ВМФ вступил в войну, не имея неконтактных тралов, над созданием которых в предвоенные годы работали ученые. В ходе войны минеры с риском для жизни разрядили много новых образцов немецких мин, что позволило создать тралы для борьбы с ними. Первыми магнитную и акустическую мины разрядили военный инженер 3 ранга М. И. Иванов, инженер-электрик Б. Т. Лишневский и старший лейтенант С. И. Богачек. При разоружении этих мин отличились также капитан-лейтенанты И. А. Ефременко и Г. Н. Охрименко, военный инженер 2 ранга И. И. Иванов, капитан-лейтенант А. И. Маслов. В крайне ограниченные сроки специалистами минно-торпедного отдела, научно-исследовательских институтов и конструкторских бюро было создано несколько образцов магнитных, электромагнитных и акустических тралов. Их производство начали мастерские складов минно-торпедного отдела и судоремонтные предприятия. Большую помощь им оказала группа ученых Академии наук СССР во главе с профессорами А. П. Александровым и И. В. Курчатовым.

Важным звеном в работе Тыла ВМФ являлся подвоз материальных средств. Основным средством подвоза с центральных складов, баз и предприятий промышленности на флоты (флотилии) являлся железнодорожный транспорт. С началом войны общий объем централизованных железнодорожных перевозок для ВМФ вырос с 2,5–3 тыс. до 7 — 10 тыс. вагонов в месяц. Срочные грузы подавались флотам с пассажирской скоростью. Общий объем централизованных снабженческих перевозок железнодорожным транспортом для ВМФ за время войны составил около 400 тыс. вагонов.

Централизованные перевозки снабженческих грузов водным путем были ограничены. При этом внутренние водные пути в основном использовались для перевозки нефтепродуктов (по Волге, Северо-Двинской и Мариинской водным системам). В начале войны и на завершающем ее этапе перевозки нефтепродуктов для ВМФ производились морем из Батуми в Одессу.

Более широко использовался водный транспорт в звене тыл флота — тыл военно-морских баз. Он доставлял материальные средства в осажденные военно-морские базы (Одесса, Севастополь, Ханко, Таллин), являлся основным средством подвоза на Северном морском театре военных действий, на Краснознаменном Балтийском флоте в период блокады Ленинграда, между военно-морскими базами на Тихоокеанском флоте. Общий объем подвоза морем в Одессу в период ее обороны составил 41 800 т различных грузов. Для войск Севастопольского оборонительного района морем было подвезено 192 185 т различных грузов, в том числе 31 286 т боеприпасов.

Для воинских перевозок в интересах ВМФ использовались вспомогательные суда флотов, гражданский морской транспорт, боевые корабли, а в отдельных случаях и подводные лодки. Так, в условиях жесткой морской блокады, особенно на последних этапах обороны, на боевых кораблях в Севастополь было перевезено 108 орудий, 729 огнеметов и минометов, 515 пулеметов, 490 противотанковых ружей, 40 автомашин, 8816 т боеприпасов, всего 18 570 т грузов. Подводные лодки совершили в осажденный Севастополь 81 поход и перевезли 2256 т зенитных боеприпасов, 1132 т продовольствия, 508 т авиационного бензина. Ими эвакуировано из Севастополя 1392 раненых и жителей города. На отдельных участках морских коммуникаций в связи с большой угрозой бомбардировок судов вражеской авиацией и действиями подводных лодок противника перевозки для передовых военно-морских баз осуществлялись исключительно мелкими вспомогательными судами и катерами (в Мотовском заливе, в районе Туапсе — Геленджик, через Керченский пролив).

Жизненно важное значение для населения блокированного Ленинграда, Ленинградского фронта и Балтийского флота имели перевозки через Ладожское озеро. В навигацию 1942 г. в Ленинград было перевезено 746,9 тыс. т различных грузов и 310 тыс. человек пополнения для фронта и флота⁵³¹. Построенные в неимоверно тяжелых условиях порты на необорудованном побережье обработали 21 700 судов. Общий объем перевозок по Ладожскому озеру в навигацию 1941–1943 гг. составил 2118,4 тыс. т грузов, 1211,7 тыс. куб. м древесины и 1822,8 тыс. человек. Это позволило наладить снабжение населения Ленинграда, войск фронта и сил флота, создать некоторые запасы продовольствия, боеприпасов, горючего и других материальных средств.

Использование морского транспорта на Балтийском и Черном морях в 1943–1945 гг. ограничивалось большой минной опасностью, а также минированием и разрушением портов, произведенными противником при отступлении. В ряде случаев морские коммуникации восстанавливались со значительным опозданием и использовались для подвоза материальных средств только в последующих наступательных операциях. В связи с недостаточными возможностями вспомогательного флота для подвоза материальных средств привлекались суда Наркомата морского флота и даже боевые корабли флотов. За время войны вспомогательным флотом ВМФ было перевезено около 6 млн. т грузов⁵³².

Уже в начале войны в связи с затруднениями в работе железных дорог важную роль в межбазовых перевозках материальных средств играл автомобильный транспорт. В 1941 г. автотранспорт работал на линиях Одесса — Измаил, Севастополь — Перекоп, Ленинград — Таллин, Ленинград — Выборг, а в 1942 г. — на Кавказском побережье, на ледовой дороге через Ладожское озеро, на автомобильной дороге Политотдельская — Ахтуба. В наступательных операциях 1943–1945 гг. роль автотранспорта в подвозе материальных средств передовым базам и соединениям флота еще более возросла. До налаживания регулярной работы железнодорожного и морского транспорта в интересах сил флотов автотранспорт нередко являлся основным средством подвоза. Например, в период подготовки Крымской операции со станций Большой Утлюг и Скадовск автотранспортом 4-го Украинского фронта и флота было перевезено около 19 тыс. т различных грузов. На Краснознаменном Балтийском флоте в 1945 г. автотранспорт подвозил материальные средства на расстояние до 800 км и более. За пять месяцев автотранспорт этого флота перевез 902 тыс. т различных грузов, а вспомогательный флот — только 108 тыс. т.

Таким образом, в ходе войны на флотах автотранспорт стал важным средством межбазовых перевозок. Он имел важное значение и в перевозках внутри военно-морских баз. Что касается воздушного транспорта, то он использовался в крайне ограниченном количестве, только для срочной доставки отдельных видов материальных средств, главным образом в осажденные военно-морские базы, а также для снабжения некоторых морских десантов. Потребности флотов в воздушных перевозках были большими, но ограниченное количество транспортных самолетов не позволяло их удовлетворить.

Опыт минувшей войны со всей убедительностью показал, что все флоты и флотилии должны располагать достаточными силами и средствами вспомогательного флота, автотранспортом и другими подвижными силами и средствами, необходимыми для обеспечения сил флота при рассредоточенном базировании на необорудованном побережье и в открытом море. Весьма важное значение для всестороннего тылового обеспечения сил флотов (флотилий) имеет централизованное (в пределах морского театра военных действий) управление всеми силами и средствами морского транспорта. В отличие от других видов морской транспорт используется непосредственно на театре военных действий, где нет линии фронта. Движение транспортов без охранения или иных мер обороны практически было невозможно. Эту задачу могло решить только командование флотов. Поэтому все морские перевозки на театре военных действий регулировались и организовывались командованием флотов и его тыловыми органами (штабом и отделом военных сообщений).

Тыл ВМФ в ходе войны успешно решил задачу материального обеспечения сил флотов и флотилий. Действующие флоты и военные флотилии в основном были обеспечены необходимыми материальными средствами для ведения боевых действий совместно с сухопутными войсками и самостоятельно.

Техническое обеспечение сил флотов и флотилий представляло собой один из важных видов тылового обеспечения в ходе войны. Оно включало судоремонт, ремонт всех видов вооружения и боевой техники, сборку и подготовку отдельных видов оружия и боеприпасов, наблюдение за правильной эксплуатацией материальной части и боевым использованием вооружения, поддержание техники в исправном состоянии. В связи с появлением у противника неконтактных магнитных мин важное значение приобрело размагничивание кораблей и судов, контроль за состоянием их магнитного поля. Актуальной стала проблема борьбы с шумами на подводных лодках (обесшумливание). На органы тыла ВМФ была возложена и такая ответственная задача, как изучение новых видов оружия и технических средств, применявшихся противником, и разработка способов и средств борьбы с ними.