В период предвоенных пятилеток значительное пополнение получил вспомогательный флот ВМФ. В начале 1941 г. в его составе имелось 10 наливных и 12 сухогрузных транспортов, 124 буксира, 295 барж и 20 плавкранов, всего 470 судов (без катеров)⁵²¹. Специальные вспомогательные суда (плавмастерские, плавдоки, гидрографические и учебные суда) имелись в распоряжении ряда довольствующих служб, а соединения подводных лодок и катеров располагали плавучими базами. По количеству, типам судов и их технико-эксплуатационным показателям вспомогательный флот в основном являлся внутрибазовым средством обслуживания кораблей и частей.

В период с 1938 по 1941 г. быстро увеличивался и обновлялся автотракторный парк ВМФ. Количество автомашин выросло в 2 раза, тракторов — в 2,7, прицепов — в 14,6 раза⁵²². Так как автотранспорт рассматривался как средство подвоза внутри базы, весь парк машин был распределен по частям, складам и учреждениям. В составе флотского тыла автотранспортных частей не имелось.

Медицинская служба ВМФ имела развитую сеть лечебно-профилактических учреждений, обеспечивавших личный состав мирного времени всеми видами медицинской помощи. Флот располагал хорошо оборудованными госпиталями (Ленинградский, Кронштадтский, Севастопольский), укомплектованными квалифицированными специалистами, имевшими богатый опыт медицинского обеспечения личного состава флотов. Выли разработаны основы тесного взаимодействия медицинской службы Военно-Морского Флота и Советской Армии в военное время, которые предусматривали санитарную эвакуацию раненых из войск фронтов и флотов морем силами и средствами флотов, а на материке — силами и средствами армий и фронтов. Раненые ВМФ должны были проходить лечение в госпиталях Советской Армии и Наркомата здравоохранения СССР.

Таким образом, к началу Великой Отечественной войны тыл ВМФ СССР в целом был подготовлен к обеспечению действующих флотов и флотилий. Общая направленность в подготовке тыла ВМФ к войне была правильной. Наиболее важное значение имели такие мероприятия, как накопление запасов, рассредоточение их по базам, развертывание системы баз, строительство складов, организационная перестройка тыла флотов и баз. Проведенная перед войной подготовка позволила тылу ВМФ решать задачи всестороннего тылового обеспечения сил флотов в сложных и трудных условиях Великой Отечественной войны.

Военно-Морской Флот внес большой вклад в достижение победы над врагом. Флоты и флотилии участвовали во всех оборонительных и наступательных операциях сухопутных войск на приморских направлениях. В течение 1943–1945 гг. советские флоты провели 15 операций по содействию войскам приморских армий. За время войны было высажено 193 десанта общей численностью около 240 тыс. человек. В их обеспечении участвовало около 3100 боевых кораблей и вспомогательных судов. В результате активных действий на морских коммуникациях противника и в борьбе с его флотом было потоплено 1308 судов и 1341 боевой корабль и вспомогательное судно противника. ВМФ обеспечил перевозку на морских театрах около 10 млн. человек и 110 млн. т различных воинских грузов.

Начало войны не застало наши флоты врасплох. Несмотря на то что многие военно-морские базы подверглись ударам вражеской авиации в первые же часы, флоты не потеряли ни одного боевого корабля или самолета. Важную роль сыграли мероприятия по повышению боевой готовности сил флотов и их тыла, проведенные по указанию народного комиссара и Главного штаба ВМФ 19–21 июня 1941 г. Эти мероприятия непосредственно коснулись и организации тылового обеспечения. По оперативной готовности № 2, которая была введена на флотах 19 июня 1941 г., боевые корабли приняли все необходимые запасы материальных средств. С началом мобилизации дополнительный прием запасов был проведен в минимальных количествах. Это обеспечило не только быструю подготовку к боевому походу, но и немедленное применение оружия против противника. Так, во время первого внезапного налета немецко-фашистской авиации на Севастополь многие корабли своевременно открыли сильный зенитный огонь. Кроме того, поддержание на кораблях необходимого уровня запасов позволило уменьшить объем работ по подаче материальных средств с переходом в полную готовность и дало возможность тылу флота уделить больше внимания решению задач, связанных с обеспечением вновь формируемых частей по мобилизационному плану.

Боевая деятельность советского флота и работа его тыла проходили в очень тяжелых условиях. Сложившаяся оперативно-стратегическая обстановка в первом периоде войны потребовала совместных действий сухопутных войск и флота в таких масштабах, которые далеко выходили за рамки предвоенной теории об оперативно-стратегическом использовании ВМФ. Вынужденное отступление советских войск под натиском превосходящих сил противника привело к потере ряда военно-морских баз, портов и аэродромов с их складами, производственными предприятиями и частично запасами материальных средств. В результате на Балтийском и Черном морях была нарушена система базирования. Почти все военно-морские базы флотов оказались в зоне активных боевых действий или воздействия авиации противника. Ожесточенные воздушные бомбардировки вызывали значительные потери материальных средств, разрушения и повреждения предприятий, складов, служебного и жилого фонда, дорог, причалов, потери вспомогательных судов и транспортов. Выход из строя базовых объектов тыла ограничивал работу транспорта, предприятий и складов. Нарушение работы коммуникаций ограничило возможности подвоза материальных средств из центральных складов на флоты, а также маневра ими между базами. В связи с временной оккупацией противником ряда важных промышленных районов страны и эвакуацией промышленных предприятий на восток многие «морские» заводы были переключены на выпуск наиболее важных видов вооружения и боевой техники для обеспечения Советской Армии. Все это не могло не отразиться на организации тылового обеспечения сил флотов и флотилий.

Но, несмотря на огромные трудности, тыл флотов и флотилий успешно решал возложенные на него задачи. В соответствии со складывающейся обстановкой и характером боевых действий отыскивались новые формы и способы организации тылового обеспечения, улучшалось взаимодействие с органами тыла фронтов и армий. Например, при обороне Одессы, Ханко, Севастополя, Таллина, полуостровов Рыбачий и Средний в Баренцевом море были организованы оборонительные районы, объединявшие боевые действия соединений и частей армии, флота и авиации. Создавались и единые органы тыла оборонительного района. В Одесском оборонительном районе тыл был создан из органов управления, тыловых частей и учреждений Приморской армии и военно-морской базы, а в Севастопольском оборонительном районе основу тыла составили органы управления, части и учреждения тыла флота. На полуострове Ханко сухопутные части были взяты на полное обеспечение тыла военно-морской базы. В период обороны Ленинграда решающая роль в вопросах материального и медицинского обеспечения сил флота принадлежала органам тыла Ленинградского фронта.

Определенные изменения были внесены и в организационную структуру тыла ВМФ. В связи с повышением роли центральных органов управления тылом они были существенно усилены. В составе Главного управления портов вместо Управления снабжения было создано два самостоятельных — Управление продовольственного снабжения (начальник генерал А. П. Вилесов) и Управление вещевого и шкиперско-хозяйственного снабжения (начальник генерал С. М. Языков). Топливный отдел был преобразован в Управление топливного снабжения (начальник генерал Я. Я. Яковлев). В дальнейшем были расширены и укреплены и другие управления (отделы) Главного управления портов, в частности Управление вспомогательных судов и гаваней, Управление труда и кадров. В состав Главного управления портов был передан ветеринарный отдел.