До ранку місто було в значній мірі звільнене від полуботківців. Щоправда, не обійшлось без інцидентів. Останньою виходила з міста та частина повсталих, яка займала штаб фортеці на Печерську. «Вертаючись у Грушки на місце свого постійного перебування, полуботківці о 4 1/2 год. ранку зустрілися на перехресті Бібіковського бульвару і Володимирської вулиці з патрулем 1-го ім. Богдана Хмельницького полку, який в цей час ішов згори од Володимирського собору. Спокійно пропустивши полуботківців, патруль з Бібіковського бульвару звернув на Володимирську, прямуючи до приміщення Центральної Ради. На Володимирській, недалеко від перехрестя, у цей час стояв другий патруль — з юнкерів 3-ї школи прапорщиків. Юнкери також, спокійно пропустили полуботківців, але побачивши зараз же за цими богданівців, що звертали на Володимирську, подумали, що то вернулись полуботківці, і кинулись до зброї. Пострілами з кулемета і рушниць убито одного солдата полку ім. Богдана Хмельницького і двох легко поранено. За розпорядженням військових властей начальника, караульного дозору було заарештовано і розпочато слідство»²⁷⁵.

За повідомленнями інформаційних агентств і очевидців полуботківці, залишаючи Київ, забрали з собою «багато рушниць, патронів і кільканадцять кулеметів, а прийшовши в Грушки, окопались там»²⁷⁶. Ранком того ж дня до полуботківців направили трьох представників — від Генерального військового комітету, Генерального секретаріату та Ради військових депутатів, щоб умовити їх «скласти зброю та відправитись на фронт. Цієї мети досягнути не вдалось, але умовляння все ж таки зробили на вояків той вплив, що вони вирішили поважно вести переговори з представниками нашої краєвої влади і обрали для цього організоване представництво, а не випадкове, як було перше.

Обрано було по одному представникові від кожної сотні, яких у «полуботківців» є 16, та ще від якихось там полкових установ, — всього біля 20 душ»²⁷⁷.

Делегація мала прибути до Центральної Ради наступного дня. Тим часом в деяких місцях Києва зчинялась стрілянина, до військових властей і міліції надходили виклики, але винуватців не знаходили. Поодинокі солдати, що бродили по місту, заарештовувались. Об 11 годині ранку в Марийський палац надійшло повідомлення, що в 2-му саперному запасному батальйоні, який недавно був переведений до Києва з Харкова і відомий своєю схильністю до більшовизму, ведеться агітація з метою приєднання до полуботківців. В батальйон терміново відрядили представників Ради робітничих і Ради солдатських депутатів для контрагітації²⁷⁸.

Емісари Рад роз’їхались і по інших частинах гарнізону, повсюдно проводили роз’яснювальну роботу, організовували збори, на яких ухвалювались резолюції в дусі позиції Київських Рад, резолюції підтримки Всеросійського з’їзду Рад робітничих і солдатських депутатів, підтримки Тимчасового уряду в його боротьбі з «анархічною меншістю і будь-якими контрреволюційними проявами»²⁷⁹.

Чимало військових частин направляли своїх представників з пропозиціями надати допомогу в приборканні повсталих, та потреби в цьому не було.

Відбулось об’єднане засідання виконкому Ради об’єднаних громадських організацій, президій Ради робітничих і Ради військових депутатів, а також представників партій. Обговорювалось питання про заходи щодо остаточної ліквідації наслідків виступів полуботківців.

Доповідач генерал Трегубов доводив, що виступ ніяк не можна вважати завершеним. На його думку, намічена програма рішучих заходів не виконана через прагнення Центральної Ради і виконкомів Рад об’єднаних громадських організацій і Рад робітничих, військових депутатів залагодити справу мирним шляхом. Вирішено було створити при головнокомандуючому округом комітет у справі розв’язання всіх питань, пов’язаних з виступом полуботківців²⁸⁰.

Газети повідомили, що внаслідок «останніх подій в Петрограді і Києві У.Ц.Р. вирішила визнати за існуючим складом Генерального секретаріату всі повноваження крайового органу влади»²⁸¹. Вечірній випуск «Киевской мысли» вийшов з редакційною статтею «До спокою!». Цікаві перші оцінки причин і ходу повстання солдатів: «Київ учора став ареною хвилювань, які викликали тривогу в місті. Рух голодних і недисциплінованих «полуботківців» став набувати спочатку надзвичайно бурхливих форм. Київські хвилювання стали відбиттям петроградської громадянської війни. Правда, нічого подібного тому, що було в Петрограді, в Києві не було. Зголоднілі люди, що просили хліба, просили, щоб їх хоч один раз нагодували як слід, дуже мало «нагадували тих, які в Петрограді стріляли впродовж вулиць. Але привид розрухи і анархія з’явився вчора в Києві…»²⁸².

Автори статті вважали, що виступ ліквідовано завдяки єдності всіх демократичних сил — як українських, так і неукраїнських, і попереджували, що ситуацією можуть скористатися різного роду темні елементи, які вже піднімають голови²⁸³.

Заарештованих 5 липня полуботківців з Марийського палацу перевели до штабу фортеці. Розпочате слідство відразу ж виявило, що серед затриманих і залучених до дізнання були особи з безумовно кримінальним минулим. Так, в числі «полуботківців» впізнали Бугаєва, який начебто керував погромом квартири К. Оберучева. В карно-пошуковому відділенні Бугаєв давно стояв на обліку як відомий злодій, небезпечний злочинець-рецидивіст. Правда, його уже в палаці, в безладді випустили з поля зору і лише через тиждень випадково розпізнали серед заарештованих, які знаходились у приміщенні гауптвахти. Бугаєв перебував там під вигаданим прізвищем Долговенка²⁸⁴.

Тим часом кількість затриманих за підозрою участі в повстанні з кожним днем збільшувалась. Лише в ніч з 6 на 7 липня в Бульварному районі заарештовано 80 полуботківців, в Плосскому районі — 34. Усіх Їх доставлено до комендантського управління.

Згодом з’ясувалося, що до полуботківців приєднались і деякі охоронці порядку. Серед них — завідуючий одним із відділень Плосского району Відек, що особисто заарештував комісара району, сприяв арешту інших чинів міліції, вилученню зброї.

В Лук’янівському районі допомогу полуботківцям надав міліціонер П. Динников²⁸⁵.

Також встановлено, що діяльну участь у русі полуботківців взяли колишні поліцейські чини. Так, 7 липня на Єврейському базарі був затриманий і доставлений в управління Бульварного району колишній городовий Д. Гладенький, який прослужив 4 роки в поліції. У нього вилучили прохідне посвідчення, підписане командиром полку ім. Б. Хмельницького прапорщиком Романенком. Під час обшуку на квартирі у Д. Гладенького знайдено значну кількість зброї²⁸⁶.

Підраховані і жертви. Крім згаданого солдата богданівського полку, інші були теж випадковими: чиновник карно-пошукового відділення Войцехівський (побитий під час самосуду); завідуючий дільницею Подольського району Феткевич (поранений невідомим пострілом у спину з револьвера); двірник з М.-Житомирської вулиці (вбитий автомобілем полуботківців)²⁸⁷.

В ніч на 7 липня в деяких місцях сталися ексцеси. Так, група полуботківців здійснила набіг на селище Пуща-Водиця. Було влаштовано трус дач і вилучено знайдену зброю.