Когда британский самолет сообщил о том, что итальянская эскадра находится всего в 100 милях, британское соединение повернуло на юг, показывая, что не намерено искать столкновения. Шансы перехватить англичан до заката были сомнительны, поэтому в конце дня 31 августа итальянские корабли повернули назад с приказом вновь повернуть на юг на рассвете. Если бы ночью неприятель опять двинулся на запад, его можно было бы перехватить прямо в центре Средиземного моря.

Ночью разразился сильный шторм. Итальянским эсминцам пришлось очень тяжело. Шторм также помешал итальянским самолетам-разведчикам получить хоть какую-то информацию о положении восточного и западного соединений англичан в течение всего следующего дня. В такой ситуации Супермарина утром 1 сентября приказала всем кораблям вернуться в базы. Все равно эсминцам уже требовалось пополнение запасов топлива. Многие эсминцы вернулись в порты поврежденными во время шторма, потеряв несколько человек, смытых волнами.

Британские корабли, которые тоже почувствовали удары шторма, сумели под его прикрытием добраться до Мальты и отправились обратно на восток, избежав контрударов с моря и с воздуха.

Этот неудачный выход итальянского флота был самой большой упущенной возможностью, даже более важной, чем представлялось в то время. Как мы знаем сегодня, в тот день линкор «Вэлиант», авианосец «Формидебл» и крейсера ПВО «Калькутта» и «Ковентри» прошли Сицилийским проливом. Это были подкрепления, посланные в Александрию в ответ на требования адмирала Каннингхэма после боя у Пунта Стило. Поскольку резкое ухудшение погоды помешало любым действиям авиации, Супермарина даже не подозревала об их переходе. Данные разведки были настолько неточны, что после прибытия британских кораблей в Александрию считалось, что они направляются в Красное море.

6 сентября пришло сообщение, что Гибралтарская эскадра снова вышла в море и движется на восток. Супермарина немедленно отправила на перехват 5 линкоров, 6 крейсеров и 18 эсминцев. Однако англичане прямо возле Гибралтара развернулись и ушли в Атлантику для операции против Дакара. Этот маневр разведка Супермарины не заметила. Поэтому последовали безуспешные поиски по всему западному Средиземноморью.

В течение сентября англичане лихорадочно усиливали свою авиацию на Средиземном море. Многие самолеты прилетели прямо из Великобритании. Один «Бленхейм», например, сел на Пантеллерии, считая, что это Мальта. Позднее еще один таким же образом занесло на Лампедузу.

Эффект прибытия этих подкреплений итальянцы почувствовали сразу. Резко усилились бомбардировки Бардии, Тобрука, Дерны и Бенгази. Возросли и потери. В последнем порту за несколько дней были потоплены эсминцы «Бореа» и «Аквилоне» и тяжело повреждены миноносцы «Сигно» и «Косенц», а также 3 торговых судна. Поэтому Супермарина потребовала от Верховного Командования организовать ПВО ливийских портов, так как за их прикрытие от атак с воздуха отвечала армия. До этого времени системы ПВО практически не существовало. В конце концов решение проблемы пришлось взять на себя флоту, так как армия ничего не могла выделить в тот момент.

Начиная с августа, морские перевозки в Ливию резко возросли, так как итальянская армия готовилась начать наступление на Египет. Однако британское противодействие этим перевозкам было минимальным. Корабли адмирала Каннингхэма не сделали ни малейшей попытки помешать движению конвоев. Плохо обученные британские подводные лодки выпустили много торпед, но не достигли никаких результатов. Бомбардировщики в то время еще имели ограниченный радиус действия. В результате многие морские маршруты остались открытыми, и Супермарина использовала это преимущество, направляя по ним большинство конвоев. За период с 10 июня по 30 сентября было перевезено 148817 тонн техники и припасов без потерь. Фактически до конца ноября действия англичан не нанесли никаких потерь конвоям.

С другой стороны, такое увеличение перевозок поглощало все большее количество кораблей для их прикрытия. Сюда, разумеется, не входят те случаи, когда требовалось вмешательство главных сил флота. К сентябрю 1940 года 35 эсминцев, или всех имевшихся в составе флота, плюс множество вспомогательных судов были выделены для постоянной работы по сопровождению конвоев на ливийском маршруте. Такое отвлечение сил имело серьезные последствия при решении остальных задач, возложенных на миноносный флот.

В конце августа Верховное Командование потребовало от Супермарины как можно быстрее перебросить в Албанию экспедиционные силы. Похоже, эти войска предназначались для действий против Югославии, но в итоге были использованы в Греческой кампании. Супермарина немедленно создала специальный штаб в Бриндизи, придав ему значительные силы: миноносцы, флотилии торпедных катеров, катера-охотники, тральщики, буксиры и множество вспомогательных кораблей. За 10 дней, с 10 по 20 сентября, флот перевез в Албанию без всяких потерь экспедиционный корпус в составе: 40310 человек, 7728 лошадей и мулов, 701 машину и 35535 тонн грузов.

Верховное Командование до сих пор еще не открыло Супермарине своих планов в балканском секторе, но поскольку писанию потребовались такие перевозки, флот заподозрил, что готовится нечто серьезное. Так как было ясно, что любые действия на Балканах еще больше ухудшат стратегическую ситуацию Италии и ограничат возможности флота, адмирал Каваньяри 19 сентября направил Верховному Командованию большой меморандум. Он предлагал сосредоточить все итальянские силы на Египетском фронте и продемонстрировал абсолютную необходимость «не распылять нашу энергию по всем направлениям». 23 сентября маршал Бадольо ответил короткой нотой, в которой выражал очевидное намерение отделаться от всяких нежелательных советчиков.

В сентябре последовала короткая вспышка военных действий между англичанами и французами в районе Дакара. Хотя сами по себе эти бои имели мало значения, стратегам Оси следовало бы повнимательней к ним присмотреться. Они показали намерение англичан захватить французские порты в Западной Африке. Выпадал благоприятный случай пересмотреть свою политику в отношении французских баз в Тунисе и Алжире и оккупировать хотя бы первые. Растущие перевозки в Ливию и британские подкрепления на Мальте потребовали усиления прикрытия конвоев морскими и воздушными силами, базирующимися в Тунисе. Супермарина поставила вопросу перед Верховным Командованием, но в результате противодействия немцев план снова провалился.

Ночью 5 сентября эскадра миноносцев «Альтаира» открыла серию новых операций, поставив минный барьер перед британской базой Валетта (Мальта). После этого постановки повторялись еще 35 раз, и на подходах к стратегически важному порту был создан опасный минный пояс. Потом он был усилен минами, сброшенными германскими самолетами. После войны узнали, что англичане на этих минах потеряли эсминцы «Джерси», «Саутволд», «Куявек», подводную лодку «Олимпус», много вспомогательных судов флота и торговых кораблей.

В сентябре не предпринималось важных операций, и британские корабли не покидали гавани Александрии. Итальянский флот использовал эту передышку для интенсивных учений, чтобы повысить индивидуальную и коллективную боеспособность, особенно новых линкоров.

29 сентября произошли важные события. Во-первых, Верховное Командование потребовало от Супермарины остановить проводку конвоев в Ливию. Наземные службы снабжения просто не могли справиться с огромным объемом перевезенных припасов. Во-вторых, флот и ВВС пришли к новому соглашению в старом споре о торпедоносцах. ВВС признали, что самолет-торпедоносец продемонстрировал такие возможности, «как долго доказывал флот», что желательно его дальнейшее развитие. Флот также добился, чтобы его наблюдатели руководили действиями этих самолетов, но ВВС быстро забыли об этом. Флот продолжал снабжать ВВС авиаторпедами и оборудованием для их обслуживания.

В тот же день была поставлена задача обеспечить перевозку сельскохозяйственных удобрений из Туниса. Флот не мог обеспечить сопровождение этих судов. Поэтому транспорт выходили из Сфакса и Суса парами без сопровождения. Однако, благодаря применению тысячи и одной уловки, долгое время удавалось удерживать потери на минимальном уровне.