Политические симпатии Баженова со временем сделались менее радикальными, и в 1905 году он вступил в Конституционно-демократическую партию — партию университетской интеллигенции и представителей «свободных профессий». Сами кадеты считали, что защищают не классовые, а общечеловеческие идеалы политической свободы и социальной справедливости. Проблема заключалась в том, что эти абстрактные идеалы оставались бессильны в ситуации, когда и правительство, и народ, и привилегированные классы видели единственное средство разрешения политических споров в насилии. В начале революции кадеты сблизились с левыми партиями, в том числе с большевиками. Баженов предоставил работу в своей лечебнице вернувшемуся из ссылки врачу-болыневику С.И. Мицкевичу (1869–1944), а в начале революции в его лечебнице собирался комитет РСДРП во главе с В.И. Лениным⁵⁰.

По ходу революции обе стороны все более прибегали к насилию. Кадеты, однако, искали ненасильственных методов, в том числе участвуя в выборах в Думу. Когда большевики призвали к восстанию и организации массовых беспорядков, Баженов, пересмотрев лозунг кадетов «нет врагов слева», выступил с памфлетом «Психология и политика» (1906). Пользуясь своей репутацией эксперта в вопросах социальной психологии, он предупреждал об опасности, которую представляет неконтролируемая толпа, и о том, что бунт похоронит революционные начинания. И все же, Николай Николаевич по-прежнему не скрывал своей оппозиционности режиму, протестуя в газетных публикациях против обысков в психиатрических больницах и репрессий против врачей, оказавших медицинскую помощь восставшим. Написал он и статью для сборника в поддержку отмены смертной казни, изданного Петербургским союзом медицинских работников, в которой доказывал, что время, которое приговоренный проводит в ожидании смертной казни — мука, уже сама по себе достаточная для искупления вины. Жестокость этого наказания может даже превзойти серьезность самого преступления. Баженов цитировал рассказ Виктора Гюго «Последний день приговоренного к смерти», написанный в форме дневника человека, ожидающего казни. Рассказ этот — «одно из наиболее ярких обличений ужасов смертной казни» — читал и Достоевский в ожидании исполнения смертного приговора⁵¹.

Участие Баженова в политике не прошло незамеченным. Медицинское начальство пыталось уволить его с поста директора Преображенской больницы, обвинив в неисполнении обязанностей: в отличие от своих предшественников, Баженов не пользовался казенной квартирой на территории больницы, а жил в собственном доме неподалеку. Однако ему удалось остаться на своей должности. А вскоре он, как лидер московских психиатров, получил назначение работать в правительственной комиссии по пересмотру законодательства о душевнобольных. В 1911 году на съезде только что созданного Русского союза невропатологов и психиатров (еще в 1902 году Баженов был избран во временный комитет по его организации, а в 1911 году стал первым председателем союза) им был представлен итоговый проект законодательства⁵².

Еще одной областью деятельности Баженова было масонство. После Французской революции, и в особенности после декабрьского восстания, масонство в России попало под запрет. Поскольку собственных лож в стране не было, русские могли вступить в общество только за границей. Из русских членами лож были немногие, среди них — И.С. Тургенев и дядя царя, великий князь Николай Михайлович. Но Тургенев в 1883 году скончался, а Николай Михайлович был посвящен позже, в 1890-е годы Баженов был принят в масоны в 1884 году во Франции, в ложе под названием «Les amis гёшш» («Собрание друзей»). Члены ложи, по-видимому, связывали с ним надежды на возрождение масонства в России. Возможно, что многие из его профессиональных и личных контактов были связаны с масонами — как французами, так и русскими, которых становилось все больше. Когда академик, масон и, позже, член Конституционно-демократической партии М.М. Ковалевский (1857–1916) открыл в Париже Высшую российскую школу общественных наук, он пригласил преподавать в ней Баженова (в школе выступал и Ленин)⁵³. Возможно, что с масонскими контактами связано и награждение Баженова орденом Почетного легиона, приуроченное ко дню его рожденья — 8 августа 1905 года⁵⁴. В 1908 году Баженов основал в Москве дочернюю по отношению к французской ложе «Великого Востока» («Loge du Grand Orient») ложу. Ей дано было имя «Возрождение». Правда, по свидетельству Нины Берберовой, дочери известного русского масона, «братья» вскоре решили, что Баженов «слишком разговорчив», чтобы надежно хранить их тайны, и на выборах в Верховный совет его кандидатура была забаллотирована⁵⁵.

Мечта о возрождении человечества, — свойственная масонству, но, несомненно, гораздо более древняя, — была диаметрально противоположна господствовавшему среди психиатров конца XIX века мнению, что человечество вырождается. Согласно сформулированной французскими психиатрами Б.-О. Море-лем и Моро де Туром теории дегенерации, ухудшение жизненных условий ведет к росту болезней в населении. Накапливаясь в поколениях одной семьи, физические и психические болезни могут в конечном счете привести к ее вымиранию и вырождению человеческого рода в целом. Патологические изменения (или «стигматы») вырождения проявляются сначала в виде повышенной нервности, алкоголизма, а на поздних стадиях — телесными уродствами, идиотией, рождением нежизнеспособных детей. Многие состояния, считавшиеся патологическими, — неврастения, истерия, наркомания, гомосексуализм, — были признаны стадиями вырождения. Теория дегенерации ценилась психиатрами за то, что помогала упорядочить пеструю картину психических болезней и более или менее патологических состояний. Связывая душевные болезни с наследственностью и физическими особенностями организма, эта теория претендовала на научность. В конце века она получила такое распространение, что во Франции, например, абсолютное большинство психиатрических диагнозов начинались словами «психическое вырождение, с…», после чего перечислялись основные симптомы⁵⁶.

Теория вырождения, похоже, устраивала и публику, и психиатров: на дегенерацию ссылались, когда речь заходила о социальных проблемах — таких, как алкоголизм, проституция, нищета, рост числа заболеваний, — вплоть до декларируемого упадка в искусстве. Была она удобна и врачам, оправдывая неэффективную практику альенизма (от французского аИёпё — душевнобольной). В альенизме акцент ставился не на медикаментозное лечение — которого тогда и не существовало, — а на правильную организацию содержания и ухода за душевнобольными. Наиболее распространенной формой организации психиатрической помощи в XIX веке был приют для душевнобольных, устроенный на общественные средства. В этих огромных больницах, с их нехваткой средств, персонала, врачей, какое-либо серьезное лечение предложить было трудно. Приюты переполнялись хрониками и явно не справлялись с той ролью, какую им отвело общество. Теория вырождения позволяла психиатрам-альенистам списывать свои неудачи на счет «объективных» факторов⁵⁷.

Однако по мере того, как неэффективность альенизма становилась очевидна, положения теории вырождения были подвергнуты сомнению. Немецкий психиатр П.-Ю. Мёбиус писал: «все образованные господа, пишущие в наши дни о вырождении, — сами вырождающиеся (включая автора этих строк)», и призывал к уничтожению резкой границы между болезнью и здоровьем и созданию «психиатрии обыденной жизни»⁵⁸. А Зигмунд Фрейд иронизировал, что больничная психиатрия «может только надрывно говорить: “вырождение, наследственная предрасположенность, конституциональный дефект!”», и обещал эти непонятные нарушения объяснить⁵⁹. Начали появляться альтернативные методы, с помощью которых надеялись излечить прежде считавшиеся неизлечимыми болезни, — гипноз, внушение, психологический анализ (теория французского психолога Пьера Жане), рациональная терапия, психоанализ. Открывались учреждения, предоставлявшие целый спектр психотерапевтических методов и процедур, — лечебницы и санатории для нервно- и душевнобольных, амбулаторный прием невротиков, лаборатории для лечения алкоголизма и наркомании гипнозом. Даже знаменитый невропатолог Ж.-М. Шарко, всю свою жизнь отстаивавший органическую природу истерии, стал посылать своих больных в Лурд — одно из главных мест паломничества католиков. За год до смерти он написал статью «Вера, которая лечит» (1892) о возможностях психологического лечения неврологических больных⁶⁰.