Так как во время войны с Грецией существовала возможность в любой день услышать требование высадить десант, Специальные Морские Силы не были расформированы. Напротив, их перевели в Полу, где они проводили интенсивные тренировки и опробовали новое десантное снаряжение.

9 декабря англичане начали свое первое наступление в Африке, и после тяжелых, упорных боев, длившихся два месяца, итальянские войска были вынуждены отступить на край пустыни Сирт. Хотя эта кампания потребовала резкого увеличения перевозок в Ливию, флот полностью выполнил требования армии. Несмотря на увеличивающиеся трудности, с октября 1940 года по январь 1941 года в Африку было доставлено 197742 тонны грузов. Потери были минимальными: никаких в октябре и ноябре и около 7% в декабре и январе.

Быстрое окружение Бардяи и Тобрука поставило вопрос о снабжении войск, находившихся там. Это могли сделать подводные лодки. Они прибывали в сумерках, разгружались и на рассвете выходили обратно в море. В этой работе им помогали маленькие бронированные суда из Бенгази, которые, благодаря своей незамегносги, имели некоторые шансы проскочить мимо англичан.

Используя орудия, снятые с итальянских эсминцев, потопленных в гавани Тобрука, флот создал несколько береговых батарей, укрепивших оборону Бардин. В Тобруке находился «Сан Джордхио», Этот старый броненосный крейсер стоял на якоре в порту и использовался исключительно как плавучая батарея. Хотя корабль впервые участвовал в бою еще в итало-турецкой войне в 1911 году, он оказался весьма эффективным в новой роли. Его палуба была закрыта мешками с песком, вокруг были поставлены противоторпедные сети. Экипаж корабля находился на боевых постах практически круглосуточно, «Сан Джорджио» отбил за семь месяцев огромное количество атак Королевских ВВС, использовавших буквально все имеющиеся типы самолетов. Живучесть старого крейсера была просто поразительной, и вскоре он стал легендой даже для врагов.

Когда Тобрук должен был пасть, экипаж решил вывести корабль из гавани, предпочитая погибнуть, сражаясь в море, а не уничтожать корабль на якорной стоянке. Супермарина ответила согласием, но итальянское Верховное Командование решило, что вклад «Сан Джорджио» в оборону Тобрука настолько велик, что нельзя начинать подготовку к выходу, так как это ослабит оборону крепости. Все понимали, что уход корабля подорвет дух солдат на берегу. Поэтому «Сан Джорджио» приказали оставаться в Тобруке и оказывать поддержку войскам как можно дольше. Затем экипажу следовало затопить корабль.

Тем временем, береговые батареи тоже готовились отражать наступление с суши. Вместе с орудиями «Сан Джорджио» они оказались самым эффективным средством противодействия англичанам. Однако, днем 21 января морская база была окружена, и был потерян контакт с итальянскими сухопутными силами. На закате вражеская артиллерия, подойдя вплотную, начала обстрел «Сан Джорджио». «Чудо» подошло к концу. Ночью экипаж в полном порядке высадился на берег, на борту остались только командир и несколько специалистов, чтобы подготовить уничтожение корабля. Этой же ночью все сооружения и оборудование Тобрука были полностью уничтожены. Несколько маленьких суденышек попытались проскочить сквозь линию блокады британских судов. Большинству это удалось.

22 января в 5.00 «Сан Джорджио» встретил свой конец — он был взорван собственным экипажем. Чтобы удостовериться, что подрывные заряды сработают, офицер и торпедист пожертвовали своими жизнями. Командир корабля, капитан 2 ранга Пульезе тоже остался на борту, по был спасен, хотя и получил тяжелые ранения. В 8.30 было сломлено последнее сопротивление моряков в Тобруке, и морскую базу заняли англичане.

Неделю спустя, когда кольцо вокруг Бенгази стало плотнее, флот сумел эвакуировать весь подвижной состав и оборудование и весь свой личный состав. Все сооружения и припасы были уничтожены. Капитан порта покинул Бенгази со своим последним подразделением, когда англичане уже входили в город.

Уход из Киренаики дорого обошелся флоту. Он потерял хорошо оборудованные порты и большое количество припасов. Особенно тяжелой была потеря Тобрука, ведь эта хорошо оснащенная база строилась много лет. Кроме того, отступление из Киренаики вызвало потерю примерно 50 мелких вспомогательных судов, которые не удалось эвакуировать из-за полученных ими повреждений и по другим причинам. Эти потери оказались относительно тяжелыми и нанесли серьезный удар по ограниченным ресурсам флота. В будущем они еще дадут о себе знать — во время повторного захвата Киренаики, когда флоту понадобится восстановить потерянные запасы оборудования, техники и припасов, которые ранее имелись в Африке.

Потеря Киренаики, а особенно порта Бенгази, имела большие стратегические последствия. Обладание портами и аэродромами западной Киренаики, Греции и Мальты дало англичанам контроль над центральным Средиземноморьем и сделало проблему обеспечения путей снабжения Триполитании еще белее серьезной, чем раньше. Исход войны в Африке для обеих сторон определялся способностью снабжать свои войска там. Теперь англичане начали методически проводить операции, которые могли сделать снабжение Триполитании если не невозможным вообще, то, по крайней мере, исключительно трудным. Разумеется, основой этого плана была Мальта, куда неприятель начал перебрасывать все виды оружия, имевшегося у него. Английские подводные лодки, корабли и самолеты, имея в своем распоряжении такую мощную исходную позицию, грозно нависли над маршрутом Италия — Африка.

Усиление Мальты также представляло угрозу любым операциям итальянского флога — как в центральном Средиземноморье, так и в Сицилийском проливе. Оно также означало, что неприятель может бомбить южную Италию. Более того, оно давало прочную опору любым британским операциям как раз на полпути из Гибралтара в Александрию.

Поскольку было совершенно ясно, что итальянские ВВС недостаточно сильны, чтобы помешать переброске английских подкреплений на остров, флот потребовал использовать представившуюся возможность и попытаться оккупировать Мальту. Муссолини наконец согласился потребовать поддержки Люфтваффе, хотя и сделал это против собственного желания. Гитлер уже зимой собрал значительные силы, так как намеревался вмешаться в африканскую войну. Поэтому в конце 1940 года он послал X авиакорпус — около 400 самолетов — в Сицилию непосредственно для нейтрализации Мальты. Воздушное наступление началось 16 января 1941 года. В среднем в день совершалось от 70 до 80 вылетов — для тех времен достаточно высокая цифра. Количество вылетов не удалось удержать все время на этом уровне, так как некоторые части пришлось использовать в Ливии. Тем не менее, это воздушное наступление значительно подорвало мощь Мальты.

В декабре англичане с аэродромов на Мальте и в Греции начали бомбардировки портов южной Италии. Главной их целью стал Неаполь, потому что он был исходной точкой ливийских конвоев. Кроме того, в Неаполь после атаки Таранто 12 ноября была переведена большая часть итальянского флота. Учитывая сложное положение, в котором оказался линейный флот, нельзя было позволить себе риск потерять еще хоть 1 линкор. Поэтому, после налета на Неаполь 14 декабря, когда получил попадание крейсер «Пола», флот покинул и Неаполь. Корабли разделились на 2 группы, одна пошла в Маддалену, другая — в Кальяри. Этот перевод кораблей дальше на запад еще больше ограничил возможности стратегических операций флота в центральном Средиземноморье.

Англичане немедленно использовали полученное преимущество, послав небольшой конвой из Александрии на Мальту. Итальянский флот получил о нем, как: обычно, запоздалые и неполные сведения. Именно по этой причине, а отнюдь не по глубоким стратегическим соображениям, конвой встретили только подводные лодки и самолеты. В ходе операции итальянская подводная лодка «Серпенте» потопила британский эсминец «Хилерион» к юго-востоку от Мальты. Чтобы помешать противнику использовать преимущества перебазирования флота на Сардинию, часть кораблей пришлось вернуть в Неаполь, несмотря на угрозу с воздуха.