Неприятное дело обострилось, когда и безупречный Столыпин при царе выдвинул жесткие упреки против образа жизни Распутина и его влияния на государственную политику. Столыпин имел заслуги перед монархией, но, подобно Витте, он оставался самостоятельным человеком, со своими идеями и планами, которые все более противоречили взглядам императора, его супруги и прежде всего Распутина. В 1911 году конфликт достиг кульминации. Влиятельные силы сорвали план Столыпина распространить земства на запад. Столыпин подал в отставку. Николай колебался и медлил. Дядя царя Александр Михайлович, прежде всего царская вдова Мария Федоровна знали о способностях Столыпина и склоняли императора отклонить прошение об отставке. Николай чувствовал себя униженным. Столыпин поставил условия, которые еще глубже ранили императора: Государственная дума и Государственный совет должны быть в три дня распущены, чтобы можно было ввести земства в западных губерниях. Столыпин должен был сохранить право назначить 30 новых членов в Государственный совет, в то время как такое же число членов, выдвинутых царем, должны быть исключены.
Еще никогда ни один русский политик не отваживался так сильно наступать на прерогативы монарха. Николай разрывался от бессильной ярости, тем более что мать вновь удерживала его в примирительной позиции. Для Марии Федоровны все это дело являлось возможностью выразить свое неприятие Распутина и невестки. Все произошло, как хотел Столыпин. Но премьер-министр взял на себя вину за злоупотребление властью, которое ускорило его крушение. В августе 1911 года в Киеве по случаю 50-го юбилея отмены крепостного права должно было торжественно отмечаться введение земств в западных губерниях. В Киев приехали Столыпин, а также Распутин. Легенда повествует, что, увидев премьер-министра, Распутин заголосил: «Смерть у него за спиной! Смерть идет за ним… Идет за Петром… Следует за ним!» Действительно, 1 сентября в киевском Оперном театре в Столыпина стреляли – 5 сентября 1911 года от полученных ранений он скончался. Совершивший покушение Мордехай Богров был схвачен, однако обстоятельства, которые привели к смерти Столыпина, никогда полностью не были выяснены. Император лично позаботился о том, чтобы расследование было прекращено. Преступник был быстро казнен. До сегодняшнего дня остаются сомнения, имел ли место заговор против Столыпина, в котором были замешаны высшие придворные круги. Император Николай II и Александра не принадлежали к кругу лиц, которых относили причастными к заговору. Скорее Распутина считали на это способным. Царица не стеснялась вести переговоры с Распутиным о преемнике Столыпина на его посту. Они оказывали влияние на Николая с тем, чтобы он назначил аморфного министра финансов Владимира Коковцова. В прямом разговоре императрица недвусмысленно предостерегла Коковцова, чтобы он не слишком задумывался о политике и стремлениях Столыпина.
Коковцов пользовался доверием Александры и Распутина. Он серьезно затруднил отношения между правительством, парламентом и императором, цель, над которой беспрестанно работала Александра. К этому времени она предоставила Распутину положение, которое ввело его в центр политических решений. Квартира Распутина превратилась в место, где готовились персональные императорские решения. Между тем противники Распутина становились все многочисленнее. Деятели церкви, которые однажды обеспечили ему доступ ко двору, проклинали богохульника. Пресса бесцеремонно насмехалась над развращенностью Распутина и включала сюда и императрицу. Самые отчаянные духовные лица неожиданно напали на чудотворца и хотели его кастрировать. Покушение не удалось осуществить. Николай прибег к чрезвычайному средству, чтобы прекратить скандал вокруг Распутина. Он приказал ему отправиться в Иерусалим. Может быть, посещение Святых мест очистит «Божьего человека»! Едва вернувшись, Распутин продолжил необузданную жизнь. Отчаявшись, Мария Федоровна обратилась к Коковцову: «Моя достойная сожаления невестка не понимает, что она и династия гибнут. Она искренне верит в святость авантюриста, и мы бессильны и ничего не можем сделать, чтобы помешать катастрофе, которая меж тем кажется неотвратимой».
Распутин в такой мере давал пищу общественности, что возникло опасность государственного кризиса. В действительности это был династический кризис, и общественное мнение состязалось в том, чтобы перенести ответственность за это на нелюбимую императрицу. Заговор против Распутина носился в воздухе. Епископ Казанский Феофан осознал свою трагическую ошибку, но не был выслушан Николаем. Император запрещал себе любое вмешательство в персональные решения. Он искал выхода и в 1912 году бежал с семьей в Ливадию. Распутин как тень следовал за ними.
Скандал захватил лишь небольшую часть русского общества. Настоящий кризис России и самодержавия проистекал не от Распутина. Он был только зловещим предзнаменованием приближающегося крушения самодержавия. Правда, 1913 год предоставил возможность с блеском отпраздновать 300-ю годовщину династии Романовых. В последний раз императорская семья представляла величие и традиции Российской империи. Но с 1911 года получили распространение стачки и волнения. От Думы не исходило никакой непосредственной политической опасности для монархии, но единоличной власти царя тоже больше не было. Крайние политические группировки вступили в борьбу за власть. Помимо этого, Россия входила в европейскую систему союзов, которая приближалась к войне. Большая забота императора о семье и наследнике престола делала его в известной степени самодержцем в руках Распутина. Однако было бы преувеличением считать влияние Александры и Распутина на решения императора неограниченным.
Николай не стремился к войне и не верил, что Германия нападет на Россию. Но он также ничего не делал, чтобы не впутывать Россию в европейские интриги. Политическое убийство в Сараево, в результате которого 15 июня 1914 года погибли наследник австрийского престола Франц Фердинанд и его жена, показался ему не более чем событием особой важности: император с семьей ходил под парусом в Черном море. Поэтому Николай был как громом поражен, когда в конце июля Австрия объявила войну Сербии. Даже Распутин не мог помочь. После покушения он лежал с полученным тяжелым ножевым ранением в больнице в Тюмени. Но влияние Распутина в большой мере покоилось на способности всегда появляться в нужное время со словом и делом. Царица велела служить обедни за святого человека, а тот ответил телеграммой, в которой советовал царю не вести войны, которая «означала бы конец России и царю, бойню, в которой погибнут все до последнего мужчины».
Это было не политическое пророчество, а знание о страхах императора и императрицы перед новой войной, которое побудило Распутина к таким словам. Действительно, Николай и в последнюю минуту прилагал серьезные усилия к миру, а Александра горячо молилась о сохранении мира. Но 31 июля 1914 года началась всеобщая мобилизация. День спустя мировая война стала фактом. Император ощущал свое единство с охваченным патриотизмом народом. В то время как Николай занимался патриотическими воззваниями и церемониями, Александра оборудовала в Большом дворце в Царском Селе лазарет, сама и обе дочери Ольга и Татьяна обучились на медицинских сестер и организовывали санитарные поезда. Ее поведение было образцом для женской части семьи Романовых.
Армии генералов Самсонова и Ренненкампфа вторглись в Восточную Пруссию. Это продвижение сняло нагрузку с Франции, однако для России закончилось сокрушительным поражением: Пауль фон Гинденбург под Танненбергом окружил армию Самсонова и вынудил к бегству Ренненкампфа. Россия потеряла 110 000 человек убитыми, ранеными и пленными. Генерал Самсонов не знал, куда деться от стыда, и застрелился. Более удачливыми были русские войска при продвижении в Галиции. Но и на юге военное счастье было недолгим. Весной 1915 года германские войска атаковали русские фланги по всему Восточному фронту. До лета Россия потеряла в общей сложности 3,8 миллиона человек!