Десантное японское соединение дожидалось сигнала на атолле Кваджелейн (Маршалловы острова). Атака началась 8 декабря с налета 36 двухмоторных бомбардировщиков с островов Рой и Намур (входят в атолл Кваджелейн). В ночь на 11-е к Уэйку приблизилось Соединение Вторжения контр-адмирала Кадзиока (флаг на крейсере «Юбари»), На двух старых, переделанных в патрульные корабли, эсминцах находилось 450 десантников, а войска для гарнизона разместили на двух средних транспортах, прикрываемых крейсерами «Тенрю», «Тацута» и 6 эсминцами. Верный японским морским традициям Кадзиока решил на рассвете принять бой с береговыми батареями в кильватерной колонне с крейсерами во главе (сам - на головном «Юбари»), но точный огонь американцев и активность их авиации спутали все планы. В результате эсминцы «Хаяте» и «Кисагири» погибли, а остальные корабли получили разной степени повреждения. Это был единственный за всю войну на Тихом океане случай, когда береговые батареи отбили высадку противника.

Вторую атаку продумали более тщательно. Темпы были потеряны и американцы могли послать на помощь гарнизону мощные морские силы из авианосцев, крейсеров и эсминцев. 13 декабря из Трука вышла 6-я эскадра в сопровождении эсминцев, которая должна были прикрывать высадку с востока - наиболее вероятного направления возможного противодействия американского флота, в частности авианосного соединения контр- адмирала Флетчера. Спустя трое суток от соединения Нагумо отделилось Авианосное Соединение Поддержки контр-адмирала Хироаки Абе (флаг на «Тоне») из авианосцев «Сорю» и «Хирю» (по 54 самолета на каждом), 2 крейсеров 8-й эскадры и двух эсминцев, задачей которого было нанесение авиаударов по укреплениям Уэйка и кораблям противника. 20 декабря с Кваджелейна на тех же патрульных кораблях и 4 транспортах вышли десантные силы, сопровождаемые тремя крейсерами контр-адмирала Кадзиока и 7-8 эсминцами, с расчетным временем прибытия к цели в ночь на 23-е. Авиаразведка возлагалась на 28 гидросамолетов транспорта «Читосе» («Титосе»). С 12 по 19 декабря на атолл авиация с Кваджелейна совершила 6 ночных налетов (максимально 51 бомбардировщик за налет), а в предрассветные часы американские укрепления бомбили 4- моторные летающие лодки с атолла Майдзуро.

Утром 21 декабря с маневрирующих в 200 милях на NW от Уэйка «Сорю» и «Хирю» поднялась первая волна из 29 пикирующих бомбардировщиков в сопровождении 18 истребителей, а днем последовала атака базовой авиации. Fla следующий день удар нанесли 39 палубных самолетов. К вечеру, когда десантные суда заняли исходные позиции, на атолле не осталось ни одного самолета, а береговые батареи были выведены из строя. Высадка началась в 02³⁵ 23 декабря одновременно в нескольких местах. Лишенный поддержки гарнизон Уэйка капитулировал. Подходившие к нему соединения авианосцев «Лексингтон» и «Саратога» были отозваны, морского боя снова не получилось. Соединение Абе легло курсом на Кобе, а 6-я эскадра 10 января вернулась в Трук.

Проведение “Второй Фазы”, которая включала захват баз поблизости Явы с целью изоляции этого острова. а также баз на островах Новая Британия и Новая Ирландия, сделало необходимым реорганизацию морских сил. 6-я эскадра оставалась восточнее Филиппин, а остальные тяжелые крейсера должны были действовать в Голландской Восточной Индии. К этому времени США п их союзники несколько опомнились от потрясения первых дней войны и их сопротивление стало более осмысленным и упорным. Правда, в Голландской Индии союзники располагали только одной оборудованной базой - Сингапуром, к которому приближались японские войска. Да и достаточных морских сил в этом районе у них не было. В конце декабря на конференции в Вашингтоне союзники договорились о создании двух объединенных командований: ABDA (американо-британско-голландско-австралийское) и ANZAC (американо-ново-зеландско-австралийско-канадское). Дальнейшие операции японцев проходили в районе ответственности ABDA, морскими силами которого командовал адмирал Харт. Под его началом, не считая мелких и вспомогательных кораблей, находились: 5-е Оперативное Соединение флота США (ТКР «Хьюстон», ЛКР «Бойз» и «Марлбхед», 13 эсминцев 29-й эскадры - 57-й, 58-й и 59-й дивизионы), 25 подлодок, английское соединение из состава Восточного Флота адмирала сэра Годфри Лейтона (ТКР «Эксетер», ЛКР «Хобарт», «Пёрт», 3 эсминца) и голландские силы вице-адмирала Хелфрича (ЛКР «Ява», «Де Рюйтер», «Тромп», 7 эсминцев и 16 подлодок).

Руководство всеми морскими и десантными операциями “Второй Фазы” осуществлял вице-адмирал Кондо (командующий 2-м Флотом). Район будущих действий он вертикально разделил на две зоны ответственности: восточную (Филиппины, Макасарский пролив, Яванское море и далее на восток) поручил вице- адмиралу Такахаси (командующий 3-м Флотом), а западную (Южно-Китайское море. Малаккский полуостров и остров Суматра) - вице-адмиралу Одзаве (командующий Южным Экспедиционным Флотом).

В восточном районе предполагались высадки в Манадо, Кендари, Амбон, Макассар, Таракан, Баликпапан и на о. Тимор, и для их обеспечения Такахаси (флаг на крейсере «Асигара») имел под началом: Группу Прикрытия контр-адмирала Такаги (3 крейсера 5-й эскадры и 2 эсминца, число которых после выхода из строя «Миоко» увеличилось до 4), эскортные группы контр- адмиралов Р. Танаки (2-я флотилия: ЛКР «Дзинцу» и 10 эсминцев из 8-го, 15-го и 16-го дивизионов), К.Кубо (ЛКР «Нагара» и 21-й дивизион из 6 эсминцев), С. Нисимуры (4-я флотилия: ЛКР «Нака» и 7 эсминцев) и С. Хасимото (ЛКР «Юра», «Касии», «Сендай» и 6 эсминцев), группы авиаподдержки контр-адмиралов Р. Фудзиты (11-й дивизия авианосцев: гидроавиатранспорт «Читосе» и легкий авианосец «Дзуйхо») и К. Какуты («Рюдзе» и эсминец), а также еще 8 эсминцев и множество мелких кораблей. Группы Нисимуры, Хасимото и Какуты для оккупации Таракана (северо-восток Борнео) вместе с необходимым количеством транспортов и мелких судов были сведены в Центральное Соединение вице-адмирала Хиросе.

В состав западного соединения вице-адмирала Одзавы, которое обеспечивало захват порта Палембанг (восток Суматры) и острова Бангка (к востоку от Суматры), входили: Группа Прикрытия («Тёкай» и 4 ТКР 7-й эскадры, 7 эсминцев), соединение контр-адмирала Кубо (двойное подчинение), 2 тральщика и 11 транспортов с подразделениями 16-й армии.

Дальнее прикрытие операций обеспечивало Южное Соединение вице-адмирала Кондо - «Конго», «Харуна», «Такао» (флагман), «Агаго», «Майя», 4 эсминца из 4-го и 6-го дивизионов, а также Ударное Авианосное Соединение Нагумо (авианосцы «Акаги», «Кага», «Хирю», «Сорю», ТКР «Тоне», «Тикума», 8 эсминцев 1-й флотилии, 8 танкеров и судов снабжения). В рамках “Второй Фазы” Нагумо должен был нанесли удар по порту Дарвин на севере Австралии.

Три крейсера 5-й эскадры («Миоко», «Наги», «Хагуро») вместе с ЛКР «Нагара», «Нака», «Дзинцу», базой гидросамолетов «Мидзухо» и более мелкими кораблями стояли на якорях в ряд с NW на SE в бухте Малалаг в западной части залива Давао, сосредотачиваясь для проведения “Второй Фазы Первого этапа”. В 11⁵⁵ по Токийскому времени¹ 4 января они с высоты 7500 м были неожиданно атакованы восемью самолетами В- 17D из состава 19-й бомбардировочной группы, ведомыми майором Сесилом Комбсом. Самолеты, каждый из которых нес по 4 600-фн (272-кг) бомбы, стартовали с Маланга на востоке Явы и сели в Самари на востоке Борнео. Они достигли бухты Давао после 5-часового полета и без повреждений вернулись через Самаринду в Маланг 5 января. Несколько бомб упали рядом с кораблями, но одна в 12⁰¹ попала в верхнюю палубу «Миоко» с левого борта у башни №2. Она взорвалась внутри корабля, вызвав тяжелые повреждения на средней палубе, где вдоль борта находились каюты офицеров. Было убито 35 и ранено 29 человек, из них 10 тяжело. Флаг контр-адмирала Такаги был перенесен на «Нати», а «Миоко» после временного ремонта 9 января ушел в Сасебо. После ремонта и докования он 20 февраля вышел в Макассар, куда прибыл 26-го - как раз вовремя, чтобы принять участие в последней фазе битвы в Яванском море.