Туда же в Трук 17 мая вместе с «Дзуйкаку» пришли крейсера 5-й эскадры, которые на следующий день ушли в Куре, куда прибыли 22-го. 6-я эскадра после боя крейсировала в районе острова Бугенвиль, и 12 мая у о. Бука «Како» сель на риф или мель. На следующий день его стащили на воду и эскадра двумя эшелонами вернулась в Трук: «Аоба» и «Како» 16-го, «Фурутака» и «Кинугаса» 17 мая. Первая пара 17-го ушла в Куре, прибыв 22-го. Повреждения корпуса «Како» оказались незначительными и были устранены при плановом доковании. Остальные два крейсера ушли из Трука в последний день мая и 5 июня ошвартовались в базе приписки Куре для начала планового ремонта и докования вслед за первой парой.

Тактически это была победа японцев, поскольку самый большой в мире авианосец, эскадренный танкер и эсминец значили гораздо больше для флота США, чем небольшой авианосец, старый эсминец, минзаг и несколько мелких судов для Японии. Правда, у нее в тог период были и другие ощутимые потери. Например, 2 мая ночью в водах метрополии у Омаезаки американская подлодка «Драм» потопила быстроходную плавбазу гидросамолетов «Мидзухо» водоизмещением 10900 т (472 члена экипажа подобрал из воды «Такао», совершавший переход после ремонта из Йокосуки в Хасирскую бухту). Стратегически японцы проиграли. Главная цель операции - захват Порт-Морсби - выполнена не была. Архипелаг Луизиада оказался тем барьером, за который больше ни один корабль с флагом страны Восходящего Солнца пройти не мог, а Тулаги был легко отбит американцами через пару месяцев, К тому же два мощных авианосца оказались выведены из строя: «Сёкаку» ремонтировали целых два месяца, а «Дзуйкаку» из-за нехватки самолетов и летчиков смог выйти в море только 12 июня. Их обоих очень не хватало Объединенному Флоту в следующей операции, которая стала переломной в войне на Тихом океане.

Верховное японское командование не очень беспокоилось из-за отхода из Кораллового моря. Порт- Морсби мог и подождать. Активность английского Восточного Флота была парализована рейдом Нагумо в .Индийский океан и ждать от него какого-либо сюрприза с тыла не приходилось. Поэтому, не мешкая ни дня, японцы приступили к реализации операций по захвату атолла Мидуэй (основная) и западных Алеутских островов (отвлекающая). Адмирал Ямамото также надеялся, что ему наконец-то удастся вовлечь ослабленный американский флот в генеральное сражение и, выиграв его, оккупировать Гавайские острова и выиграть войну. Он понимал, что в случае сохранения американцами своего флота, даже при условии удачного захвата Мидуэя, США. благодаря мошной промышленности, быстро укрепят свои морские силы, и тогда долго Мидуэй японцам не удержать.

План операции состоял из трех взаимно увязанных фаз: I) оккупации западных Алеутских островов: 2) захвата атолла Мидуэй; 3) генерального сражения. Для их выполнения создавались пять основных оперативных соединений, некоторые из которых делились на две или более оперативных групп. Все соединения выходили на восток одно за другим в следующем порядке:

1) Передовое Экспедиционное Соединение под командованием вице-адмирала Терухиса Комацу (командующий 6-м Флотом, флаг на крейсере «Катори» на базе атолла Кваджелейн), состоящее из 3-й (5 лодок), 5-й (8 лодок) флотилий и 13-го дивизиона (3 лодки-танкера):

2) Ударное Авианосное (1-е Мобильное) Соединение вице-адмирала Тюити Нагумо, состоящее из 1-й («Акаги» под флагом Нагумо, «Кага») и 2-й дивизий («Хирю» под флагом контр-адмирала Тамона Ямагучи, «Сорю»), прикрытия из 8-й эскадры крейсеров («Тоне» под флагом командующего прикрытием контр-адмирала Хироаки Абе, «Тикума») и 2-го отряда 3-й эскадры линкоров («Харуна», «Кирисима»), завесы эсминцев контр- адмирала Сусуму Кимуры на флагмане 10-й флотилии крейсере «Нагара» (12 эсминцев 4-го, 10-го и 17-го дивизионов), 5 танкеров;

3) Оккупационное Соединение Мидуэя вице-адмирала Нобутаке Кондо, состоящее из Группы Дальнего Прикрытия самого Коидо (1-й отряд 4-й эскадры; «Атаго», «Тёкан»; 5-я эскадра вице-адмирала Такео Такаги: «Миоко», «Хагуро»; 1-й отряд 3-й эскадры контр- адмирала Гуничи Микавы: «Конго», «Хией», завеса эсминцев контр-адмирала Содзи Нисимуры на флагмане 4-й флотилии крейсере «Юра»: 7 эсминцев 2-го и 9-го дивизионов, 4 танкера и ремонтное судно «Акаси» под охраной легкого авианосца «Дзуйхо» и эсминца); Группы Ближнего Прикрытия контр-адмирала Такео Куриты (7-я эскадра крейсеров: «Судзуя», «Кумано», «Могами», «Микума», 2 эсминца и танкер); Транспортной Группы контр-адмирала Райдзо Танака (флагман 2-й флотилии крейсер «Дзинцу» и 10 ее эсминцев, 12 транспортов и грузовых судов со специальными десантными подразделениями. армейским полком, 2 строительными батальонами п т.п. - всего 5000 человек, танкер, 3 патрульных судна); Группы Гидроавиации командира 11-й дивизии авианосцев контр-адмирала Рюйтаро Фудзиты (гидроавианосцы «Читосе» и «Камикава Мару», эсминец, патрульное судно); Группы Траления (4 тральщика, 3 охотника за ПЛ, 2 судна снабжения);

4) Главные Силы (1-й Флот) адмирала Исороку Ямамото, состоящие из 1-й эскадры (флагман Объединенного Флота «Яма го», «Муцу», «Нагато», легкий авианосец «Хосе», эсминец, гидроавианосцы «Чиода» и «Ниссин»), завесы командира 3-й флотилии контр-адмирала Синтаро Хасимото (флагманский крейсер «Сендай», 12 эсминцев 11-го, 19-го и 20-го дивизионов), Алеутского Соединения Поддержки вице-адмирала Сиро Такаси (2-я эскадра линкоров. «Исё», «Хьюга», «Фусо», «Ямасиро»; 9- я эскадра крейсеров контр-адмирала Фукухара Киси: «Кигаками», «Ои»; 4 танкера);

5) Соединение Северного Района вице-адмирала Босиро Хосогая (командующий 5-м Флотом), состоящее из флагманского крейсера «Нати» с 2 эсминцами; Группы Снабжения (3 грузовых транспорта, 2 танкера); 2-го Мобильного Соединения контр-адмирала Какудзи Какуты. командующего 4-й дивизией авианосцев (легкие авианосцы «Рюдзё» и «Дзуньо», 2-й отряд 4-й эскадры: «Такао», «Майя», 3 эсминца, 1 танкер); Оккупационного Соединения Адак-Аггу контр-адмирала Сентаро Омори на крейсере «Абукума» (4 эсминца, 1200 солдат на 2 транспортах по одному на каждый остров, гидроавианосец «Кимикава Мару», эсминец, тральщики); Оккупационного Соединения Кыска капитана I ранга Такедзи Оно (крейсера «Кисо», «Тама», вспомогательный крейсер «Асака Мару», 3 эсминца, транспорте 550 десантниками спецподразделения, транспорт с 700 военными строителями и оборудованием, 3 охотника за ПЛ, тральщики); Группы Патрулирования и Разведки контр- адмирала Сигеаки Ямасаки (6 подлодок).

В общих словах план был таков. Операцию начинает 2-е Мобильное Соединение парализующим ударом по Датч-Харбору (база флота США на о.Уналаска из восточной группы Алеутских о-вов) 3 июня. Этим прикрывалась операция на западных Алеутах («AL» Сакусен) и, по замыслу, вводился в заблуждение относительно главною удара адмирал Нимитц. Ударное Авианосное Соединение наносит 4 июня удар по Мидуэю, а затем обрушивается с воздуха на го. что осталось от Тихоокеанского Флота США, если гот выйдет в море. После этого Главные Силы Ямамото просто добивают противника.

Одновременно ночью 5 июня Оккупационное Соединение высаживает 5-тысячный десант на Мидуэй, который быстро превращается в авиабазу, контролирующую всю центральную часть Тихого океана. Алеутское Соединение Поддержки должно было отделиться от главных сил и занять позицию на полпути между Алеутами и Мидуэем, чтобы перехватить любые силы противника, появившегося как с севера, так и с юга.

Адмирал Нимитц, являвшийся главнокомандующим Тихоокеанским Флотом США и одновременно главнокомандующим всеми союзными силами в тихоокеанском регионе снова был заблаговременно оповещен разведкой о планах японцев. Он только не знал, что сам адмирал Ямамото на новейшем суперлинкоре «Ямато» во главе мощных главных сил будет действовать между Мидуэем и Алеутскими островами. Но что значили подробные разведданые, если наличные силы явно недостаточны для противостояния японской армаде. Ситуация с авианосцами не внушала оптимизма. «Саратога» ремонтировал повреждение, полученное от торпеды подводной лодки, однотипный «Лексингтон» погиб, «Йорктаун» также требовал ремонта, который грозил затянуться на три месяца. Но рабочие верфи Перл-Харбора сделали почти невозможное и справились за двое суток! В 14³⁰ 27 мая авианосец вошел в порт, к вечеру его уже поставили в док, где на нем непрерывно было занято свыше 1400 человек рабочих и специалистов. В 11 часов 29 мая док был заполнен водой, и «Йортаун» вышел из него, имея на борту сотни человек персонала верфи, которые продолжали работу. На него перевели новую авиагруппу, собранную с разных авианосцев (в частности с ремонтировавшегося «Саратога»). 26 мая в Перл-Харбор вернулись «Энтерпрайз» и «Хорнет» 16-го Оперативного Соединения вице- адмирала Хелси. Первый имел лучшую на флоте авиагруппу, но на втором она еще не имела боевого опыта. Заболевшего Хелси на посту командира соединения сменил контр-адмирал Раймонд Спрюэнс, который до этого командовал крейсерами прикрытия 16-го ОС.