Со времени основания Печатного двора исправление книг велось по древним рукописям, имевшимся в монастырских библиотеках. Это были старославянские книги "добрых переводов". Начиная с середины XVII века для исправления текстов стали привлекать греческие источники. Для обучения справщиков греческому языку в Москве была открыта специальная школа греческого учения, а для преподавания в ней были приглашены учителя Киево–Братского училища Арсений Сатановский и Епифаний Славинецкий. В результате их работы в 1650 г. вышел "Шестоднев" — первая книга, исправленная не только по славянским спискам, но и по греческому тексту. С этого времени русские переводы делались по греческим образцам. Таковыми были "Апостол" (1679), "Устав" (1682), "Минея месячная" (1683).

В своей работе справщики пользовались типографской библиотекой для наведения различных справок. Ежегодно Печатный двор покупал в монастырях, церквах и у частных лиц книги для своей библиотеки. В некоторых случаях, когда книги имелись в единичных экземплярах, с них списывали копии специально для типографской библиотеки. Немало книг было приобретено из домашних библиотек, некоторые книги поступали в дар и в качестве пожертвований.

Для пополнения типографской библиотеки книгами восточных иерархов на Афон была отправлена экспедиция во главе со старцем Арсением (Сухановым), который привез около пятисот рукописей. По свидетельству его современника Сильвестра Медведева — справщика Печатного двора и автора богословских сочинений, книги не проверялись по древнегреческим и славянским рукописям, а копировались с новопечатных "венецианских" изданий. От этого ошибки не только не исправлялись, но и множились. Власти нетерпимо относились к книгам, поступавшим из Белоруссии и Украины, где широко обращались книги светской тематики, например, "Театрум света всего", или, так называемые "летучие листки", в которых преобладали сенсационные, курьезные сообщения. Настороженное отношение вызывали книги и информация, поступавшая из‑за рубежа. Ситуация осложнилась в связи с оппозиционными настроениями старообрядцев. В 1682 г. они потребовали публичного диспута "об истинности" книг и обвинили справщиков типографии и патриарха в нерадивом отношении к печатным книгам. В результате в народе появилось недоверие к изданиям Печатного двора, и многие предпочитали иметь одну старую книгу, нежели несколько новых. Церковь ревностно относилась к справе богослужебных текстов и неоднократно издавала указы, запрещающие обращение недозволенных или неодобренных книг. Официальная церковь напечатала сочинение "Жезл правления", направленное против раскола. Правительство постоянно усиливало карательные меры и снаряжало экспедиции по изъятию "ложных" сочинений, регулярно принимало постановления. Одно из них гласило: "На Москве всяких чинов люди пишут в тетрадях и на листах, и в столбцах выписки, именуя их из книг Божественного писания, и в тех письмах, на преданныя святой церкви книги является многая ложь". Для борьбы с антиправительственной литературой были уничтожены старые гравировальные доски и заменены новыми, где на каждом рисунке вверху изображался крест, с помощью которого различались книги старой и новой печати.

Параллельно с тиражируемыми массовыми произведениями в XVII веке создаются роскошные единичные экземпляры печатных рукописных книг, предназначенных лицам царской фамилии и знати. Для этой цели существовала книгописная мастерская Посольского приказа, а в 1679 г. была создана царская типография С. Полоцкого. Симеон Полоцкий (в миру Самуил Емельянович Петровский Ситнианович, 1629–1680) прибыл в Москву по приглашению царя Алексея Михайловича в качестве учителя царских детей. В 1679 г. он открыл типографию, которая выпускала светские книги, неподвластные церковной цензуре. Типография получила название "Верхней", так как помещалась в верхних покоях царского дворца. Для её оснащения с Печатного двора было велено "отпускать всякие книжные припасы". Согласно царскому указу было взято 26 пудов отлитых шрифтов, переведено 24 человека мастеровых. Симеон Полоцкий самостоятельно формировал издательский репертуар, сам сочинял произведения для печати. Его типография действовала в условиях относительной финансовой свободы. Это позволяло ему выпускать книги, тематика которых отличалась от тех, что имелись на Печатном дворе.

Производительность типографии за четыре года её существования была невелика — всего семь книг исторического, математического, медицинского содержания: "Букварь языка словенска" (1680), "Тестамент, или Завет Василия царя греческого" (1680), "Псалтырь рифмотворная" (1680), "История о Варлааме и Иоасафе" (1681), "Обед душевный" (1681), "Считание удобное" (1682). Последняя книга — "Вечерня душевная" (1683) — была напечатана уже после смерти С. Полоцкого его учеником Сильвестром Медведевым. Эти книги предназначались для домашнего чтения и являлись образцами нравственно–познавательной литературы. Книги С. Полоцкого оказали важное влияние на формирование мировоззрения молодого поколения царедворцев, воспитали в них реформаторские взгляды, проявившиеся в начале следующего XVIII столетия.

После кончины С. Полоцкого типография стала безнадзорной, и власти настояли на её закрытии. Оборудование было свезено на Печатный двор, а печатное дело вновь сосредоточилось исключительно в руках государства и всецело попало под влияние церкви.

Религиозное мировоззрение, главенствующее в умах русских людей, обеспечивало доминирующее положение церкви в производстве и распространении книг. Отсюда преобладание литературы церковно–догматического и духовно–нравственного содержания. Знание книг, чтение текстов, прослушивание их на литургиях являлось неотъемлемой частью жизни людей, а недостающие сведения светского содержания восполнялись рукописной книгой. Вместе с тем на протяжении нескольких десятилетий шел процесс проникновения в церковную книгу элементов светскости, что выразилось в появлении первых печатных книг светской тематики, привнесенных украинской и белорусской книжными культурами. Это были первые азбуки, учебные псалтыри, сборники поучительных чтений на год (прологи), календари. Многие из этих книг переиздавались неоднократно. Так, например, Псалтырь на протяжении XVII века выпускалась 44 раза, Часовник — 27 раз, Азбука — 8 раз. Всего за столетие было напечатано 750 названий книг, из них в первой половине века 27 процентов от общего количества. На долю литургических текстов, предназначенных для богослужения, приходится около 85 процентов. Сюда входят служебники, требники, октоихи, триоди, шестодневы.

Появление первых светских книг потребовало иного подхода мастеров к изготовлению изданий, выработке новых форм организационного и творческого характера. Создатели книг впервые знакомились с новыми приемами и способами конструирования книги, её оформления. Привнесение западноевропейской книги на русскую почву побуждало печатников и организаторов производства печатной продукции искать новые решения и новые подходы к формированию облика книги. Не случайно XVII век — это век зарождения "типографского художества", когда приемы старых русских мастеров сочетаются с элементами новаторства.

Наряду с титульным листом, привнесенным украинской книжной культурой, появляется наборный орнамент. Вместе с тем убранство московских книг отличается большей скромностью и простотой. Наметились тенденции и к переменам в издательском репертуаре типографии. В 1630–е годы Василий Федорович Бурцов–Протопопов, "азбучного дела подьячий", начал работу над своей первой "Азбукой". В качестве образца он взял "Азбуку" Ивана Федорова и перепечатал её с небольшими изменениями в 1634 г. Спустя несколько лет, в 1637 г. вышло второе издание этой книги. Она замечательна тем, что в ней дан принципиально новый подход к подаче материала. Текст сопровождается иллюстрациями, среди которых наиболее интересен ксилографический фронтиспис с изображением светского училища. В книге помещены публицистические стихотворные наставления: