Днем 13 ноября основная тяжесть борьбы пала на итальянских моряков на батареях и укреплениях, которые немцы пытались очистить. Наконец ночью генерал Тинли бросил английские силы в атаку на один из германских плацдармов. Мужественно сражаясь, английские солдаты заставили немцев отступить. Однако флот союзников не появился, и немцы беспрепятственно доставили подкрепления по морю. На следующее утро они не только вернули потерянное, но и расширили свою территорию, прорвавшись вглубь укрепрайона. Теперь борьба, не теряя своей ожесточенности, распалась на множество мелких схваток, что тоже было в пользу немцев. После двух дней таких боев, вечером 15 ноября адмирал Машерпа потребовал от генерала Тинли разрешения провести ночью решительную атаку всеми силами итальянцев. Эта атака должна была обрушиться на все главные позиции немцев. Хотя большая часть итальянцев была кем угодно, только не обученными рукопашному бою пехотинцами, у Машерпы еще оставалось около 5000 человек, и все они были полны отваги и надежды. Отчаянная попытка общего наступления все еще могла сбросить главные силы немцев в море. Однако генерал Тинли в очередной раз заявил, что бой безнадежно проигран, и отклонил это благородное предложение.

На следующее утро немцы высадили дополнительные войска с моря и с воздуха. Вокруг уцелевших узлов сопротивления продолжались яростные бои. Теперь итальянцы и англичане сражались бок о бок. Они вместе проливали кровь и соперничали в доблести. Генерал Тинли, осажденный со своим штабом в подземных казематах, лично отбивал атаки. А неподалеку горстка итальянских моряков и британских солдат проявляла чудеса героизма, сражаясь среди разбитых орудий уничтоженной батареи. Несмотря ни на что, многие батареи продолжали стрелять по германским войскам и самолетам, хотя многие орудия теперь обслуживались буквально одним человеком.

В 12.30 германские парламентеры пробились на итальянский командный пункт и предложили адмиралу Машерпе немедленно капитулировать, чтобы сохранить жизнь своим так называемым «партизанам». Однако адмирал твердо ответил: «Нет», — хотя знал, что этим он подписывает свой смертный приговор (Адмирал Машерпа был предай суду поенного трибунала по обвинению в «измене» и апреле 1944 года в Парме последователями Муссолини, которые объявили себя законным правительством Италии. Он был казнен вместе с адмиралом Кампиони, губернатором Додеканезских островов, отказавшимся передать острова немцам.). Немного позднее генерал Тинли, захваченный немцами, подписал капитуляцию всех британских сил. Итальянцы продолжали сражаться, говоря, что желают показать англичанам, что итальянские моряки знают, как надо умирать. Так как сопротивление продолжалось, немцы в 17.30 доставили генерала Тинли к Машерпе, чтобы он лично подтвердил факт капитуляции. Генерал также хотел поблагодарить адмирала за великолепное поведение его моряков. Он пообещал, что сделает все возможное, чтобы спасти уцелевших итальянцев от расстрелов. Тинли сдержал свое обещание и спас много жизней.

Адмирал Машерпа согласился на капитуляцию итальянских сил только через час — в 18.30. Но в этом безумном хаосе было просто невозможно довести приказ до всех изолированных узлов сопротивления. Во многих местах итальянцы продолжали драться. В течение ночи световыми сигналами приказ был передан на многие укрепления, но гарнизоны отвечали: «Мы не верим! Да здравствует Италия!» — и продолжали бой. Поэтому в некоторых местах схватка затянулась до утра. Немцы привели к «неверующим» итальянских офицеров, которые лично подтвердили приказ о капитуляции. Но как только упрямцы сдались, немцы тут же перебили почти всех.

Адмирал еще мог спастись, добравшись до турецкого берега на катере, который ожидал его в укромном месте в гавани. Твердо зная, что ему не на что надеяться, он предпочел остаться со своими людьми. Как только смолкли последние залпы битвы, длившейся 52 дня, этот катер увез с Лероса итальянский флаг, который позднее вернулся на родину в качестве драгоценной реликвии.

Адмирал Каннингхэм в своих мемуарах так прокомментировал этот эпизод:

«Лерос был итальянской военно-морской базой. Однако ни итальянские войска, ни их береговые и зенитные батареи не внесли серьезного вклада в оборону».

Уже говорилось, что итальянский флот начал сотрудничество с союзниками сразу после перемирия. Множество его кораблей начали военные действия против немцев. Следует отметить, что уже через несколько дней началась работа в рамках конкретных планов на основе, по крайней мере, морального равноправия с союзниками. По просьбе англичан эсминцы «Легаенарио» и «Ориани» 13 сентября вышли с Мальты. Оки направились в Алжир, приняли на борт 30 тонн боеприпасов и группу солдат и перебросили их в Аяччо, который еще находился в руках итальянцев. Эти войска приняли участие в боях, вынудив немцев эвакуировать свои силы с Корсики.

Над нижней Адриатикой продолжали господствовать военно-морские базы Таранто и Бриндизи. Перемирие не оказало никакого влияния на активность итальянского флота в этом районе. Кроме взаимодействия с флотом союзников, ему пришлось провести множество операций по оказанию помощи и поддержки итальянским войскам в Далмации, Албании и Греции, которые оказались в окружении. Разрозненные группы итальянских солдат, которые больше не могли оказать организованного сопротивления немцам и югославам, пробивались к побережью. Единственной надеждой на спасение для них оставалась эвакуация морем. На некоторых островах итальянские гарнизоны продолжали отражать атаки немцев, поэтому возникала необходимость организовать доставку снабжения и подкреплений, иначе эти гарнизоны оказались бы покинутыми на произвол судьбы.

Почти сразу после перемирия итальянские миноносцы и торпедные катера вместе со случайно подвернувшимися торговыми судами наладили регулярные рейсы для выполнения этих задач. Это продолжалось весь сентябрь. Они курсировали между итальянскими портами в нижней Адриатике и Ионическими островами и прикрывали порты на другом берегу моря — от Спалато на севере до Корфу на юге. Эти операции были связаны с определенным риском и привели к потерям, так как неприятель всеми силами пытался помешать итальянцам. Главным противником вновь стала авиация.

Например, миноносцы «Сиртори» и «Стокко» были немедленно отправлены из Бриндизи на Корфу, чтобы помочь итальянскому гарнизону обороняться против уже высадившихся на острове германских войск. В конце концов сопротивление немцев было сломлено, и они сдались в плен. В ходе операции 13 сентября «Сиртори» подвергся сильнейшей атаке германских бомбардировщиков и был потоплен. После капитуляции германских войск на Корфу «Стокко» был послан к берегам Албании для спасения итальянских солдат, собравшихся в различных портах. Тем временем немцы, поняв, что союзников не интересует судьба Ионических островов, которые оставались в руках итальянцев, приготовились отбить Корфу. Сначала после ожесточенного сопротивления была захвачена Кефалония. Захваченные в плен остатки гарнизона были перебиты. Корфу имел важное стратегическое значение, и немцы начали собирать значительные силы на албанском берегу, чтобы высадиться на остров. Когда атака начала выглядеть неизбежной, Супермарина, перебравшаяся в Бриндизи, отправила «Стокко» обратно на Корфу, так как никаких других кораблей не имелось. В этот момент миноносец, вместе с корветом «Сибилла», направлялся в Санти Куаранта (Албания), сопровождая конвой из 3 итальянских судов. Миноносец начал крейсировать вокруг Корфу, чтобы отогнать германские десантные суда, если они появятся. Но опять вмешались германские бомбардировщики и 24 сентября потопили «Стокко» практически со всем экипажем. Следует добавить, что лишенный всякой поддержки остров Корфу 25 сентября был после ожесточенного боя захвачен немцами.

Упомянутый выше конвой на обратной дороге тоже подвергся воздушной атаке. Одно из судов было потоплено. В тот же день бомбардировщики потопили другое судно, возвращавшееся в Италию с солдатами, собранными в албанских портах. 27 сентября германские бомбардировщики потопили миноносец «Косенц», находившийся в порту Лагоста (Далмация). Он привел туда судно со снабжением и остался для оказания помощи гарнизону.