По самой своей природе область применения этих «чувствительных мин» ограничена мелководьем: мины типа «ТМВ» срабатывали на глубинах не больше 25 метров, а мины типа «ТМС» — 35 метров. Мины небольшого размера можно было ставить с помощью торпедных аппаратов подводных лодок: уложенные одна за другой три мины имели общую длину, приблизительно равную длине торпеды. Мины, поставленные германскими подводными лодками и сброшенные на парашютах с летящих на бреющем полете самолетов у причалов, в устьях рек и в районах прибрежного судоходства, привели в ужас британское адмиралтейство. Подорвавшись на магнитных минах, серьезные повреждения получили линкор «Нельсон» и крейсер «Белфаст»; три эсминца и 129 транспортных судов были потоплены. Устье Темзы было так густо усеяно германскими минами, что были даже разговоры о том, что придется закрыть лондонский порт.
Сперва казалось, что эта проблема решается легко, ибо Королевский флот использовал магнитные мины с 1917 года. В межвоенные годы специалисты адмиралтейства проводили исследования магнитных свойств кораблей, но основной упор делался на борьбу с магнитными торпедами. Разрабатывалось устройство, создающее сильное магнитное поле, которое вызывало бы преждевременный взрыв приближающейся торпеды. Однако количество ученых, занимавшихся этой проблемой, было весьма ограниченным, и их работам всячески препятствовали чины адмиралтейства, считавшие мины, как и подводные лодки, уделом нищих морских держав. С началом войны пришлось стряхнуть пыль с результатов прежних работ. Но выяснилось, что магнитные тралы, успешно обезвреживающие британские мины, подрываются на германских. Это приводило к тому, что тралы постоянно уничтожались, и несколько тральщиков получили серьезные повреждения.
Ночь с 22 на 23 ноября 1939 года была темной и безлунной. Между 9 и 10 часами вечера «Хейнкель-111», следуя вдоль устья Темзы, пролетел на бреющем полете над пирсом Саутэнд. Это был прекрасный ориентир; вероятно, пилотам «Люфтваффе» было предписано использовать его. Расположенный на дальней оконечности пирса пулеметный расчет открыл огонь и увидел, что с самолета было сброшено два парашюта. Немцы, напуганные неожиданно ожившей зенитной точкой, сбросили две бомбы на отмель, обнажающуюся при отливе. Избавившись от груза, «Хейнкель» взмыл вверх.
К сообщению о том, что самолет сбросил парашютистов, с самого начала отнеслись скептически. К полуночи Черчиллю доложили, что, вероятно, появилась возможность изучить новое германское оружие. В половине второго ночи два специалиста, проинструктированные Черчиллем, и первый военно-морской лорд выехали на машине в сторону Шоубернесса, где отлив обнажил мины. В четыре часа утра специалисты под проливным дождем вышли на покрытую илом топкую отмель.
В свете мощного переносного сигнального фонаря они увидели черный алюминиевый цилиндр длиной семь футов и диаметром около двух футов. Специалисты успели лишь закрепить мины, после чего они до вечера скрылись под приливной волной.
На следующий день обладающие стальными нервами минеры с учебного тральщика «Верной» разрядили мину. По счастливой случайности механический предохранитель, взводивший мину, когда она ложилась на дно, не сработал. Его задел один из минеров, переворачивая мину, но к этому моменту она уже была разряжена. После того как из мины удалили взрыватели и бризантный заряд, ее доставили в «немагнитную» лабораторию. Через несколько часов сущность нового оружия была установлена: мина приводилась в действие вертикально направленным магнитным полем; для того чтобы сработать, ей требовалось поле напряженностью около 50 миллигауссов. Значит, угроза магнитных мин оставалась.
В субботу вечером контр-адмирал У. Ф. Уэйк Уокер сообщил сотруднику отдела науки при правительстве Фредерику Брандетту о захвате магнитных мин и сказал, что в понедельник к утру ему понадобятся двенадцать специалистов. Брандетт немедленно отправился на южное побережье лично подбирать людей, обладающих необходимыми техническими знаниями и навыками. Один из инженеров, без которого, по мнению Брандетта, нельзя было обойтись, имел жалованье 2000 фунтов в год, и он пообещал ему столько же. «Как выяснилось, директор отдела научных исследований при правительстве в то время получал около 1700 фунтов в год, и в государственном казначействе мне ответили, что я не смогу назначить рядовому сотруднику большее жалованье. Я ответил, что уже сделал это и человек приступил к работе».
Некоторые эксперименты проводили моряки, таскавшие на тросах игрушечные корабли на «озере каноэ», детском гребном канале в Саутси. Различные предложения по обеспечению противоминной защиты незамедлительно воплощались в жизнь. В частности, одним из методов борьбы с магнитными минами была «дегауссизация», нейтрализовавшая вертикальную составляющую магнитного поля корабля. Траление магнитных мин производилось с "помощью погруженного в воду электрического кабеля (с пропущенным по нему током), который тянул за собой размагниченный корабль. Быстрым способом разминирования полей из магнитных мин являлись бреющие полеты самолетов, в фюзеляже которых были установлены мощные электромагниты.
Однако подобные меры не могли полностью решить проблему. Протраленные с помощью самолетов проходы были узкими и никак не отмеченными. Немецкие летчики действовали нагло: один самолет-амфибия сел на воду у причала в Гарвиче, аккуратно поставил все мины, а затем снова взлетел. Действия германской авиации, ставившие минные заграждения с бреющего полета, потребовали создания новых радиолокационных станций, оборудованных радарами, обнаруживающими низколетящие цели. Когда началась Битва за Британию, эти станции сыграли жизненно важную роль в обнаружении низколетящих бомбардировщиков, которых не замечали старые радары.
Процедура размагничивания корпусов, которую прошли все британские боевые корабли, возможно, спасла некоторые из них — в основном во время кампании в Норвегии — от атак магнитных торпед. Тогда немцы все неудачи списали на неисправности в торпедах, однако никто не может сказать точно, что именно происходило в боевых головках.
Немцам пришла в голову мысль ставить смешанные минные поля из магнитных и якорных мин. Траление таких полей представляло большие трудности. Немцы изменяли полярность срабатывания магнитных детонаторов, чтобы обнаруживать «переразмагниченные» корабли. Специальные предохранители с задержкой взводили мины в боевое положение лишь по прошествии некоторого времени после установки; таким образом, траление какой-то акватории еще не означало отсутствие на ней мин.
Затем последовали акустические мины; их траление осуществлялось с помощью издающих громкий шум «погремушек». Появились мины с двойным взрывателем, срабатывающим лишь при одновременном возникновении шума и магнитного поля. Но к лету 1940 года магнитные мины перестали представлять из себя серьезную опасность.
7 мая 1940 года возникла новая угроза. Морская мина усовершенствованной модели ВМ-1000, предназначенная для установки у побережья Клайда, из-за ошибки пилота самолета упала на холмистый берег в районе Дамбартона. Эти изощренные «бомбы-мины» двойного назначения были оснащены инерционными взрывателями фирмы «Рейнметалл», что позволяло использовать их для борьбы с наземными целями. Попадая в воду глубиной не меньше 24 футов, эти устройства работали как магнитные мины; упав на отмели или мелководье, они самоликвидировались. Эти мины также самоуничтожались (это обеспечивал гидростатический клапан) при ослаблении давления окружающей среды, что происходило, например, при поднятии мины на поверхность воды. И верхом немецкой предусмотрительности было то, что, несмотря на все вышеописанные ухищрения, ВМ-1000 была также оснащена самой хитроумной ловушкой из всех когда-либо созданных. Подсоединенные к детонатору фотоэлементы должны были взорвать мину, если внутрь нее попадет свет. Таким образом, мина взорвалась бы, если бы ее вскрыли саперы. По поразительной счастливой случайности в мине, обнаруженной вблизи Дамбартона, произошла неисправность в электрических цепях.