Сайго имел все основания быть недовольным кампанией в Уэно. Омура, офицер из Тёсю и по сути всего лишь военный советник, взял на себя командование и разработал стратегию атаки. Его план привел к тяжелым потерям у Сацума, частично вызванным тем, что подкрепления из Тёсю не сумели оказать поддержку силам Сацума в критический момент. Сайго, командовавший своими войсками на месте, видел это с близкого расстояния, в то время как Омура наблюдал за ходом сражения с командной башни, расположенной в нескольких милях от храма Канэйдзи. Но Сайго был слишком наэлектризован энергией битвы, чтобы жаловаться: «Благодаря нашей тщательной подготовке мы быстро покончили с врагом, и это доставило мне величайшее удовольствие». Вместо того чтобы отчитать Омура за то, что он захватил командование, Сайго, судя по всему, был рад возможности затеряться в тумане войны. Несмотря на общую депрессию, Сайго нашел свое мужество в гуще сражения и возобновил былую славу. Придворный аристократ Сандзё Санэтоми в письме Ивакура Томоми написал по этому поводу следующее-. «Что касается ройск Сайго, то яростный бой у Черных ворот (Куромон) был исключительным по своему накалу, и своей отвагой они заслужили всеобщее восхищение». Это Синпэй вторил ему-.. «Я восхищен отвагой Сайго и мастерством военного стратега, которое проявил Омура».

Обеспечив безопасность в Эдо, Сайго переключил свое внимание на разрастающийся конфликт на северо-востоке. Императорское правительство ожидало встретить ожесточенное сопротивление со стороны княжеств Айдзу и Сонай, которые были одними из самых рьяных защитников сёгуната. Однако северо-восток не только оказал сопротивление, но и проявил мощную региональную солидарность. 4д/1864 старейшины из двух крупных северо-восточных княжеств, Сэндай и Ёнэдзава, ходатайствовали о подаче петиции, призывающей к прощению Айдзу и Сонай. Петиция получила поддержку в соседних княжествах, и совместное прошение быстро стало основой для более широкого регионального союза. К 5/1868 императорское правительство уже имело дело с конфедерацией из семнадцати северо-восточных княжеств, которые поклялись совместными усилиями добиться справедливого обращения с Айдзу. Союз северо-восточных княжеств не стремился к военному конфликту с императорским правительством. Напротив, многие члены союза надеялись на то, что они смогут избежать войны, если договорятся о более мягких условиях капитуляции для Айдзу и Сонай. Но тем не менее императорское правитель- ство было испугано этой внезапной угрозой своей верховной власти: конфедерация оспаривала власть нового правительства над северо-восточной частью страны. Словами штабного офицера императорской армии, «вульгарные княжества», входившие в союз, «не воспринимали серьезно императорский двор», и поэтому императорскому правительству не оставалось ничего иного, кроме как «считать своим врагом весь северо-восток».

Сайго вернулся в Кагосима, чтобы собрать дополнительные войска для кампании против северо-восточного союза. Однако вскоре после своего возвращения, 14/6, он почувствовал себя нездоровым и отправился на горячие источники, чтобы подлечиться. Наконец, 6/8 Сайго покинул Кагосима с тремя полками и через четыре дня прибыл с ними в северо-восточный порт Касивадзаки. Участию Сайго в северо-восточной кампании предшествовала личная трагедия. Его брат Китидзиро был тяжело ранен в бою 2/8 и умер 14/8, всего лишь через четыре дня после прибытия Сайго. Сайго считал смерть в бою самой почетной для самурая, но при этом чувствовал, что он, как старший брат, должен был умереть первым. Из-за своей болезни Сайго пропустил значительную часть войны, и ко времени его появления на поле боя ситуация уже начала складываться в пользу императорского правительства. Сайго командовал своими войсками при осаде замка Сонай и зарекомендовал себя способным командиром, но он уже был охвачен глубокой ностальгией. В одном из немногих сохранившихся писем периода северо-восточной кампании он наставляет своего офицера перед битвой следующими словами: «Если ты не проявишь праведного гнева древних времен, то уже никому не сможешь показать свое лицо». Главным достижением Сайго на северо-востоке стало милосердие, проявленное им к побежденному врагу. Поскольку в 1867 году самураи из Сонай подожгли резиденцию Сацума в Эдо, теперь они приготовились к суровому возмездию. Однако Сайго приказал соблюдать порядок при оккупации и отвел свои войска, как только капитуляция призамкового города Сонай была завершена. Этот неожиданный жест доброй воли принес ему громкую славу на северо-востоке. Теперь даже враги прославляли его как символ всех самурайских добродетелей.

К концу 9/1868 северо-восточная кампания была, по сути, окончена, и Сайго отбыл в Эдо, а оттуда домой. Оказавшись в Сацума, он сразу же направился в Хинатаяма, ничем не примечательный, но приятный курортный городок, расположенный в северо-восточном углу залива Кинко. Сайго в Хинатаяма привлекали в основном горячие источники, которые притупляли его хронические боли. Сегодня местные воды рекомендуют для лечения невралгии, мышечных болей, болей в суставах, радикулита, хронического расстройства желудка и общего истощения, но даже те, у кого эффективность Этой жидкой панацеи вызывает сомнения, имеют возможность наслаждаться прекрасными пейзажами, пока они принимают слабощелочные ванны. Хинатаяма также был идеальным местом для двух главных увлечений Сайго — охоты и рыбалки. Река Аморигава, которая протекает через Хинатаяма, славилась тем, что в ней в изобилии водилась аю, деликатесная пресноводная рыба. Окружающие горы идеально подходили для охоты на зайца, оленя и кабана.

Остается неясным, что собирался сделать Сайго — уйти из общественной жизни или просто немного отдохнуть, и похоже, он сам не был уверен в собственных планах. В середине 1/1869 императорское правительство попросило его вернуться в столицу, но он вежливо отказался. Затем, 25/2/1869, Сайго был испуган неожиданным появлением редкого гостя. Дайме Сацума, Симадзу Тадаёси, лично посетил Сайго в Хинатаяма и попросил его вернуться на правительственную службу. Это предложение не вызвало у Сайго особого энтузиазма, но он не мог отказать своему господину. Просьба Тадаёси взывала как к чувству долга Сайго, так и к его гордости. Сайго поддался на уговоры и согласился стать советником (санъё) в правительстве княжества.

Сайго потребовался Тадаёси, чтобы разрядить потенциально взрывоопасную ситуацию, которая возникла при решении запутанного вопроса о проведении реформ в Сацума. Реставрация императорской власти привела к обострению кризиса, давно назревавшего внутри самурайского сословия. Солдаты, которые в конце 1868 года вернулись в Сацума победителями, на протяжении многих лет испытывали на себе традиционные ограничения в ранге и чине. Выбрав победившую сторону в решающей политической схватке, они почувствовали себя вправе потребовать проведения радикальных реформ. Кроме того, вернувшись с полей сражений, они больше не испытывали особого почтения к самурайской элите, которую считали изнеженной, слабовольной и трусливой. Элита княжества, известная как монбацу, напротив, была полностью дискредитирована. Глубоко заинтересованная в сохранении статус-кво, она до последних месяцев сопротивлялась нападению на Токугава. Недовольство простых самураев быстро вылилось в социальный конфликт, и к началу 1/1869 самураи Сацума проводили многолюдные демонстрации с требованием открыть важные правительственные должности для низких по рангу, но способных вассалов.

Эти требования о проведении радикальных реформ было трудно отклонить, поскольку они, как казалось, находились в полном соответствии с декретами центрального правительства. 3/1868 в основополагающей политической декларации, «Присяге на хартии пяти принципов», император поклялся перед своими великими предками полностью изменить государственное устройство Японии. Япония теперь будет искать знания по всему миру, важные вопросы национальной политики будут решаться «на основании общественного обсуждения», и «все классы, высокие и низкие», теперь «объединятся, чтобы энергично осуществлять управление государственными делами». Что именно это означало, оставалось неясным. Радикалы позднее утверждали, что понятие «все классы» включает и простолюдинов, а «общественное обсуждение» означает парламент. Но даже самая консервативная интерпретация директив центрального правительства была плохой новостью для монбащ. Государство Мэйдзи не будет помогать узкой Клике семей в сохранении их монополии на политическую власть. В то же самое время государство Мэйдзи уклонялось от прямого ответа на вопрос, означает ли ликвидация наследственных привилегий конец правления даймё.