Считая душу нематериальной и независимой от тела, Р. Декарт уже в XVII веке полагал, что ее «седалищем» является расположенное внутри мозга шишковидное тело (гипофиз). По его мнению, именно такое центральное расположение «души» позволяет ей легче управлять остальными частями мозга, а также деятельностью всего тела.

Прогрессивной и смелой для того времени была мысль ученого о том, что мозг является органом ответных реакций организма на воздействие различных факторов и событий внешней среды. На этом основании Декарта считают родоначальником рефлекторной теории деятельности нервной системы.

В XVII веке возникла теория, согласно которой души хранились отдельно от тела в чем-то наподобие шкатулки, а затем в момент рождения или сразу же после этого какой-то сверхъестественной силой переносились в организм появившегося на свет. Внутриутробная жизнь представлялась механическим процессом, исключавшим преобразование органов и тканей. К этому времени о развитии зародыша было мало известно, и биологическая наука стояла на позициях преформации, согласно которой считалось, что человеческий зародыш с самого начала пребывания в утробе матери имеет уже готовыми все органы и ткани, которые только увеличиваются в размерах по мере эмбрионального развития. Предполагалось, что в яйцеклетке женщины заключается уже весь законченный организм со всеми мельчайшими частями. В нем обязательно должен быть и яичник молодого зародыша с зародышами следующих поколений и т. д. Знаменитый физиолог XVII века Альбрехт Галлер высчитал: бог за 6000 лет в шестой день сотворения мира создал зародыши 200 тысяч людей, заключив их в яичник Евы. При рождении происходит одушевление этих людей, то есть божественное наделение их разумом и сознанием. Таких же взглядов на происхождение сознания и его предустановленной гармонии с «божественным началом» в мире придерживался и известный ученый Лейбниц.

Почти двести лет, до середины XIX века, в медицине и физиологии господствовала теория, по которой жизненные явления, не поддающиеся объяснению ни физическими, ни химическими процессами в организме, обусловлены особой жизненной силой. Многие ученые считали, что эта сила связана с «душой», некоторые не соглашались, однако считали, что «жизненная сила» коренным образом отличается от материальной основы тела и существует независимо от нее.

Только в 1824 году Ж. Л. Прево и Б. Л. Дюма показали, что в оплодотворении нет никаких «жизненных сил», а участвуют мужская и женская половые клетки. Было показано также, что стадии внутриутробного развития отличаются не только количественным ростом зародыша, но и качественной перестройкой его тканей.

В этот период в науке все еще господствовал физиологический дуализм: признавалась и подчеркивалась абсолютная противоположность между органической и неорганической природой, между смертным телом и бессмертным духом, или сознанием. Преодолению подобных взглядов способствовали наблюдения над животными, над их инстинктами и поведением. Уже в 1840 году в «Руководстве по физиологии человека» немецкий естествоиспытатель Иоганнес Мюллер предлагает естественнонаучные методы изучения психической деятельности человека. В работах Чарлза Дарвина «Происхождение видов путем естественного отбора, или Сохранение благоприятствуемых пород в борьбе за жизнь» (1859) и «Происхождение человека и половой отбор» (1871) обобщены очень интересные наблюдения над психологическими особенностями различных видов животных, в том числе и обезьян. Ч. Дарвин показал, что их инстинкты совершенствуются по мере перехода от низшей формы развития к высшей, т. е. с изменением образа жизни, а это, в свою очередь, связано с эволюцией мозга.

Огромные успехи биологии, достигнутые во второй половине XIX века, позволили преодолеть двойственность взглядов на телесную организацию человека и его духовную жизнь. Современная наука глубоко изучила все стадии развития живой природы, начиная с отражательной способности простейших, усложнение которой в процессе эволюции привело к условно-рефлекторной деятельности высших организмов и формированию отражательных способностей, присущих только человеку, — речи, памяти, мышления. Появление этих особенностей обусловлено всей эволюцией животного мира.

Религиозные концепции изменялись мало. Вера в существование души отдельно от тела, картины загробного мира, ада и рая, возникнув в древности при зарождении религиозного сознания, пополнились лишь частными подробностями, не меняясь в корне. В настоящее время значительная часть верующих (независимо от вероисповедания) убеждена в том, что смерть не есть полное окончание существования, и настоящая жизнь представляется им лишь переходом к будущей счастливой жизни, верит в будущее воскресение не только души, но и тела. Верит и старается обеспечить себе счастливое загробное существование праведностью и молитвами в этом мире. В этой связи интересно рассмотреть действия мормонской церкви в США. Являясь самой богатой церковью, она позаботилась об обеспечении воскресения своих последователей при помощи современных технических средств. Там созданы специальные «команды», которые ведут учет душ, используя ультрасовременную аппаратуру. Данные о «душах», получаемые из архивов, муниципальных контор и церковных приходов разных стран, микрофильмируются. Хранятся микрофильмы в специальных сейфах в огромном подземелье города Солт-Лейк-Сити (штат Юта).

В век НТР модернизация богословия, вызванная развитием науки и изменением условий жизни, заключается в стремлении сблизить канонические религиозные догмы со всей суммой современных знаний и преподать религию как одно из направлений науки о человеке. Представления о загробной жизни современные теологи также пытаются преподнести как реальную научную проблему.

Человек должен познавать самого себя во имя реальной, земной жизни, а не отрешенно ждать божественного воздаяния за земные страдания в несуществующем загробном мире. Ведь знать — значит уметь. Именно для того, чтобы обратить знания во благо человечеству, ученые посвящают свои жизни изучению сложнейших явлений, в том числе и закономерностей мышления.

Строение и функции органов человека начали систематически изучать в эпоху Возрождения. Наряду с наблюдением за ранеными и больными стали проводиться вскрытия трупов, ранее запрещенные церковью. Весьма важную роль сыграло внедрение в медицинскую практику хирургического эксперимента на живых животных, совершенствование методики их проведения.

Крупные достижения в развитии медицины всегда были связаны с фундаментальными открытиями в естествознании, особенно в биологии. Так, успехи классической механики сказались на взглядах выдающихся врачей того времени Везалия, Гарвея, Декарта и других, считавших, что жизнедеятельность организма основана на тех же принципах, что и работа любого механического устройства, но обусловлена она неким активным началом — «душой».

В познании функций мозга как органа психической деятельности человека определенную роль сыграли взгляды мыслителей

XVIII столетия Ламетри, Дидро, Гельвеция. Наблюдения за детьми со значительными врожденными дефектами головного мозга и опыты с разрушением разных участков мозга у птиц и млекопитающих позволили сделать выводы о том, что дефекты большого мозга и мозжечка ведут к изменениям двигательной активности и чувствительности организма, а при повреждении продолговатого мозга нарушаются жизненно важные функции (кровообращение, дыхание и т. д.). Дальнейшие эксперименты на животных и наблюдения за больными с повреждениями определенных участков мозга дали возможность уточнить ряд функциональных особенностей центральной нервной системы.