В 1645 году, 12 июля, царь Михаил Феодорович скончался, оставив далеко неустроенное царство свое 16-летнему сыну Алексею Михайловичу. Новый царь напоминал своего отца добротой, мягкостью и привязчивостью к людям, за что и получил название Тишайшего, но превосходил Михаила Феодоровича живостью ума и характера, чему, конечно, много способствовало более соответственное его воспитание как будущего государя.

Как юным Михаилом руководил Филарет Никитич, так и юный Алексей первые шаги на великом царствовании делал под руководством воспитателя — боярина Морозова. Разница была лишь в том, что патриарх Филарет помогал своему сыну и чужд был других личных выгод, а боярин Морозов хотя и умный, и ловкий, и образованный, не мог отречься от частных интересов и подчинял им общегосударственные. К этому еще присоединилось и другое обстоятельство. Царь Алексей, озабочивали, оставить скорее потомство, женился на Марье Ильинишне Милославской, а боярин Морозов, для упрочения своего положения, на сестре последней. Тесть царя и правителя, дотоле неизвестный и мелкий чиновник Илья Данилович Милославский, воспользовался таким выгодным положением и устроил своих близких и родственников на теплые места, где они принялись наживаться кто как умел. Притесненный народ летом 1748 года учинил в Москве мятеж, жертвами которого пали некоторые из виновных лид, а именно думный дьяк Чистый и окольничий Траханиотов. Народ требовал казни и боярина Морозова, но последнего отослали в Кириллов-Белозерский монастырь, и значение его в государстве совершенно прекратилось. На смену Морозову явилось новое крупное и знаменитое лицо — Патриарх Никон. Родившись в крестьянской семье в Нижегородской области, он сразу выделился из своей среды умом и талантливостью. Найдя возможность научиться грамоте — верному средству выйти в люди, он скоро покидает свою деревню и поступает в монастырь на искус; но вскоре, вызванный родственниками обратно в мир, он женился и 20 лет от роду был посвящен в священники. Через 10 лет супружеской жизни, потеряв всех детей, он убедил свою жену принять иноческий чин и сам постригся в монахи в Анзерском пустынном скиту на Белом море. Слава о подвижнической жизни нового инока разошлась по Руси, и когда он в 1646 году появился на Москве по делам скита и представился царю — участь его была решена. Почти сейчас же состоялось назначение Никона Архимандритом Новоспасского монастыря в Москве, и полюбившийся царю молодой монах стал его постоянным собеседником, советником и другом. Являясь еженедельно во дворец и «печалуясь» за угнетенных, вдов и сирот, Никон приобрел огромное влияние на царя и уже в 1647 году был посвящен в Новгородские митрополиты, т. е. занял первое за патриархом место, а в 1652 году, по смерти патриарха Иосифа, царь предложил ему занять это высшее в церкви место. Никон согласился, но при условии, что бояре и народ дадут ему клятву «почитать его как архипастыря и отца, слушаться его во всем и дадут ему устроить церковь». Клятва была дана, Никон стал патриархом и теперь ему уже ничто не мешало влиять бесконтрольно на паря и насладиться полным удовлетворением своего честолюбия, которое простерлось до того, что он стал величать себя, по примеру Филарета, «великим государем и патриархом всея Руси». Но подобное возвышение породило ему массу врагов, которые исподволь старались подействовать на государя и возбудить неудовольствие последнего. Причин нашлось очень много, тем более, что сам Никон, будучи и резок и жесток, не старался бороться с врагами путем снисходительности, мягкости и на выпады последних отвечал лишь презрением и беспощадным осуждением, задевая иногда и самого царя. Когда однажды в 1658 году, будучи чем-то недоволен, он решил пустить в ход крайнее средство и всенародно отрекся от патриаршества, рассчитывая, конечно, на упрашивания и примирение с царем, его упрашивать не стали и не помешали удалиться в Воскресенский монастырь, Раздраженный самовольной выходкой бывшего своего друга, царь отвернулся от него и предоставил разрешить дело суду восточных патриархов, которые, прибыв в Москву, осудили Никона, лишив его архиерейского сана, после чего бывший патриарх был сослан в Белозерскую Ферапонтову пустынь. Но наряду со всем этим Никон совершил большое дело в упорядочении церковных дел и в исправлении священных книг, которые, благодаря необразованным переписчикам в течение нескольких столетий, постепенно, были сильно искажены. Реформа эта, очищавшая церковные обычаи от многих нелепых и несуразных обрядностей, была положительно необходима, но проведенная Никоном, т. е. резко и круто, как все, что им делалось, повела к многим осложнениям и породила раскол, который и в наши времена еще очень силен.

Натурально, этой реформой воспользовались и враги Никона, чтобы поселить в народе недоверие и неприязнь к властолюбивому патриарху, посягавшему якобы на чистоту православной веры и на те книги, по которым молились и спасались отцы и деды и многие праведной жизни люди сделались святыми Божьими угодниками. Общее неразвитие и необразованность довершили дело, начатое из неприязни к Никону, и реформа если и принесла пользу, то и вреда немало сделала на Руси, поселив религиозную вражду в населении и подорвав во многих уважение не только к господствующей вере, но и к царскому правительству, поддерживавшему «еретическое новшество».

Притеснения и преследования в дальнейшем всех нежелавших принять новые книги еще более озлобили их, а религиозная борьба правительства с расколом породила массу сект, из которых многие обратились прямо во вредные для государства и населения.

На почве раскола произошло и знаменитое Соловецкое возмущение в 1668 году. «Новой веры и учения не принимаем, — ответили монахи приехавшему увещать их архимандриту, — держим предание Св. чудотворцев, и за их предание хотим все помереть». Дело дошло до того, что перестали поминать государя, и тогда послано было войско, которое и подавило бунт.

К этим неурядицам присоединился еще бунт казаков на низовьях Волги и Дона. Причиной бунта был большой голод на Дону, где скопилась масса беглых боярских людей и крестьян; старшины старых донских казаков не сочувствовали этой толпе, почти что гнали ее от себя, и вот эти-то люди, ища себе выхода, объединились под предводительством донского казака Стеньки Разина. Начав сперва в 1667 году с грабежей персидских судов на Каспийском море, он в следующем году перенес свои действия на Волгу, овладел Астраханью, Саратовом и Самарой и только под Симбирском потерпел неудачу. Однако царские воеводы, посылаемые против Разина, не в силах были сразу потушить мятеж, и только в 1676 году удалось изловить и казнить разбойного атамана.

Но неблагоприятно сложившиеся внутренние события не помешали правительству царя Алексея довольно удачно разрешить внешние дела и укрепить как государственную безопасность, так и солидное значение России в ряду прочих европейских и других соседних государств. Внешние войны начались борьбою с Польшей за Малороссию. Уже давно эта страна, населенная главным образом казаками, находилась под властью Польши, которая сильно угнетала хотя и родственное по племени, но чуждое ей по вере население.

Поэтому, когда появился сильный духом человек, пылавший ненавистью к поработителям и поднявший восстание под предлогом защиты веры православной, вся Украина, как звалась Малороссия, взволновалась и пошла за ним.

Богдан Хмельницкий, как звали этого человека, заключил союз с крымским ханом и повел против Польши настоящую войну. Первоначальные успехи 1648 года осложнились позднее неудачами, и у Малой Руси и Хмельницкого явился вопрос о необходимости подчиниться какому-нибудь государству на выгодных условиях, дабы иметь защиту более крепкую, чем только своя казачья удаль. На раде казацкой в Переяславле Хмельницкий предложил сделать выбор между турецким султаном, крымским ханом, королем польским и единоверным царем московским, «Православный христианский царь восточный одного с нами благочестия; кроме его царской руки мы не найдем лучшего пристанища», «Волим, под царя восточного, царя православного», — порешила рада и принесла присягу царю Московскому. Алексей Михайлович принял подданство Малороссии в 1654 году и тотчас начал за нее войну с Польшей. Успех был полный, тем более, что на Польшу одновременно напал шведский король и тоже не без успеха. Но царь Алексей Михайлович крайне был недоволен вмешательством Швеции и видел в ней не столько союзника, сколько будущего сильного и опасного соседа, стремящегося завладеть важной для России Литвой и отдалявшего ее окончательно от Балтийского моря. В силу этих обстоятельств с Польшей был заключен мир, а русское оружие было направлено уже против Швеции, и в 1656 году сам царь двинулся в поход к Ливонии. Война шла с переменным успехом и закончилась в 1661 году Кардисским миром, по которому все остались при своем. Тем временем умер Богдан Хмельницкий и начавшиеся смуты на Украине грозили переходом Малороссии вновь под польское владычество. Пришлось снова начать войну с поляками, которая уже не была так удачна, как первая. В 1667 году она была закончена Андрусовским миром, по которому за Москвой остались Смоленск, Северская земля и Малороссия, но уже не полностью, а только часть ее по левую сторону Днепра. Затем в конце царствования Алексея Михайловича московские войска постепенно начали утверждаться и в западной части Малороссии, но в это время царь скончался 29 января 1676 года и благословил на царство старшего своего сына Феодора 14 лет. Царь был женат два раза: первый раз, как уже указывалось, на Милославской, а второй, с 1671 года, на Наталье Кирилловне Нарышкиной, от которой родился Великий Петр. Всего же у Алексея Михайловича было от первого брака 2 сына и 6 дочерей и от второго 1 сын и 2 дочери, т. е. 11 человек детей.