Характер Павла и возникшая на этой основе политика были неуравновешенными, скачкообразными. Вся Европа тогда была неуравновешенной и иррациональной. Ни один монарх или политик не мог сказать, каким будет положение в Европе после революции во Франции. Павел стремился проводить политику невмешательства и одновременно напал на революционную Францию. Павел ощущал себя оплотом европейской аристократии, с которой он благодаря своей супруге смог установить семейные связи. Когда в 1798 году Наполеон занял Мальту, Россия вступила во вторую войну коалиции против Франции. Коалиция вновь потерпела поражение, и Павел I искал нового союзника. Он нашел его во Франции. Очевидно, император не смог привести своему окружению достаточных доказательств для изменения политического курса. На это повлияли слухи о заговоре. Первоначально они основывались на стихийном произволе царя, на урезании прав дворянства, на введении прусской дисциплины в армии и на навязчивом стремлении все регламентировать и контролировать. Недоверие Павла не останавливалось и перед собственной семьей, перед женой и наследником престола, у которых, конечно, не было недостатков в доказательствах лояльности.

Император все более и более переносил на супругу скрытую злобу, которую некогда испытывал к матери. Он лишал Марию Федоровну своего доверия, все дальше отстранял от управления. Говорят, он публично унижал ее: «Вы имеете намерение, Мадам, завести друзей и готовитесь играть роль Екатерины II, так знайте, что Вы не найдете во мне Петра III». Дневники Марии Федоровны позднее были сожжены, а писем тех месяцев почти нет. Существуют лишь некоторые свидетельства о ее душевном состоянии в умирающем браке, факты, которые содержат достаточную информативность.

Еще до вступления на престол Павел избрал себе в качестве метрессы придворную даму Марии – Екатерину Нелидову. Настойчивые жалобы Марии Екатерине II ничего не изменили. Императрица только поставила перед невесткой зеркало и успокоила её, сказав: «Соперница – всего лишь маленькое чудовище». В 1793 году Павел удалил Екатерину Нелидову, и Мария вздохнула свободно. Теперь, когда реакция императора была все более ужасной, Мария Федоровна привела Нелидову обратно ко двору. Павел до известной степени слушался бывшей метрессы. Мария Федоровна и Екатерина Нелидова, объединившись, пытались удержать императора от бесчисленного числа решений и тем самым пробуждали его недоверие. В 1798 году он уничтожил «заговор». Екатерина Нелидова была выслана от двора. Друзья Марии попали в немилость и также были вынуждены покинуть двор. В ярости император лишил супругу руководства сиротскими домами и тем самым надавил на одну из самых болезненных точек. По древнерусскому обычаю ей грозила ссылка в монастырь.

Весной 1800 года идеи заговора получили конкретные очертания. Назывались имена Никиты Панина, адмирала Дерибаса (в тексте – de Ribas) и все чаще военного губернатора Петербурга графа Петра фон Палена. Панин посещал наследника престола и говорил с ним о необходимости отстранения Павла от престола. В свете дальнейшего развития событий остается под вопросом, сообщал ли Александр матери о своих наблюдениях и высказывал ли свое мнение.

В 1800 году дочери Павла I Александра и Елена уже были выданы замуж в Австрию и Мекленбург, и продолжались переговоры с Саксонией-Веймаром о бракосочетании Марии. Александр и Константин были критично настроены по отношению к отцу. Мария Федоровна не делала тайны из своих антинаполеоновских взглядов. Маловероятно, что Мария по меньшей мере не догадывалась о планах заговора. Внешне она хранила молчание и покорялась воле супруга.

13 февраля 1801 года Павел I с женой и детьми отправился в Михайловский дворец. Посреди Петербурга императорская семья жила в средневековом замке, способном защитить и дать отпор врагу. Рвы с водой, подъемные мосты, надежно защищенные двери и прекрасно организованная система охраны, которую Павел лично и регулярно проверял, должны были обеспечить желанный покой и защиту от покушений. Павел потребовал, чтобы и оба великих князя Александр и Константин проследовали во дворец. 5 марта они въехали вместе с семьями.

В конце февраля Александр провел совещание с графом Паленом. Царевич потребовал, чтобы в ходе переворота его отцу не было причинено никакого вреда. Однако в России не существовало опыта обращения со свергнутым царем. Если при Елизавете и Екатерине II все ставила на карту горстка гвардейцев, обладавших большими способностями к импровизации, то здесь фактически вся петербургская аристократия совершенно открыто с наслаждением готовилась к свержению деспота. Александр дал свое согласие, но старался не думать о возможных последствиях.

Переворот произошел в ночь на 11 марта 1801 года и завершился убийством императора Павла I. Граф Пален поспешил к Александру с новостью, что Павел I скончался от удара. Александр, казалось, был в отчаянии, жена Елизавета призывала его к стойкости. Александр поехал в Зимний дворец и показался гвардейским полкам. Он сказал, что его отец умер от удара. Шотландский врач Джеймс Вили засвидетельствовал эту причину смерти. Родилась легенда. Император Павел I был мертв. Редко в России раздавался такой крик ликования. Все надежды возлагались теперь на Александра. Хотелось как можно скорее забыть тяжкие годы правления Павла I.

Мария Федоровна за годы совместной жизни с Павлом I показала себя экономной, жизнелюбивой, корректной, порядочной и всегда такой же доброжелательной, как и вежливой. Как княжеская дочь, она была воспитана для княжеского брака и придерживалась правил игры, соответствующих своему положению. Постоянные беременности, авторитет Екатерины II и причудливый нрав супруга хотя и ограничивали возможность ее политического движения, но не парализовали его. В связи с заговором против Павла имя Марии не упоминалось. Представляется правдоподобным, что она не знала о подготовке к убийству. Об этом рассказывает и в течение многих лет близкая к ней и ее детям графиня Ливен.

Убийство Павла I открыло Марии сферу ответственности, как и поле деятельности, которые она до сих пор и не могла и не должна была использовать. Ее положение вдовствующей императрицы обеспечило значительное влияние, которое она широко использовала по мере того, как потребности коалиционной войны с Наполеоном и оформление европейского послевоенного порядка вынуждали ее к тому, чтобы действенно применять в интересах России и монархической Европы составленный ею проект династической сети. Молодой император Александр I был противоречивым человеком, мечта которого заключалась в новом политическом порядке в Европе в соответствии с христианско-этическими представлениями об идеалах. Итогом был «Священный союз». Мария Федоровна имела большое влияние на всех детей, в том числе и на Александра.

Мария Федоровна стала вмешиваться в действия сына после того, как в декабре 1805 года была проиграла битва под Аустерлицем. Она подвергла критике решение Александра самому выступить во главе армии и с большим скепсисом отнеслась ко встрече Александра с Наполеоном в Тильзите летом 1807 года, потому что рассматривала русские обязательства перед Пруссией как преувеличенные, признала ошибкой присоединение России к континентальной блокаде и считала нетерпимым союз с узурпатором Наполеоном. Когда в 1807 и 1808 годах возникла идея вступления в брак ее дочери Екатерины с Наполеоном, она выразила жесткий и основательный протест. На Эрфуртской встрече в 1808 году Александр точно следовал желаниям матери и в письме подтвердил ее взгляды: «Час, когда мы со спокойствием будем наблюдать за гибелью Бонапарта, недалек». В годы после Венского конгресса Мария Федоровна много раз путешествовала по Европе. Она сопровождала своего сына на мирных конгрессах и навещала заключивших брак за границей детей, которые, со своей стороны, регулярно совершали визиты в Петербург. Двусторонние посещения были семейными встречами, темы разговоров которых общественности не сообщались, но в любом случае они были связаны с важными политическими решениями для дома Романовых. Это дал понять и великий герцог Саксен-Веймар-Айзенахский Карл Август. Саксен-Веймар после принятых в 1817 году в Карлсбаде решений о его либеральной позиции имел политическую репутацию «гнезда якобинства». В ноябре 1818 года Мария Федоровна поехала в Ваймар и внесла свой вклад в то, чтобы тамошний двор не выскользнул из структуры «Священного союза». Но и ее дочь Мария Павловна проявила достаточно собственной смелости, не опираясь на традиции классического Веймара. Она выбрала другой путь. Вместе с учрежденным ею «Патриотическим институтом женских союзов» она подчинила своему патриархально-самодержавному контролю все общественные благотворительные учреждения и вдобавок ко всему гарантировала княжескому дому надежный источник дохода, который, кроме того, был связан с петербургской государственной казной.