Никто не оспаривал потребность в проведении судебной и образовательной реформ, но эти проекты были необычайно амбициозными и устрашающе дорогими. Стоимость реформ вызвала оппозицию со стороны Иноуэ Каору, лидирующей фигуры в министерстве финансов, который пытался решить трудную задачу составлення государственного бюджета. Упразднение княжеств привело к тому, что бремя выплаты ежегодного содержания самураям легло на плечи центрального правительства, но государство Мэйдзи до сих пор не имело современной налоговой системы. Это означало, что в центральной казне была огромная дыра, и Иноуэ не думал, что Япония сумеет найти достаточно средств для немедленного создания национальной судебной системы или пяти тысяч начальных школ, предложенных Оки. На самом деле цель Иноуэ была не менее радикальной, чем у Это: он хотел, чтобы правительство создало бюджетный избыток и сделало иену свободно конвертируемой валютой. В конце 1872 года Иноуэ предложил сократить расходы на образование с к (иен) 2 миллионов (около $2 миллионов) до к(йен) 1 миллиона, а расходы на судебные нужды с… 960 000 до к(иен) 450 000. Это вызвало предсказуемо гневную реакцию со стороны Это, который пригрозил уйти в отставку. Когда Сайго и Сандзё попытались успокоить Это, пообещав ему пересмотреть бюджет, то в отставку уже пригрозил уйти Иноуэ.
Эта внутренняя борьба была осложнена военной реформой. Военные готовились к тому, чтобы начать призывать на службу простолюдинов и заменить самураев современной национальной армией. Ввиду высокой стоимости призыва и военной модернизации армия получила в 1873 году солидный бюджет в к (иен) 8 миллионов, но эта немалая сумма почти полностью исчезла в результате беззастенчивой коррупции. Например, в 1872 году Ямасироя Васукэ, бывший самурай Тёсю, одолжил из военного бюджета… 150 000, чтобы открыть текстильную фабрику. Когда его предприятие потерпело крах, он одолжил еще денег и довел общую суму долга до к(иен) 600 000, после чего сбежал в Европу. Похожий скандал разразился на следующий год, когда Митани Санкуро, еще один коммерсант из Тёсю, растратил около к (иен) 350 000. Эти скандалы указали на существование серьезных проблем в военной администрации и подорвали авторитет командующего армией Ямагата Аритомо. К 1873 году он утратил контроль над императорской гвардией, когда бывшие самураи из Тёсю поставили под сомнение его честность и способность командовать войсками.
Кроме этой борьбы внутри временного правительства, постепенно усиливалось напряжение между правительством и миссией Ивакура. Иноуэ, по-прежнему преисполненный решимости сократить расходные статьи бюджета, предложил заменить жалованье самураев правительственными займами. Содержание самураев поглощало около половины государственного бюджета, и Иноуэ надеялся полностью прекратить эти выплаты в течение ближайших шести лет. Сайго, несмотря на свою сентиментальную привязанность к традициям, признал разумность плана Иноуэ и поддержал его программу в письме к Окубо. Но план Иноуэ вызвал ожесточенное сопротивление со стороны миссии Ивакура. Ивакура заявил, что этот план «слишком жесток», а Ки-до пожаловался на то, что от самураев требуют слишком больших жертв. Их оппозиция была основана больше на власти, чем на принципе. Сайго и Кидо обсуждали необходимость отмены содержания самураев, и на самом деле члены миссии Ивакура после своего возвращения взяли предложение Иноуэ за основание для соответствующей реформы. Но члены миссии не хотели обсуждать детали реформы на полпути своего кругосветного путешествия.
Сайго делал все, что мог, чтобы сгладить эти противоречия, но по своему характеру он не был искусным администратором. Главными достоинствами Сайго, как политика, были его честность и харизма, а не способность находить бюрократический консенсус или перечерчивать четкие административные границы. В глубине души Сайго был против повсеместного бюрократического планирования. В свете его понимания конфуцианства, главная задача правительственной элиты состояла в том, чтобы предоставить общее моральное руководство, а не вводить мелочное правовое регулирование. По мнению Сайго, детальные правила коммерции, образования и закона — это те вещи, которые следует оставить на усмотрение функционеров нижнего ранга или самого населения. Как он написал в 1870 году, государству необходимо установить законы, но еще более важно культивировать добродетель, с тем чтобы люди в своих поступках руководствовались «преданностью, сыновней почтительностью, гуманностью и любовью». В таком случае отпадет всякая необходимость в подробном правовом кодексе. Таким образом, большую часть 1872 и 1873 годов Сайго председательствовал над тем, что он сам считал маловажными дискуссиями.
Отчужденность Сайго приводила в отчаяние его коллег по временному правительству. Например, Окума Сингэнобу описал в своих мемуарах, как недостаток интереса Сайго к политике подрывал работу правительства:
«Когда наступал перерыв на обед, Сайго и Итагаки спешили удалиться в приемную. После этого они проводили время, ведя несущественные разговоры, и почти никогда не возвращались в кабинет, где проходило совещание. В редких случаях, когда за ними посылали, их все-таки удавалось вернуть. Все их разговоры неизбежно заканчивались обсуждением известных сражений, о чеіЧ они оба могли говорить часами, борьбы сумо или же охоты и рыбалки».
Окума, вполне обоснованно, считал позицию Сайго глубоко безответственной.
Ограниченные способности Сайго в деле управления временным правительством были еще больше ослаблены непрерывными тирадами Симадзу Хисамицу. Несмотря на многократные приглашения прибыть в Токио и занять символический пост в новом правительстве, Хисамицу отказывался и оставался в Сацума, где он продолжал критиковать правительство и сеять недовольство среди местных самураев. В конце 1873 года, раздраженный упразднением княжеств, Хисамицу начал требовать, чтобы его назничали губернатором префектуры. Сайго был потрясен и испуган требованиями Хисамицу. Назначение Хисамицу в качестве губернатора Кагосима, заметил он, подорвет основу хайхан тикен и вызовет серьезные потрясения в стране. Сайго не хотел открыто противостоять своему господину, но он боялся, что требование Хисамицу создаст угрозу государству Мэйдзи, поэтому он тайно сотрудничал с Кацу-ра Хисатакэ и Сандзё, чтобы блокировать требование Хисамицу. Сайго все это очень не нравилось, поскольку он подозревал, что план Хисамицу — это всего лишь предлог отложить свой официальный визит в Токио.
Сайго считал, что Хисамицу не воспринимает серьезно приказы императора. Хотя Хисамицу в конечном итоге отказался от своего плана стать губернатором, он продолжал выступать против политики центрального правительства. Возражения Хисамицу варьировались от серьезных до мелочных. Он был возмущен тем, что новое правительство лишило класс дайме власти и упразднило традиционные разграничения между самураями и простолюдинами. Но он также протестовал против принятия западной одежды, не позволяющей четко отличать благородных людей от низкорожденных; против образования женщин, что он рассматривал как нарушение ортодоксальных правил; и против браков между простолюдинами и членами самурайского сословия, которые он считал скандальными.
Выпады Хисамицу углубили внутренний конфликт Сайго между его обязательствами перед императором и долгом перед Симадзу. Его положение усугублялось тем обстоятельством, что он начал почитать императора Мэйдзи с той же страстью, которую когда-то берег для Нариакира. Император, писал он в письме своему дяде от 11/12/1871, был энергичным, умным, прилежным и доступным. Сайго испытывал благоговейный трепет от того, что император три раза в месяц приглашал его с ним отобедать и обсудить политические вопросы. «Его величество полностью отказался от высокомерных и властных манер [прошлого], благодаря чему господин и вассал теперь имеют возможность наслаждаться близкими, личными отношениями». Разумеется, Сайго изначально был готов к тому, чтобы восхвалять нового японского монарха, но даже западные наблюдатели достаточно благосклонно отзывались о Муцухито.
