риге на митинге, А. Вышинский закончил свою речь по-латышски: «Да здравствует свободная Латвия! Да здравствует нерушимая дружба между Латвией и Советским Союзом!»
Рекомендации полпреда К. Н. Никитина, которые он направил в Москву 26 июня, свидетельствовали о том, что полпредство в это время даже не помышляло о возможности установления в республике советских порядков, он предлагал лишь меры, укладывавшиеся в отношения СССР с дружественными зарубежными странами. В тот же день, 26 июня, первый секретарь полпредства Власюк, ссылаясь на указания Жданова, просил Москву выделить Всесоюзному обществу культурных связей с заграницей (ВОКСа) дополнительные средства «в 5000 крон в связи со значительным увеличением объема работы до конца года». Совершенно очевидно, что еще 26 июня Жданов, как и работники советских дипломатических учреждений в Таллине, исходил из того, что Эстония надолго останется «заграницей» со своей-«иностранной валютой».
Однако в считанные дни позиция советского руководства изменилась радикально. 30 июня Молотов стал убеждать премьер-министра Литвы Креве-Мицкевичуса в том, что для Литвы было бы лучше, если бы та вступила в Советский Союз.
Почему же это произошло? Не исключено, что в значительной степени такая перемена могла произойти под влиянием реакции Германии на действия СССР в Бессарабии и Северной Буковине. 23 июня 1940 года Молотов вызвал Шуленбурга и сообщил, что «решение бессарабского вопроса не требует отлагательства». Хотя в секретном протоколе от 23 августа 1939 года Германия объявляла о своей незаинтересованности в Бессарабии, заявление Молотова, по словам У. Ширера, вызвало «тревогу в вермахте, которая распространилась на Генеральный штаб». Возникли опасения, что Советский Союз намерен завладеть Румынией, от нефти которой зависела судьба всех военных операций Германии.
Когда король Румынии Кароль II обратился к Гитлеру за помощью, тот порекомендовал ему принять советские требования. Однако, по словам Риббентропа, фюрер был «ошеломлен», узнав, что СССР потребовал от Румынии помимо Бессарабии эвакуации также Буковины, населенной украинцами. С точки зрения Гитлера, эта земля была населена «преимущественно немцами» и являлась «исконной землей австрийской короны». Как утверждал Риббентроп, Гитлер «воспринял этот шаг Сталина как признак русского натиска на Запад». 24 июня 1940 года Гитлер в узком кругу заявил о намерении захватить Украину, хотя тут же оговорился, что это вопрос не будет решаться в ближайшие недели. Вероятно, советское правительство узнало о такой реакции Гитлера и решило форсировать укрепление своих позиций на всем протяжении будущего советско-германского фронта, в том числе и в Прибалтике.