Большое значение имели тогда “рельсовая война” в Белоруссии и других областях, рейды отрядов и соединений партизан по глубоким тылам врага. Всего за годы войны во вражеском тылу героическую борьбу вели более 6 тыс. партизанских отрядов и подпольных групп, в которых сражались около миллиона партизан и подпольщиков. Они уничтожили огромное количество техники, убили и взяли в плен один миллион гитлеровцев.
Немеркнущей славой покрыли себя партизанские командиры, партизаны, подпольщики и разведчики: С.А.Ковпак, Т.П.Бумажков, А.В.Герман, М.А.Гурьянов, А.Н.Сабуров, А.Ф.Федоров, М.Ф.Шмырев, В.З.Хоружей и многие тысячи народных мстителей.
В годы войны огромная тяжесть легла на плечи советских чекистов, которые ограждали Красную Армию от вражеских лазутчиков, стремившихся вскрыть планы и намерения советского командования; создали заслон против проникновения диверсантов в жизненно важные центры страны, на объекты промышленности и транспорта; успешно работали в тылу врага, проникая в его разведывательные и контрразведывательные объекты.
На протяжении всей войны шла ожесточенная тайная война советских чекистов с гитлеровской военной разведкой — абвером и другими фашистскими спецслужбами. Борьба велась с опытным и коварным врагом, располагавшим большим силами и средствами для ведения шпионажа, диверсий, террора и других подрывных акций. В своем арсенале абвер насчитывал более 130 разведывательно-диверсионных и контрразведывательных органов, свыше 60 школ по подготовке шпионов и диверсантов. Только Варшавская диверсионная школа за годы войны подготовила и забросила в советский тыл около 5 тыс. своих агентов.
В целях ведения подрывной работы в глубоком советском тылу фашистское руководство создало специальный орган под кодовым названием “Цеппелин”, на который возлагалась организация и осуществление бандитско-повстанческой деятельности в республиках Закавказья и Средней Азии, совершение террористических актов и в первую очередь против видных руководителей Коммунистической партии и Советского правительства, крупных военачальников Красной Армии, ученых, создателей военной техники и вооружения.
В результате успешных действий военной контрразведки и пограничников, в тесном взаимодействии с командованием и политорганами фронтов и армий, при активной поддержке местного населения были сорваны все преступные действия врага. Только в 1941 году было обезврежено 4 тыс. шпионов, диверсантов и террористов, из которых свыше 1,5 тыс. в полосе наступления фашистской группы армий “Центр”, наступавшей на Москву. Такая же участь постигла и все другие операции абвера в ходе оборонительных и наступательных действий Красной Армии, в результате чего было задержано и обезврежено около 40 тыс. подготовленных для проведения террористических и диверсионных акций головорезов. Кроме того, территориальные органы госбезопасности выявили и задержали более 2 тыс. агентов-парашютистов.
Осенью 1942 года и в начале 1943 года были предотвращены тщательно подготовленные “Цеппелином” крупномасштабные операции “Шамиль” и “Волжский вал”, целью которых был захват нефтепромыслов Баку и Грозного, вывод из строя железнодорожных мостов через Волгу и другие водные преграды. В ходе этих операций противник забросил в наш тыл свыше 50 диверсионных групп, значительная часть из которых была ликвидирована раньше, чем она приступила к выполнению своих заданий. Другие явились в органы госбезопасности с повинной.
Готовились покушения и на советских руководителей. В 1942 году террорист несколько дней осуществлял наблюдение на Красной площади за работой сотрудников службы безопасности при проездах из Кремля на улицу Куйбышева автомашин с руководителями партии и правительства. Он примелькался службе охраны, и его стали принимать за своего сотрудника.
6 ноября, когда из Кремля вышла машина с А.И.Микояном, этот параноик вскочил вовнутрь Лобного места и открыл оттуда огонь по автомашине. Водитель быстро свернул машину влево и на большой скорости ушел к Историческому музею. В борьбу с террористом вступили чекисты: лейтенанты Л.А.Степин и Вагин, капитан Цыба. В схватке был тяжело ранен лейтенант Степин (впоследствии генерал-майор, скончался 11 сентября 1989 года), но он успел метнуть гранату во внутрь Лобного места. Туда бросились Цыба и Вагин и обезвредили террориста. За этот подвиг лейтенант госбезопасности Л.А.Степин был награжден орденом Красного Знамени, лейтенант Вагин и капитан Цыба — орденом Красной Звезды.
Осенью 1943 года была пресечена операция “Цеппелина” против “Большой тройки” — глав правительств СССР, США и Англии во время проведения Тегеранской конференции. Добытые советской разведкой данные позволили тогда службам безопасности высоких руководителей принять надлежащие меры, с тем чтобы конференция в Тегеране прошла в нормальных условиях, а руководители великих держав находились в полной безопасности.
В сентябре 1944 года под Москвой сотрудники госбезопасности захватили опасных террористов, специально подготовленных с санкции Гитлера и Гиммлера — некоего Таврина, имевшего поддельные документы Героя Советского Союза, и его “жену” — радистку, которые должны были 6 ноября проникнуть в Большой театр на торжественное собрание, посвященное 27-й годовщине Великого Октября, и совершить покушение на советских руководителей, и в частности на И.В.Сталина.
28 февраля 1944 года при проезде через лесной массив в окрестностях г. Ровно был смертельно ранен бандеровскими бандитами и вскоре скончался командующий 1-м Украинским фронтом генерал армии Н.Ф.Ватутин.
В связи со многими сигналами и информацией о покушениях на советских высоких руководителей и крупных военачальников, вынашиваемых диверсионно-террористическими центрами абвера, в годы войны были приняты серьезные меры по обеспечению безопасности и охраны членов и кандидатов в члены Политбюро, секретарей ЦК ВКП(б), высшего командования Красной Армии, командующих фронтами, видных советских ученых, а также Генерального штаба Вооруженных Сил, Академии наук и других важных учреждений. Эту службу несли опытные и верные своему долгу чекисты, которых отличала наивысшая степень преданности Коммунистической партии и Советскому правительству, социалистической Родине.
Немеркнущие подвиги в годы войны совершали чекисты в глубоком тылу врага. За линию фронта забрасывались хорошо подготовленные оперативные группы и разведчики, которые в тяжелых условиях фашистского оккупационного режима вели напряженную борьбу со специальными и карательными органами противника. Вместе с тем они добывали и передавали в Центр информацию о гитлеровских войсках и их намерениях, выводили из строя узлы и линии связи, нарушали работу железнодорожного транспорта, военных и промышленных объектов. Они проникали в разведывательные органы и диверсионные школы и наносили им серьезный ущерб, помогали командованию партизанских отрядов и соединений в ограждении их от нацистских агентов, в проведении ими боевых операций.
Бывший директор ЦРУ Аллен Даллес после войны писал: “Информация, которую добывали советские разведчики во время второй мировой войны ... представляла собой такого рода материал, который являлся предметом мечтаний для разведки любой страны”.
Оперативные группы оказывали большую помощь командованию армий, фронтов, Генеральному штабу в планировании и подготовке операций, участвовали в мероприятиях по дезинформации противника, вписали немало ярких страниц в героическую летопись сражений под Москвой, Сталинградом, Ленинградом, на Курской дуге и в других операциях.
Всего в годы войны в тылу врага действовало свыше 2200 оперативных групп, которые проявили исключительную стойкость, мужество, героизм, за что получили высокую оценку своей деятельности Верховного Главнокомандования Красной Армии. Советские люди никогда не забудут подвигов погибших в фашистских застенках майора В.А.Молодцова — руководителя оперативной группы “Форт” в Одессе, майора В.А.Лагина — руководителя опергруппы “Кэн” в Николаеве, старшего лейтенанта Ф.Ф.Озмителя — руководителя группы “Грозный”, погибшего в одной из партизанских операций в Белоруссии, руководителей опергрупп Каминского, Матвеева, Шихова и многих других.