Кара, уголовное наказание становилось основным методом борьбы со всеми антиобщественными проявлениями и правонарушениями. Обязательность применения таких мер в указанных постановлениях ЦИК СССР обосновывалась необходимостью предупреждения и сокращения преступности.
При Ежове начала формироваться система тюрем, подчинённых 10-му отделу Главного управления государственной безопасности (ГУГБ) НКВД СССР. ОНИ предназначались исключительно для содержания подследственных и осуждённых по составу контрреволюционных преступлений. К непосредственно подчинённым этому отделу тюрьмам Верхнеуральской, Суздальской, Челябинской, Ярославской и на острове Соловки (удалённых от центра) прибавились Бутырская, Владимирская, Лефортовская и Орловская тюрьмы, находившиеся до этого в составе ГУЛАГа. Повсеместно при следственных тюрьмах ГУЛАГа создавались так называемые внутренние тюрьмы для содержания подследственных по составу контрреволюционных преступлений и подчинённых исключительно ГУГБ НКВД СССР.
Создание при тюрьмах ГУЛАГа (по состоянию на 20 сентября 1939 г. в стране имелось 392 тюрьмы) внутренних тюрем ГУГБ потребовало изменения порядка управления ими в силу того, что содержавшиеся под следствием числились за разными ведомствами — ГУГБ и ГУРКМ, а уже осуждённые — за ГУГБ и ГУЛАГ НКВД СССР. В 1938 году все тюрьмы, как срочные, так я следственные, передавались во вновь созданное Главное тюремное управление НКВД, включавшее в себя две самостоятельные и независимые тюремные системы — ГУЛАГ и ГУГБ НКВД СССР Правила содержания подследственных стали регулироваться «Положением о тюрьмах НКВД СССР для подследственных», а срочных заключённых — «Положением о тюрьмах ГУГБ НКВД СССР для содержания осуждённых».
Ежов требовал жесточайшей изоляции контрреволюционеров в тюрьмах. Отсюда в тюрьмах ГУГБ категорически запрещалось использовать заключённых на работах вообще, в том числе по обслуживанию собственных нужд тюрем. В силу общения со специфическим контингентом от сотрудников требовались высокая политическая бдительность и профессионализм, соответствующие морально-деловые качества. Отсюда большое значение придавалось партийно-политической и воспитательной работе не только с личным составом, но и членами их семей. Это требование и послужило непосредственной причиной создания в ноябре 1937 года в составе 10-го отдела ГУГБ в соответствии с постановлением ЦК ВКП(б) политического отдела с функциями руководства партийными организациями, организацией политико-воспитательной и культурно-просветительной работы среди личного состава. Непосредственно в тюрьмах решение задачи возлагалось на политаппараты, которым подчинялись политруки в дежурных сменах.
Следующим мероприятием было дифференцированное размещение контингента по исправительно-трудовым лагерям. При отправке устанавливались следующие ограничения.
Не подлежали направлению в лагеря Байкало-Амурский, Дмитровский, Темниковский, Дальневосточный, Вяземский, Калужский, Волжский, Самарский, а также на строительство Сталинградской водопроводной станции, Юго-Восточной гавани и Подольского аэропорта осуждённые за измену Родине, шпионаж, совершение террористических актов, разрушение и повреждение государственного имущества, воинские преступления, за вооружённый разбой, контрреволюционную троцкистско-зиновьевско-бухаринскую деятельность, руководители и активные члены контрреволюционных фашистских и националистических организаций, руководители повстанческих организаций, бывшие белогвардейцы и иностранные подданные независимо от статьи осуждённых.
В Байкало-Амурский ИТЛ, Дальневосточный ИТЛ и на строительство № 200 не подлежали направлению также осуждённые из числа начальствующего состава РККА, пограничных войск и внутренней охраны, перебежчики и осуждённые за переход границы и контрабанду.
На строительство № 200 запрещалось направлять рецидивистов, а также признанных социально опасными и социально вредными элементами, имеющих две и более судимости, бежавших из мест лишения свободы, по всем пунктам статьи 58, а эстонцы, латыши, литовцы, карелы, финны — независимо от состава преступления.
В лагеря Байкало-Амурский, Дальневосточный, Северо-Восточный не могли направляться китайцы, корейцы и японцы.
В Беломоро-Балтийский не могли направляться осуждённые за измену Родине, шпионаж, карелы и финны независимо от состава преступления.
Судимые за троцкистско-бухаринскую деятельность, а также за измену Родине, шпионаж, совершение террористических актов, разрушение и повреждение государственного имущества этапировались для отбывания наказания в Северные лагеря и Ухтопечлаг (Воркута) по персональным нарядам.
Осуждённые за бандитизм, вооружённый разбой, беглецы из лагерей подлежали концентрации в отдалённых лагерях: Ухтопечлаге, Норильлаге, Севвостоклаге и в лесных, а также в отдалённых подразделениях Сиблага и Беломоро-Балтийского лагеря.
Во вновь организованные лесные лагеря Кулойлаг, Каргопольлаг, Локчимлаг, Устьвымлаг, Ивдельлаг, Томск-Асинлаг подлежали направлению не перечисленные выше категории осуждённых.
Последовали также меры, направленные на изоляцию и укрепление режима в лагерях для особо опасных преступников. С мая 1937 года предписывалось снять с руководящей работы в управлениях лагерей без всякого исключения (независимо от характера выполняемой работы) осуждённых за террор, шпионаж, диверсии, измену Родине, за участие в троцкистско-зиновьевских и правых контрреволюционных организациях и группах, участников других контрреволюционных антипартийных организаций (мясниковцы, шляпниковцы, децисты и т. д.), участников фашистских и националистических организаций, перебежчиков, а также иностранных подданных независимо от состава их преступления.
Эта категория снималась также с руководящей административно-хозяйственной и производственной работы — начальники частей, отделений, начальники лагпунктов и участков, начальники сооружений, руководители групп. Пересмотру подлежал весь состав заключённых, используемых в аппаратах учётно-распределительных, культурно-воспитательных, военизированной охране, административных отделах и других, судимых за контрреволюционные преступления, с освобождением от занимаемых должностей. Все перечисленные категории заключённых подлежали конвоированию.
По указанию Н.И. Ежова дошла очередь и до проверки личных дел осуждённых, отбывавших наказание. Тут обнаружилось, что в лагерях находилось немало тех, в отношении кого приговоры выносились с превышением меры наказания, предусмотренной той или иной статьёй уголовного кодекса. Это приводило к тому, что заключённые находились свыше установленного законом срока. Когда органы прокуратуры, ранее при Ягоде не вмешивавшиеся в деятельность лагерей, по указанию Вышинского начали сплошные проверки положения дел в лагерях, то они обнаружили такое беззаконие и такие безобразия, о которых Ежов даже не подозревал.
В конце 1936 года по указанию свыше началась массовая кампания в партийных, советских, комсомольских органах, в системе НКВД, в судах и прокуратуре, в армии, народных комиссариатах и других ведомствах по выявлению и постановке на учёт лиц, в прошлом активно участвовавших в троцкистско-зиновьевских и других оппозициях и проявлявших колебания в борьбе с оппозиционерами в разное время. В частности, Вышинский своим указанием за № 6/оОО15143 от 1.12.1936 г. потребовал представить списки и дела о прокурорах и следователях, в прошлом активно участвовавших в троцкистско-зиновьевской или другой оппозиции, и отдельно списки на тех, кто в период борьбы с оппозицией проявлял колебания. Это была прелюдия к развернувшимся впоследствии событиям.
На февральско-мартовском пленуме ЦК ВКП(б) 1937 года И.В. Сталин выдвинул тезис о том, что по мере успехов социализма классовая борьба в стране будет усиливаться и, следовательно, будет усиливаться деятельность вредительских, террористических, диверсионных и других антисоветских организаций. По существу, это была политическая установка, послужившая идеологической основой репрессий второй половины 30-х годов.
