Черчилль приказал захватить все французские военные корабли, находившиеся в портах Великобритании. Английская военно-морская группа «Эйч», базировавшаяся в Гибралтаре, получила приказ напасть на французские военно-морские базы в Северной Африке. Адмирал Эндрю Каннингхэм, главнокомандующий Средиземноморским флотом, выступил категорически против; весь английский флот пришел в ужас от этого приказа. Черчилль настоял на своем, и 3 июля группа «Эйч» в составе линейного крейсера «Худ», авианосца «Арк-Ройял» и старых линкоров «Велиэнт» и «Резолюшен» подошла к порту Мерс-эль-Кебир во французском Алжире, где стояли на якоре основные силы французского флота. Англичане предъявили ультиматум: французы должны или затопить свои корабли, или присоединиться к англичанам под флагом «Свободной Франции», или уйти во французскую Вест-Индию.

Переговоры продолжались много часов, но в конце концов французский адмирал отказался, и английские корабли открыли огонь в упор. Линейный крейсер «Дюнкерк» получил прямое попадание нескольких 15-дюймовых снарядов, на старом линкоре «Бретань» взорвалась крюйт-камера, он перевернулся и затонул, унося с собой 977 членов экипажа. Старый линкор «Прованс» выбросился на берег, но линейный крейсер «Страсбург», авианосец «Коммандант Тест» и пять эсминцев, подняв пары, продемонстрировали великолепное мастерство и, ускользнув от английского флота, ушли в порт Тулон на южном побережье Франции. На следующий день с борта «Арк-Ройяла» поднялись торпедоносцы, чтобы добить поврежденный «Дюнкерк». Один из них поразил лихтер с грузом глубинных бомб, что привело к гибели еще 150 моряков.

Через два дня французские военно-морские соединения в атлантических портах Дакар и Касабланка также отказались выполнить требования англичан и были атакованы торпедными катерами и торпедоносцами. Оба недостроенных линкора «Ришелье» и «Жан Бар» получили повреждения.

В Александрии Королевский флот действовал более тонко. Терпеливые переговоры включали в себя, в частности, транспаранты с предложенными условиями, которые англичане демонстрировали с мелких судов экипажам французских кораблей. Никто не спешил выполнить поступивший из адмиралтейства приказ действовать быстро. Отношения английского и французского адмиралов — Каннингхэма и Годфруа соответственно — остались добрыми и после того, как пришло известие о трагедии в Мерс-эль-Кебире. В результате стороны пришли к соглашению: французские корабли, линкор «Лорейн», четыре крейсера и несколько торпедных катеров были разоружены. Запасы топлива были сгружены на берег, а торпедные взрыватели переданы на хранение во французское консульство.

Французские моряки всю войну жили в Александрии припеваючи. Главнокомандующий адмирал Годфруа получил разрешение пользоваться шифрами Вишистской Франции и держать связь со своим начальством. Французские моряки получали жалованье от англичан, но, в отличие от солдат «Свободной Франции», могли отправлять деньги домой. Им разрешалось сходить на побывку на берег в Александрии, а также ездить в находящиеся под управлением Вишистской Франции колонии — Сирию и Ливан. Королевский ВМФ вел ожесточенные боевые действия, а французские корабли — линкор, четыре крейсера и три эсминца — оставались без единой царапины. «По сравнению с видавшими виды английскими кораблями французы выглядели вызывающе холеными и откормленными».

Могли ли подобные мирные соглашения быть достигнуты и в Мерс-эль-Кебире, если бы Черчилль проявил терпение и предоставил большую свободу действий командующему английскими военно-морскими силами? Разумеется, все трое флаг-офицеров, участвовавших в тех событиях, были в этом уверены, но один из них, выразивший свои взгляды в направленном в адмиралтейство письме, был отстранен от должности. Публикация воспоминаний адмирала Каннингхэма, главнокомандующего силами Королевского флота на Средиземном море, продемонстрировала всю силу антипатии Каннингхэма к Черчиллю и, в частности, к этому приказу. Некоторые историки утверждают, что опубликованные данные об обмене сообщениями между Каннингхэмом и Черчиллем были сфальсифицированы, чтобы оградить репутацию Черчилля.

Несмотря на то что англо-французские отношения опустились до самой низкой за всю историю величины, шокирующие действия Королевского ВМФ, по крайней мере, продемонстрировали всему миру, что Великобритания не просто тянет время: она собирается любой ценой продолжать войну.

Цену эту в первую очередь пришлось платить Королевскому флоту. Географическое положение Италии в середине Средиземного моря предоставило державам «Оси» военно-морские и авиационные базы, позволяющие добиться господства в центральной части Средиземноморья. В то время как английские конвои, следовавшие с востока на запад, неизбежно подвергались ожесточенным атакам, короткое расстояние от Сицилии до Туниса позволяло державам «Оси» не беспокоиться по поводу морского сообщения с Северной Африкой. Мальта, с ее оборудованными причалами и морскими доками, занимала идеальное положение для того, чтобы стать главной базой для борьбы с итальянским судоходством, но это также означало, что она находится в радиусе действия итальянских бомбардировщиков и ее будет очень трудно защитить в случае высадки неприятельских войск. Английское верховное командование рассматривало несколько планов дальнейшего ведения войны, в том числе и такие, свидетельствующие о полном отчаянии, как оставление Средиземного моря неприятелю и сосредоточение всех сил для защиты Гибралтара и Суэцкого канала.

Люди, военное снаряжение и техника, направлявшиеся в английские гарнизоны в Египте и страны Ближнего Востока, больше не могли проходить через Средиземное море. Отныне только снабжение Мальты, а также доставка остро необходимых грузов осуществлялись быстроходными конвоями с мощным охранением, следовавшими через контролируемую державами «Оси» центральную часть моря. Ответом Королевского флота на эту мрачную ситуацию явилась демонстрация того самого агрессивного духа, который показывала сухопутная армия Германии. Хотя первоначально численность английских боевых кораблей в Средиземном море сократилась в связи с кампанией в Норвегии, угрозой вторжения на Британские острова и Битвой за Атлантику, корабли, прибывшие в мае 1940 года из Вест-Индии, Китая, Индии и Австралии, снова превратили Средиземноморский флот в грозную силу.

Отвергая осторожное предложение адмиралтейства оставить восточную часть Средиземного моря, адмирал Каннингхэм привел главные силы флота к итальянским берегам, где 9 июля 1940 года произошла стычка с сильной неприятельской эскадрой в составе 2 линкоров, 16 крейсеров и 32 миноносцев. Стороны причинили друг другу незначительный урон, но главным итогом этого столкновения следует считать возросший боевой дух английских моряков. 19 июля легкий крейсер «Сидней» с австралийским экипажем встретил у берегов Крита два итальянских легких крейсера и потопил один из них. В результате этого установился следующий порядок военных действий на море: английские корабли шли туда, куда хотели, а итальянцы ограничивались тем, что пытались их атаковать или нанести удар с воздуха.

План оставить Мальту неприятелю был отвергнут. Было принято решение укрепить оборону острова. В Средиземное море был направлен авианосец «Аргус» с истребителями «Хокер-Харрикейн», предназначенными для защиты Мальты. Это явилось началом долгой борьбы за оборону и снабжение острова.

У генерала де Голля сложилось убеждение, что французские колонии в Западной Африке, а также в Северной и Экваториальной Африке горят желанием присоединиться к нему. Он предложил снарядить экспедицию в Дакар, а на тот случай, если соотечественники не признали бы в нем друга и освободителя, экспедиция должна была быть вооруженной.

Дакар находится на крайней западной оконечности Африки. Присутствие в этой точке военно-морских сил позволило бы обеспечить защитой морские пути вдоль африканского побережья, к тому же Западная Африка, окрашенная в цвета «Свободной Франции», пришлась бы по душе союзникам. Консул Великобритании в Дакаре передал в Лондон, что местные военные и гражданские лидеры горят желанием продолжить войну на стороне Великобритании. Подобные безосновательные утверждения, основанные на выдаче желаемого за действительное, убедили Черчилля поддержать замысел де Голля. После того как английская разведка донесла, что немцы планируют создать в Дакаре военную базу, военный совет дал свое согласие. 31 августа 1940 года в Дакар были направлены подразделения английской морской пехоты и английских и французских солдат.