Уильям Уиллис, британский хирург, который встречался с императором в 1872 году, отметил, что это «несколько холодный», но «вполне здравомыслящий человек». Однако для Сайго спокойствие и учтивость императора имели первостепенное значение, и он перенес на свои отношения с императором Мэйдзи идеализированную модель взаимоотношений между господином и императором, которую он описывал Кацура в 1869 году.

Внутренний конфликт Сайго усилился 6/1872, в ходе поездки императора по юго-западу страны. Сайго был членом большой свиты, и при других обстоятельствах визит императора в Кагосима мог бы стать звездным часом в его карьере. Вместо этого Сайго мучился из-за растущего напряжения между Хисамицу и императорским государством. 19/6/1872, за три дня до той даты, на которую был назначен визит императора в Кагосима, Сайго сломался. Отбытие императора из Кумамото было отложено из-за ошибки в расписании, и Сайго, стоя в императорской гостиной, публично отчитал будущего адмирала Кавамура Сумиёси за его некомпетентность. После этого Сайго перенес свой гнев на арбуз, который был выброшен в сад и разбит вдребезги. Император при этом находился поблизости, и, согласно легенде, его забрызгало соком арбуза, но это его не обидело, а скорее даже позабавило. Данный инцидент, момент проявления искренней лояльности, нарушивший размеренное течение замкнутой жизни императора, стал одной из самых любимых его историй.

Прибытие императорской процессии в Кагосима внешне прошло абсолютно гладко. 22/6 императора приветствовал пушечный салют и военный парад, после чего у него состоялась ничем не примечательная встреча с Хисамицу. На протяжении последующих десяти дней император посетил целый ряд местных достопримечательностей, среди которых были деревня, изготавливающая традиционную керамику, текстильная фабрика и медицинский колледж, которым руководил британский хирург Уильям Уиллис. Единственную проблему, судя по всему, создали капризы погоды, которая внесла некоторые изменения в протокол и задержала отбытие посольства. Но тем не менее 2/7/1872 император отбыл в Токио без всяких происшествий. Однако, в тайне от Сайго, 28/6 Хисамицу встретился с императорским придворным Токудайдзи Санэнори и передал ему свой меморандум, наполненный горькими обвинениями. Политика правительства, заявлял Хисамицу, своей «вызывающей бесцеремонностью» унижала императорское государство. Если ее оставить без изменений, то эта политика приведет к тому, что Япония станет колонией «варварских наций». Чтобы остановить эту катастрофу, Хисамицу советовал вернуться к традициям. Различия между людьми высокого и низкого происхождения необходимо сохранять, одежда должна быть строго регламентированной, а образовательные стандарты следует вернуть к традиционным.

Меморандум Хисамицу представлял собой общую атаку на государство Мэйдзи, и, по сути, он призывал к отказу от «Присяги на хартии» от 3/1863. Особой статьей Хисамицу выделил свою обиду на Сайго и Окубо. Он потребовал их отставки из правительства Мэйдзи и заявил, что не появится в Токио до тех пор, пока его требования не будут выполнены. Поскольку Окубо в тот момент готовился покинуть Бостон, чтобы отплыть в Англию, главной мишенью Хисамицу стал Сайго.

Когда, по возвращении в Токио, Сайго узнал о демарше Хисамицу, он был потрясен действиями своего господина. «Заслуживает крайнего сожаления», написал он в письме Окубо от 12/8/1872, что недовольство Хисамицу стало достоянием общественности. И хотя Сайго не сомневался в том, что императорский двор проигнорирует требования Хисамицу, он тем не менее не знал, как ему справиться с этой проблемой. Он признался Окубо в том, что чувствует себе утомленным выпадами Хисамицу. К началу 11/1872 Сайго решил вернуться в Кагосима, чтобы успокоить Хисамицу, и по прибытии направил ему формальное извинение за то, что не смог найти время попросить у него аудиенции в ходе императорского визита в начале года. Однако Хисамицу был не в настроении позволять себя успокаивать, и он использовал визит Сайго как возможность отчитать его за неповиновение, неверность и стремление 'к самовозвеличиванию. Сайго был глубоко возмущен абсурдными обвинениями своего господина, но такое же сильное беспокойство у него вызывал политический климат в Сацума. «Настроения в Сацума, — писал он Курода Киётака 1/12/1872, — заметно отличаются от настроений в других частях страны, и ситуация ухудшается с каждым днем». Люди теперь не хотят говорить ни о чем, кроме своих обязательств перед Сацума, и это, предсказывал Сайго, несомненно, приведет к появлению серьезных проблем в будущем. Ввиду неостывающего гнева Хисамицу и этих зловещих политических признаков Сайго решил продлить свое пребывание в Кагосима.

Через месяц после того, как было написано письмо Курода, Сайго отмечал расставание с традиционным японским календарем. 11/1872 правительство издало указ о принятии григорианского календаря, вступающий в действие с 3/12/1872. Эта реформа исключила почти четыре месяца из конца года. Дата 3/12/1872 стала 1 января 1873 года, и традиционный японский Новый год пришелся на 28 января. Несмотря на странное ощущение от «потери» месяца, Сайго был не в настроении критиковать новый календарь. На фоне бесконечных тирад Хисамицу Сайго не хотел громогласно заявлять о своей собственной любви к традициям. Вместо этого он описал сельскую местность как хранилище японских традиций:

Здесь Сайго выражает осторожный оптимизм, который позволял ему поддерживать такое количество радикальных реформ государства Мэйдзи. Сайго был уверен, что самые важные традиции, такие, как почитание стариков, сохранятся даже при новом календаре.

Из-за необходимости сдерживать Хисамицу Сайго оставался в Кагосима до весны 1873 года. 12/1872, или в начале января 1873-го по новому стилю, Хисамицу дал официальное обещание прибыть в Токио, но выполнил его только в марте, после того как Кагосима посетили Кацу Кайсю и высокопоставленный придворный Ни-сиёцуцудзи. Они привезли с собой подарки и специальное приглашение от императора. Благодаря их визиту Сайго получил возможность вернуться в столицу, но из-за своего затянувшегося пребывания в Кагосима он оказался под огромным давлением в Токио. Власть Сайго основывалась главным образом на его статусе высокопоставленного чиновника в правительстве Мэйдзи, но он по своей природе не был сильным политиком. После отъезда Сайго Сандзё пришлось в одиночестве справляться с целой серией затянувшихся кризисов. Сандзё описал свои проблемы в письме Ивакура 6 января 1873 года. Его сильно тревожил Симадзу Хисамицу, который продолжал выступать против политики центрального правительства. Он был глубоко обеспокоен продолжающейся борьбой из-за бюджета, которая теперь превратилась в общий правительственный кризис. Вместо того чтобы уступить требованиям Это, Иноуэ отказался составить бюджет и прекратил свою работу в министерстве финансов. Сандзё надеялся на то, что Окума поможет ему выйти из тупика, но одному ему было не по силам преодолеть этот кризис. Кроме того, Сандзё столкнулся с двумя сложными внешнеполитическими проблемами, источниками которых стали Тайвань и Корея.

Тайваньский кризис был вызван крушением у берегов Тайваня корабля с несколькими чиновниками из Рюкю в 1871 году. Чиновники были убиты тайваньскими аборигенами, и японские экспансионисты ухватились за этот инцидент как за предлог для захвата Тайваня. Если правительство Цин не может держать под контролем горячие головы на Тайване, этом острове, то у него нет прав претендовать на владение островом. Эта опасная ситуация осложнялась тем, что Токио лишь недавно открыто объявил о своем контроле над Рюкю, и Китай не признал претензий Японии. Токийское правительство, объяснял Сандзё Ивакура, планирует направить в Китай для ведения переговоров министра иностранных дел Соэдзима Танэоми, но вооруженный конфликт между Китаем и Японией казался неизбежным.