Корейский кризис был таким же запутанным, но Сандзё считал его менее взрывоопасным. Корейская династия Ли, строго придерживаясь китайского дипломатического протокола, отказалась признать императора Мэйдзи, поскольку корейский король признавал только одного императора — китайского суверена. Вместо этого корейский двор настаивал на сохранении дипломатического протокола конца эпохи Токугава, когда сёгунат общался с корейским двором через представителей японского княжества Цусима. Отказ Кореи признать императорское правительство был расценен как серьезное оскорбление и вызвал разговоры о военном ответе. Поддержка военной экспедиции была особенно сильной среди самураев и в пределах бывшего княжества Сацума.
Сандзё, в последних строках своего письма Окубо, признается в том, что он чувствует себя совершенно измотанным и просит Ивакура вернуться в Японию как можно быстрее. 19 января 1873 года правительство издало по этому поводу приказ, предписывающий миссии вернуться. Однако кризис Сандзё не был национальным кризисом, и приказ был отправлен письмом, а не по телеграфу, которое нашло миссию в Берлине двумя месяцами позже. Но к этому времени миссия уже была разделена, как и временное правительство. Проблемы начались вскоре после прибытия миссии в Вашингтон, когда Ито Хиробуми и Мори Аринори, японский консул в Вашингтоне, убедили Окубо в том, что пришло время для пересмотра договоров. Не желая упускать такую возможность, Окубо вернулся в Токио, чтобы получить дипломатическое полномочие. Однако временное правительство настояло на сохранении первоначального соглашения, по которому миссия могла вести только предварительные переговоры. 6/1872 Окубо вернулся в Вашингтон с пустыми руками, заставив Кидо испытать гнев и разочарование. Было ошибкой, написал он в своем дневнике, пытаться изменить цель миссии и пересмотреть договоры, находясь в Вашингтоне. Соединенные Штаты, осознал он теперь, не были готовы идти на уступку в каком-либо важном вопросе, и, подняв уровень переговоров, посольство только унизило Японию. «Я бесконечно сожалею, — написал он 17/6/1872, — о том, что, прибыв сюда в спешке, мы довели ситуацию до такого состояния». Все наши усилия, горевал он, «оказались напрасными».
Разочарованные, раздраженные и сердитые друг на друга, члены миссии не могли прийти к согласию о том, как им интерпретировать приказ токийского правительства. После нескольких дней дебатов члены миссии пришли к тому, что им нужно вернуться раздельно. Окубо решил выехать немедленно и прибыл в Японию 26 мая. Кидо продолжил миссию, посетив Россию, Италию, Австрию и Швейцарию, прежде чем направиться домой, и вернулся в Токио 23 июля. Ивакура появился в Японии только 13 сентября, после увеселительного круиза, который включал остановки в Шри-Ланке, Сайгоне, Гонконге и Шанхае.
Вернувшись в Токио, Окубо обнаружил, что он потерял контроль над правительством, которое помогал создавать. Борьба между Это и Иноуэ закончилась, но Это одержал победу в последнем раунде. 19 апреля Это, Оки и Гото Сёдзиро были назначены императорскими советниками (санги), и 2 мая Это предпринял шаги для укрепления власти императорского совета. Совет теперь получил контроль над ассигнованием бюджетных средств, монетным двором, внешними и внутренними займами. После того как его министерство было, по сути, лишено всякой власти, Иноуэ 7 мая ушел в отставку Столкновение Это и Иноуэ стало первым политическим кризисом современной Японии. Иноуэ дал выход своему отчаянию, опубликовав цифры бюджетного дефицита в японской прессе. После этого правительство опубликовало собственные цифры и наказало Иноуэ штрафом за разглашение государственных секретов. В отличие от тайных дискуссий в администрации режима Токугава, лидеры правительства Мэйдзи начали вести борьбу за общественную поддержку.
Для Окубо эти события стали сокрушительным поражением. В 1872 году он ушел с поста императорского советника, но при этом сохранил номинальное руководство министерством финансов. Однако теперь это министерство утратило контроль над бюджетом, так что Окубо, по сути, оказался без власти. Назначение новых императорских советников и изменения полномочий императорского совета были явным нарушением соглашения, заключенного между миссией Ивакура и временным правительством. Но у Окубо не было особых причин жаловаться, поскольку он сам попросил расторгнуть соглашение, чтобы заняться пересмотром договоров в Вашингтоне. Окубо пришел в смятение, но недостаток власти не позволял ему бросить вызов своим соперникам, и поэтому, вместо того чтобы начинать битву, в которой невозможно победить, он отправился отдыхать на горячие источники и совершил восхождение на Фудзияма.
Сайго, судя по всему, не понимал полностью последствий этих изменений в центральном правительстве. В его письмах за этот период не упоминается отставка Иноуэ или назначение новых советников. Это совпадает с воспоминаниями Сибусава Эиити, главного сторонника Иноуэ, о том, что Сайго был «влиятельной политической фигурой, но он не испытывал никакого интереса к финансам». Главной заботой Сайго в апреле и мае оставался Хисамицу. Глава дома Симадзу, наконец, прибыл в Токио 23 апреля, во главе свиты из 230 слуг. Члены его свиты были вооружены мечами вместо огнестрельного оружия, а их головы украшала традиционная самурайская прическа тёнмагэ (волосы выбриты спереди и собраны в пучок на макушке) вместо прически в западном стиле, которую пропагандировало правительство с 1872 года. Публичная демонстрация Хисамицу своей приверженности традициям выглядела несколько абсурдно, и газета «Синбун дзасси» сообщила о том, что его слуги «были страшно горды своими мечами». Но Сайго беспокоила значительно более серьезная проблема. В письме своему брату Цугумити от 20 апреля он предупреждает о том, что <-сто светлость не думает о тех, кто ниже его, и боится только армии». В письме Кацура от 17 мая Сайго еще больше встревожен. Он рассказывает о том, что в столице ходят слухи о возможных атаках против правительства и покушениях на его жизнь. Страхи Сайго оказались напрасными, и визит Хисамицу не привел к вспышкам насилия. Он был осыпан подарками от императорского дома и в конечном итоге принял предложение занять символический пост в центральном правительстве. С этой точки зрения визит был большим успехом. Однако, по сути, Хисамицу использовал свой визит в Токио для того, чтобы излить новую серию обвинительных тирад против Сайго и общего курса правительственных реформ. Но Сайго уже надоели оскорбительные выпады Хисамицу, и он втайне высмеивал «детские капризы» своего господина. Чувства Сайго вполне понятны, поскольку для него это была мучительная ситуация. 7/1869 Сайго все еще надеялся почтить память Нариакира, проявив лояльность к его единокровному брату Хисамицу. Теперь Сайго приходилось сдерживаться, чтобы не проявить открыто презрение к наследнику своего покойного господина.
Презрение Сайго к Хисамйцу усилилось его растущим уважением к императору Мэйдзи. В конце апреля Сайго посетил императора в ходе военных учений в Тиба. Император принял участие в учениях и остановился в обычной армейской палатке. Ночью штормовой ветер сорвал палатку и оставил императора под проливным дождем. Сайго поспешил к месту происшествия и с ужасом обнаружил императора насквозь промокшим, но собранным и невозмутимым. По обычным стандартам в хладнокровии императора не было ничего примечательного, но для Сайго оно представляло резкий контраст с непрерывными тошнотворными жалобами Хисамицу.
К началу мая напряжение в политике сказалось на здоровье Сайго, и у него началась сильная ангина. Его состояние ухудшилось, и 6 июня император направил Сайго к своему личному врачу, Теодору Хоффману. Хоффман нашел у Сайго артериосклероз и объяснил ему суть проблемы в общедоступных терминах-, его кровеносные сосуды сузились из-за отложений жира, и это вызывало боли в груди. Хоффман считал, что Сайго лишь едва избежал серьезного сердечного приступа, и прописал ему любопытную комбинацию лечебных средств: регулярные физические упражнения, низкокалорийная диета и — универсальное лекарство девятнадцатого века — сильное слабительное. Чтобы выполнять инструкции Хоффмана, Сайго переехал из своей резиденции в центре Токио, где ему не нравилось прогуливаться, в дом своего брата в Сибуя — теперь оживленный торговый район, а тогда, словами Сайго, «настоящая глушь». Оказавшись за городом, Сайго стал наслаждаться ежедневными прогулками по лесу, охотой на зайцев и вскоре почувствовал себя настолько окрепшим, что спросил у Хоффмана, не стоит ли ему возобновить занятия фехтованием или сумо, чтобы поддерживать физическую активность в дождливые дни. Хоффман вежливо попросил Сайго временно ограничить себя менее, энергичными упражнениями.
