Анастасия также должна была подчиняться дворцовым обычаям. В то время как царь Иван занимался государственными делами, направленными на реформирование государства, и с завоеванием Казанского ханства приступил к тому, чтобы придать собиранию русских земель имперский характер, Анастасия в женских покоях Кремля или в построенной под Москвой загородной резиденции великого князя должна была укрепить династию Рюриковичей появлением наследника престола. Уже в 1549 году родилась дочь Анна. В 1551 году свет увидела дочь Мария. Оба ребенка не дожили до года. В октябре 1552 года родился сын Дмитрий, короткая жизнь которого привела к кризису, в течение которого Анастасия вновь появилась в поле зрения общественности. Кризис престолонаследия 1553 года имел характерную и многолетнюю предысторию, сказавшуюся на жизни и деятельности Ивана и Анастасии.
После коронации и женитьбы государь и государыня столкнулись с внутриполитическими проблемами. Во время медового месяца Иван хотел как насладиться юной женой, так и, следуя предписанному ритуалу, а также внутреннему убеждению, совершить вместе с Анастасией паломничество к мощам святых мучеников. Семейная жизнь и распорядок дня строго следовали церковным правилам. В деревне Островка, сразу за Москвой, царская пара столкнулась с депутацией из города Пскова. Семьдесят почтенных мужей хотели подать жалобу царю на произвол управляющего городом воеводу. Иван не справился с ситуацией. Он побил мужей и поджег у них бороды. К довершению несчастья до него дошло известие, что со звонницы Ивана Великого в Московском Кремле упал колокол. Иван был настолько напуган, что вместе с юной женой сразу же вернулся.
Вслед за этой пришла новая беда. 21 июня 1547 года в одной из церквей на Арбате возник пожар, перебросившийся затем на Кремль. Благовещенский собор погрузился в огненное море. В огне погибли 1700 человек. Иван вместе с Анастасией бежал из Москвы и остановился в селе Воровьево. Он созвал Боярскую думу. Народ находился на грани бунта. Царь начал расследование. 26 июня люди начали стекаться к Успенскому собору. Вспыхнуло настоящее народное восстание, направляемое враждующими дворцовыми партиями.
Говорили, что в этом виновна Анна Глинская, бабка Ивана! Анна Глинская и ее сыновья Михаил Молодой и Юрий тремя годами ранее лишили власти Шуйских. Сами же Глинские дискредитировали свое правление узурпацией прав и коррупцией. Поэтому Шуйским было легко подстрекать народ против семейства Глинских. Суеверным москвичам было совершенно очевидно, что пожар вызван колдовством. Призыв к мести был сейчас же претворен в жизнь: Юрий Глинский, дядя Ивана, был убит, за этим последовали грабежи и кровавая резня с новыми жертвами из семейства Глинских. Возбужденный народ поспешил к Ивану IV и потребовал высылки других членов семьи Глинских. Но юный царь захватил инициативу. Ему удалось схватить подстрекателей мятежа. Он велел их казнить. Восстание 1547 года ознаменовало собой поворотный пункт в русской истории.
Несмотря на то что восстание угрожало и самому Ивану, оно укрепило его волю к самодержавию. С восстания начался первый период его правления, который в целом считается «периодом реформ». Он продолжался приблизительно до 1564 года. Период реформ и годы брака с Анастасией, по-видимому, совпали по времени. Хотя изменчивый характер царя во многом и отягощал брак, Анастасия оказывала успокаивающее и уравновешивающее влияние на своего супруга.
Иван начал свои реформы с театрального жеста. После пожара 1547 года он произнес в Кремле речь, в которой варьировалась излюбленная тема его жизни: «Я был слишком юн, когда Бог призвал моего отца и мою мать. Моим именем могущественные бояре, которые сами хотели править, присвоили себе высокие посты, неправедно обогатились и угнетали народ. Никто им не противился. В моем скорбном детстве, не окруженный ничьей заботой, в юношеской неопытности я и сам был слеп и глух. Я не слышал стенаний бедняков, и ни одного слова осуждения зла не выходило из моих уст». Он нападал на бояр: «Вы делали, что хотели; вы были продажны, безнравственны, алчны, вы творили несправедливость». За этим следовал вывод: «Я не виновен в этой крови. Но вас ждет страшный небесный суд». Царь изложил программу правления, в которой он как будто призывал народ стать союзником в борьбе с боярами: «Бог доверил мне свой народ. Я прошу вас довериться Богу и возлюбить меня. Отныне я буду вашим судьей и защитником. Злодеев бояр и вельмож больше не будет, а вам вернут все, что взяли у вас».
Иван нуждался в реформаторах и решительных мерах. Его устремления энергично поддержал целый ряд способных людей. Бежавший в 1564 году из Москвы в Литву главнокомандующий русскими войсками в Ливонской войне князь Андрей Курбский в своей «Истории Великого княжества Московского» назвал это небольшое сообщество реформаторски настроенных личностей Избранной радой. В нее входил он сам, придворный священник Сильвестр, дворянин Адашев, думный дьяк Висковатый и митрополит Московский Макарий. Инициированные Иваном преобразования – результат влияния этих советников. Это касалось реорганизации центральной и региональной администрации, изданного в 1550 году свода законов «Судебника», переустройства государственной и церковной службы, формирования стрелецкого войска и усилий по завоеванию Казани и Астрахани. Нельзя исключить и положительного влияния Анастасии на процесс тех или иных реформ. Она, однако, не играла никакой официальной роли и никогда не упоминалась в документах. Но она поддерживала личные контакты с советниками Ивана и была знакома с их взглядами.
Так, например, духовник Ивана Сильвестр издал «Домострой» – правила внутреннего распорядка, моральный кодекс повседневной семейной и общественной жизни, которому должна была подчиняться и царица. Содержащиеся в нем основы жизненного уклада были не новы, однако Сильвестр придал им пропагандистскую убедительность. Одной из задач реформ, к проведению которых стремился царь, было исключить из поведения людей в семейной и общественной жизни ту дикость, которая распространилась в результате татаро-монгольского завоевания и феодальных междоусобиц, и установить порядок, который бы служил поддерживающему государственность принципу самодержавия. Согласно «Домострою», глава семьи являлся мерилом всего. Он распоряжался радостями и печалями всех членов семьи, должен был сдержанно и тщательно учитывать интересы каждого как в семье, так же и в государстве. О господствовавших в Москве, в том числе и в царской семье, при Иване IV самобытно-грубых и архаичных нравах свидетельствует уже то, что «Домострой» был окончательно признан только шестьдесят лет спустя – при Романовых.
С годами в отношениях с друзьями-советниками возникла трещина. Сильвестр хотел самодержавно учить морали. Адашев осмелился насмехаться над своим господином, его женой и ее низким происхождением. Иван был убежден в том, что вел угодный Богу образ жизни, защищал и множил государство, был любящим супругом и заботливым отцом своему родившемуся в 1552 году сыну Дмитрию. Весной 1553 года царь заболел. Иван чувствовал приближение смерти. В июне 1553 года царь потребовал от членов избранного совета и бояр принести клятву верности наследнику престола Дмитрию Ивановичу. Провозглашение царевича хотя и исключало возможность многолетнего регентства Анастасии официально, но не принципиально. Бояре опасались новой борьбы за власть, как это было, когда они правили двором во времена детства Ивана. Регентша более низкого, чем они, происхождения была для них совершенно неприемлемой.
Однако семья Анастасии Романовой добивалась для Анастасии регентства после смерти Ивана. Этим притязаниям противилось семейство Старицких. Владимир Андреевич Старицкий был двоюродным братом Ивана. Его мать Евфросинья с презрением и яростью вспомнила о регентстве Елены Глинской. Она пыталась организовать заговор с целью добиться трона для своего сына Владимира. Это привело к тому, что у постели больного Ивана разыгрывались ужасные сцены. Умирающий Иван был вынужден наблюдать, как бояре торговались из-за его наследства. Он умоляюще выдавил: «Если вы не хотите целовать крест на верность моему сыну, значит вы уже помышляете о другом правителе…