В период с 27 октября по 27 ноября авиация 3-го Флота, действовавшего к востоку от Филиппин, в поисках уцелевших японских кораблей обшаривала все закоулки архипелага. За месяц было сбито около 800 самолетов, уничтожен конвой с подкреплениями на Лейте, потоплены крейсера «Нати», «Кумано», «Кисо» и 13 эсминцев, а также множество мелких одиночных транспортов в море и в гаванях. Потери американцев оказались незначительными: 170 самолетов, торпедированный крейсер «Рено», потопленный “камикадзе” эсминец и поврежденные ими 5 ударных и 2 легких авианосца. Активно действовали и американские подводные лодки. Четыре из них 6 ноября атаковали и повредили «Кумано», 21 ноября «Силайон» потопила линкор «Конго», «Кавалла» 25-го потопила у Сингапура эсминец «Симоцуки», уцелевший в мясорубке при Энгано, а 27-го «Арчерфиш» отправила на дно еще не вполне укомплектованный самый крупный в мире авианосец «Синано», перестроенный из линкора типа «Ямато». Эти безобразия продолжались и в декабре, когда 13-го торпеду с «Бергалл» получил «Миоко» (на активной карьере крейсеру пришлось поставить крест), а 19-го «Редфиш» уничтожила новейший авианосец «Унрю». Слабым утешением для японцев стал тайфун, обрушившийся 18 декабря на флот Хелси, когда три эсминца погибли, 3 легких авианосца получили повреждения, а 146 палубных самолетов разбушевавшаяся стихия смыла за борт или полностью разрушила.

После провала операции “Sho Go” уцелевшие корабли 4-й, 5-й и 21-й эскадр ушли в бухты Корон или Бруней. «Такао» доковылял до Брунея 25-fo, оттуда 8 ноября ушел в Сингапур (прибыл 12-го). «Хагуро» прибыл в Бруней 28-го, на следующий день к нему присоединился «Миоко», а 30-го они оба вышли в Сингапур, куда прибыли 3 ноября. «Нати» и «Асигара» (21-я эскадра) вернулись в Корон 25-го, а через день вышли в Манилу, куда прибыли 28-го для прикрытия транспортной операции из залива Лейте. Буквально со следующего дня корабли в Манильской бухте стали подвергаться атакам американской палубной авиации и 5 ноября «Нати» погиб.

Находясь в Манильской бухте, «Нати» 29 октября был атакован палубными самолетами из состава группы TG38.2 и получил поверхностные повреждения (убито и ранено 53 человека). 5 ноября бухта подверглась новому налету - на сей раз самолетами с авианосцев группы TG38.3. Между 07³⁵ и 15⁰⁰ «Нати» выдержал 4 атаки. Во время третьей, идя по бухте, он получил в носовые МО с правого борта торпеду и бомбу в палубу между башнями №2 и №3. Лишившийся хода крейсер в ходе четвертой атаки, которую провели самолеты авиагруппы CVG- 19 авианосца «Лексингтон», получил попадания еще 9 торпед, 20 бомб и 16 ракет. Из-за взрыва погребов «Нати» разломился на три части: перед башней №1 и за машинными отделениями. Корабль затонул на мелководье у Коррехидора в точке с координатами 14°23' с.ш. 125°25' в.д. Погибло 807 человек, включая кэптена Энкио Каноку, который командовал крейсером с 20 августа 1944 года. «Нати» исключили из списков флота 20 января 1945 года.

После взятия Манилы американскими войсками корпус «Нати» в марте-апреле 1945 года был обследован водолазами с судна «Чантиклир», которые достали много любопытных документов и японских денег.

«Асигара» не рискнул оставаться в Маниле и 13 ноября ушел на Линга Роудз, куда прибыл 22-го, зайдя по пути в Бруней (16-17 ноября).

4 ноября «Кумано», «Аоба» вместе с с двумя эскортными судами и 5 охотниками за подлодками получили приказ эскортировать конвой “Мата 31” из 6 грузовых транспортов в Такао, а затем идти во Внутреннее море. Конвой вышел из Манилы 5 ноября перед атакой порта палубными самолетами американцев. На следующий день конвой был атакован у мыса Болинао (о. Лусон) четырьмя подлодками, каждая из которых, естественно, пыталась поразить самую заманчивую цель - «Кумано». «Джутарро» (коммандер Е. Д. Хаскинс) выпустила в 09²⁰ 9 торпед, объявив о трех попаданиях, «Брим» (коммандер У. Дж. Чаппли) выпустила в 09⁴³ 4 торпеды, претендуя на 2 попадания; «Рэтон» (коммандер М.У. Шеа) выпустила в 10⁴³ 6 торпед и зафиксировала 3 попадания; «Рэй» (коммандер У. Т. Кинселла) выпустила 4 торпеды в 10⁴⁶. Фактически из 23 выпущенных по «Кумано» 533-мм торпед попали только две. Скорее всего они принадлежали лодке «Рэй» (электрические Мк18, 300 кг торпекса). Первая в 10⁴⁸ попала в правый борт под башней ГК №1, оторвав носовую часть (только что отремонтированную!); вторая практически одновременно поразила МО №1. Из-за разрушения ПТП все четыре МО быстро затопило и крейсер лишился хода, набрав в корпус около 2000 т воды.

После заделки пробоин «Кумано» в 19³⁰ был взят на буксир вспомогательным судном «Дорио Мару» (1944 г., 2275 бр. т), которое 1,5-узловой скоростью потащило его в бухту Дасол. В 15⁰⁰ 7 ноября крейсер удалось привести в гавань Санта-Крус на острове Лусон. В очередной раз машинная команда крейсера и персонал ремонтной секции №103 откачали воду, заделали пробоины, отремонтировали котел и один турбоагрегат, чтобы дать кораблю хотя бы 6-узловую скорость. Несмотря на налет 19 ноября истребителей “Хеллкэт” с авианосцев 38-го соединения, ремонт крейсера закончили на следующий день. 21 ноября 7-я эскадра крейсеров была расформирована и «Кумано» причислили к 5-й эскадре.

Около 14³⁰ «Кумано» был атакован пикировщиками SB2c3 и торпедоносцами ТВМ-3 с авианосца «Тикондерога» (оперативная группа TG38.3), которые в течение нескольких минут добились попаданий четырех 227-кг бомб и пяти 570-мм торпед Мк13 (272 кг торпекса). Одна бомба попала в носовую надстройку с правого борта, две - в верхнюю палубу слева от башни ГК №1, последняя - в самолетную палубу с левого борта. Все торпеды угодили в левый борт: под башню ГК №2, в КО №2, в КО №6, в МО №2 и под башню ГК №5. Несмотря на контрзатопление, крен на левый борт стремительно увеличивался, ив 15¹⁵ «Кумано» опрокинулся и затонул на мелководье в гавани Санта-Крус (15°45' с.ш. 19°48' в.д.). Удалось спасти 595 членов экипажа, включая командира кэптена Соисиро Хитоми (на должности с 29 марта 1944 года), которого силой сняли с мостика. Крейсер «Кумано» был причислен к Объединенному Флоту, а 20 января 1945 года исключен из списков.

После временного ремонта в Сингапуре «Миоко» 12 декабря вышел во Внутреннее море под эскортом эсминца «Усио». Обходя полуостров Индо-Китай с юга, чтобы зайти в бухту Камранг, и находясь в точке с координатами 08°80' с.ш. 105°40' в.д., крейсер в 21³⁰ получил попадание одной из шести 533-мм торпед Мк14, выпущенных лодкой «Бергалл» (коммандер Дж. Хайд) с дистанции 3000 м. Торпеда взорвалась в корме с левого борта. Крейсер остановился и на нем начался сильный пожар, который удалось погасить только 15 декабря. Тем временем на помощь «Миоко» были посланы 4 корабля из состава Базового Соединения №11, вышедшие из бухты Камранг: вспомогательное судно «Татебе Мару» (переделано из торгового, 1941-4 гг., 514 гр. т), переоборудованный охотник за подлодками «Кайко Мару» (1921 г., 223 гр. т) и 2 тральщика, которые подошли к крейсеру 15-го. «Татебе Мару» начало буксировку крейсера со скоростью 5 узлов по направлению к мысу Сент-Джекс (около Сайгона), но к полудню 16 декабря волнение и ветер усилились настолько, что решили крейсер вести в Сингапур. Но помощь «Татебе Мару» были посланы эсминцы «Касуми» и «Хацусимо».

В 05¹⁰ 17 декабря усилившимся штормом поврежденная корма была оторвана по 325-у шпангоуту; скорость буксировки пришлось уменьшить вдвое. В 15⁰⁰ 18-го оба эсминца присоединились к конвою и «Касуми» также стал пытаться завести на крейсер буксир. Это удалось сделать только через четверо суток. Вышедший из дока 16 декабря крейсер «Хагуро» также 18-го был послан на помощь вместе с эскортным кораблем «Чибури». Они подошли к «Миоко» в 10⁵⁰ на следующий день в точке с координатами 05°14' с.ш. 107°47' в.д. Только 23 декабря примерно в 09⁰⁰ погода позволила «Хагуро» взять «Миоко» на буксир и привести его 25-го в 03⁰⁰ в Сингапур.