Снова возникло расхождение во взглядах между Супермариной и верховным командованием Германии и Италии. Немцы считали, что более вероятна операция против Сардинии или Корсики, тогда как командования итальянских армии и ВВС опасались только за Сардинию. Все эти штабы, даже накануне вторжения, когда множество свидетельств подтвердило точку зрения флота, упрямо стояли на своем.

В любом случае, весной 1943 года итальянские и германские войска начали укреплять угрожаемые сектора — Сицилию, Сардинию, Корсику. Для этого флоту пришлось организовать новую систему многочисленных конвоев. Для их прикрытия пришлось выделить те немногие эсминцы, которые удалось поштучно наскрести повсюду, для прикрытия линкоров, чтобы они снова могли выходить в море. Конвои на Сардинию и Корсику встретили противодействие одних подводных лодок, и потери оказались минимальны. Зато конвоям, идущим в Сицилию, пришлось туго, так как после захвата Туниса союзники принялись за судоходство в сицилийских водах всерьез. Как обычно, большинство атак выполняли самолеты. Единственный морской бой произошел ночью 2 июня.

Конной из 2 судов, «Постумия» и «Враницци», сопровождал миноносец «Касторе». Их заметил самолет-разведчик с Мальты. Через несколько часов британская эскадра вышла с Мальты, не замеченная итальянцами. В 1.41 по крайней мере 3 вражеских корабля, среди которых был греческий эсминец «Василисса Ольга», открыли огонь. Используя радар, они сумели начать атаку раньше, чем итальянцы обнаружили их. «Касторе» отважно отбивался, но был потоплен. Была потоплена также «Враницца». Однако самопожертвование миноносца позволило «Постумии» спастись.

Фашистская пропаганда описывала остров Пантеллерия как крепость, ощетинившуюся орудиями, прикрытую самолетами и располагающую большой морской базой. На самом деле база на Пантеллерии была крошечным портом, прилепившимся к скале, построенным еще карфагенянами. Он мог принимать только самые маленькие корабли. «Крепость» Пантеллерия состояла из 7 береговых и 15 зенитных батарей, имевших устаревшие пушки и расположенных на открытых позициях. Когда в ноябре 1942 года итальянцы осознали, что можно потерять Сицилийский пролив, они попытались укрепить оборону острова. Но было сделано очень мало, и остров никак не мог выдержать мощной атаки.

Когда пал Тунис, союзники легко могли атаковать Сицилию, обойдя Пантеллерию, которая не располагала никаким атакующим потенциалом. Самым вероятным кажется то, что союзники переоценили возможности Пантеллерии и решили сначала захватить ее, а уже потом начинать Сицилийскую операцию. Поэтому они бросили против острова большие силы авиации и практически бессмысленно потратили целый месяц.

При атаке Пантеллерии союзники использовали ту же систему, что и Ось против Мальты. Мощные бомбежки с воздуха, морская блокада и высадка только тогда, когда возможности эффективного сопротивления будут окончательно ликвидированы. Реализовать этот план союзникам было куда легче, чем Оси. Пантеллерия была значительно меньше Мальты, и воздушное превосходство было просто подавляющим. Далее, Мальта сама располагала авиацией, которая временами была слабой, однако никогда остров не оставался без прикрытия с воздуха. Пантеллерия, в отличие от этого, абсолютно не имела своей авиации. И никакой поддержки с воздуха гарнизон не получил, так как итало-германская авиация в сицилийском секторе была просто мизерной по сравнению с силами союзников.

Командовал базой адмирал Павези. Сухопутные силы состояли из 7000 плохо вооруженных солдат. Гражданское население, которое достигало примерно 10000 человек, делало проблемы обороны еще более сложными, так как продовольствия не хватало, а последний транспорт прибыл па остров в январе. Остров не имел других источников воды кроме трех маленьких колодцев. Ее приходилось доставлять на танкерах с Сицилии. Население обычно собирало в цистерны дождевую воду. Когда прибыли подкрепления, проблемы с водой обострились еще сильнее. Исходя из всего этого, Супермарина предложила правительству эвакуировать гражданское население с острова. Министерство Внутренних Дел выступило категорически против, так как это стало бы тяжелым моральным ударом, особенно для населения Сицилии.

Атаки союзников против Пантеллерии начались 18 мая с двух налетов, выполненных сотней самолетов. Одновременно неприятель установил морскую блокаду, днем используя самолеты, а ночью еще и корабли. Так как гавань острова не могла принимать сколько-нибудь крупные корабли, доставку всех припасов пришлось возложить на «морских мулов» — несколько малых грузовых судов, и 3 подводные лодки. Они несколько раз сумели прорвать вражескую блокаду, используя ту или иную уловку. Однако 29 апреля «Фауно», возвращаясь с Пантеллерии, был ночью потоплен 2 эсминцами.

Воздушные бомбардировки продолжались до 28 мая. Ежедневно совершалось по 3 — 4 налета, каждый сотней или более самолетов. Береговые батареи, оборонительные позиции, линии связи разрушались одна за другой. Результаты уничтожения основных жилых районов оказались очень серьезными, так как гражданское население, потеряв крышу над головой, не имея продуктов, собиралось на оборонительных позициях. В результате налетов пострадали дороги, что нарушило связь между узлами обороны. Дневные ремонты оказались невозможны, так как истребители союзников с бреющего полета обстреливали любую замеченную цель. Поэтому рабочие команды ремонтировали дороги но ночам.

29 мая началась вторая фаза битвы. Количество налетов увеличилось до 6 — 7 в день, со 2 июня оно возросло до 10 — 12, а с 7 июня — до 15 — 20 налетов за день. 9 июня налеты приобрели круглосуточный характер. 29 мая неприятель, используя осветительные ракеты, начал ночные налеты. Защитникам острова приходилось находиться на боевых постах по 24 часа в сутки. Силы защитников медленно таяли. Генерал Эйзенхауэр в своих мемуарах писал, что налеты имели целью «не позволить гарнизону спать или отдыхать». Другим результатом ночных налетов стала невозможность проводить по ночам ремонтные работы, очень скоро узлы обороны оказались разобщенными и больше не получали боеприпасов, продовольствия и даже воды.

Вода постепенно становилась одной из самых серьезных проблем. Три колодца были уничтожены при первых же налетах, и единственными сохранившимися источниками воды были немногие резервные цистерны, разбросанные по острову. Итальянский флот сумел провести из Трапани небольшой танкер «Арно», а ВВС по ночам доставляли на разгромленные аэродромы какие-то жалкие капли. Флот выслал установку для опреснения и очистки воды. Второй раз «Арно» форменным чудом прорвал ночную блокаду острова. Но после 3 дней и ночей сверхчеловеческих усилий под непрерывно падающими бомбами оказалось невозможным выгрузить установку, так как порт был превращен в груду щебня. И танкер, показав невероятную отвагу, прорвался обратно на Сицилию.

Гражданское население спасалось в единственном месте, которое оно считало безопасным от бомб — подземных артпогребах береговых батарей и других подземных военных сооружениях. Условия жизни людей, скучившихся на крохотных пятачках, лишенных воды и пищи, трудно даже представить. Постоянное общение с этими людьми, большинство которых составляли женщины и дети, терроризированные постоянными бомбежками, голодные, мучимые жаждой, могло привести только к окончательному подрыву духа солдат. В то же время невозможно было заставить их покинуть единственные имеющиеся укрытия, пытан под град бомб. В конце мая остро» покинули германские поиска — около 1000 человек, что тоже стало деморализующим фактором. Но самым главным было отсутствие итало-германской авиации в небе над островом. И гражданское население, и войска были брошены на произвол судьбы. На самом деле самолеты Оси пытались оказать хоть какую-то поддержку гарнизону, однако их перехватывали и сбивали истребители союзников раньше, чем они приближались к острову.

Морскую блокаду союзников пытались разрушить итальянские и германские торпедные катера. Однако, несмотря на множество выходов, они не сумели найти противника. После 1 июня эсминцы союзников каждую ночь болтались возле острова, выпуская парочку снарядов по берегу, беспокоя защитников. Береговые батареи, на которых почти не осталось орудий, ничего не могли им противопоставить. Поэтому утром 8 июня появился вражеский крейсер и провел первый серьезный обстрел берега. Через 3 дня прибыли 4 крейсера в сопровождении эсминцев, их опустошительный обстрел довершил работу бомбардировщиков. Береговые батареи отстреливались, как могли, но о серьезном сопротивлении уже нельзя было и мечтать.