После взятия и разграбления Момбасы Алмейда с попутным ветром проследовал в Индию. 13 сентября 1505 г. его флот достиг острова Анджедива. Там богатая добыча, захваченная в Момбасе, была в соответствии с действовавшим «морским кодексом» распределена между капитанами, моряками и солдатами. 22 октября флот Алмейды прибыл в Кананор. Королевский фейтор в этом городе Гонсалу Жил Барбоза настаивал на безотлагательном строительстве крепости, поскольку местный раджа без португальской поддержки был не в состоянии воспрепятствовать активной деятельности многочисленных мусульманских торговцев. К этому времени под властью мусульман находились Гуджарат, Дели, Берар, Биджадапур и великая империя Видждайанагар со столицей в Хампе.

В Кананоре Алмейду посетил посол индийского государства Нар-синга, которое препятствовало мусульманским завоевателям захватить юг Индии. Посол предложил Алмейде заключить союз против мусульман. После своей 150-летней борьбы против ислама Нарсинга видело в прибывших в Индию христианах естественных союзников. Адмирал быстро оценил важность миссии посла Нарсинги и решил принять его по-королевски. С этой целью он даже решил досрочно принять титул вице-короля Индии, хотя согласно королевской инструкции должен был сделать это лишь после завершения строительства трех крепостей (в Кананоре, Кочине и Коулане).

На борту адмиральского корабля в честь посла был устроен роскошный прием. Палуба была устлана дорогими коврами, мачты увешаны бриллиантами и красивыми тканями из Фландрии. Все капитаны сошли на берег для торжественной встречи посла, а Алмейда приветствовал его на палубе корабля. Они подписали договор о дружбе и взаимной защите. По этому договору от имени императора Нарсинги португальцам было дано право строить крепости в его портах.

1 октября 1505 г. от имени короля Мануэла был коронован и получил богатые подарки раджа Кочина.

Таким образом, на первых порах дела в Индии складывались благоприятно для португальцев. Однако в 1506—1507 гг. у них возникли большие трудности. Произвол и насилия, чинимые португальскими колонизаторами в отношении мусульманских купцов и местного населения, не могли не вызвать конфликт. Когда Алмейда прибыл в Индию, Кананор был настроен дружественно к португальцам. Однако действия португальских капитанов и чиновников породили враждебность местного населения. Гонсалу Важ де Гоиш ограбил и потопил мусульманское судно, вышедшее из Кананора, хотя оно получило от португальских властей лицензию на торговлю. В ответ на это разгневанные мусульманские купцы уговорили раджу Кананора атаковать португальскую крепость. Осада продолжалась четыре месяца, и лишь прибытие флота Триштана да Куньи спасло осаженных от истребления. Защитникам крепости очень помог также артиллерист из Антверпена Р. Гельдерс, которого хорошо знал знаменитый хронист Д. Гоиш, живший с ним по соседству в Антверпене.

Понимая, что не сможет добиться успеха в войне с португальцами, раджа Кананора решил заключить мирный договор с Португалией в присутствии Триштана да Куньи.

Попытка изгнания португальцев из Кананора во второй декаде XVI в. совпала с периодом, когда они достигли апогея могущества, причем кульминацией их успехов стала Индия. На Малабарском побережье португальцы уже владели крепостями в Кочине и Кананоре, а также факторией в Коулане.

Это была эпоха наивысшего подъема Португальской империи. Став владычицей Востока и Бразилии, Португалия в то же время возвысилась и в Европе. До европейцев доходили новости о великих экспедициях и завоеваниях Португалии, которые распространялись в «опускулаш» (газетах того времени).

В это время Алмейда получил информацию о том, что египетский султан Аль-Гури разработал план получения специй окольным путем. Предполагалось везти их с Молуккских островов, обогнуть юг Индии через Мальдивы и оттуда подняться к Красному морю.

Для того чтобы воспрепятствовать реализации этого плана, вице-король отправил флот под командованием своего сына Лоуренсу, который должен был заблокировать для мусульманских купцов морской путь к югу от Индии. В ходе этой военной экспедиции португальцы открыли остров Цейлон (Шри-Ланка). В этой экспедиции участвовал Ф. Магеллан, которому суждено было прославиться благодаря первому кругосветному путешествию.

С этого времени Ф. Алмейда сконцентрировал свои усилия на подготовке к отражению нападения мамлюкско-турецко-гуджаратской коалиции.

В ноябре 1507 г. у Понане (между Каликутом и Кочином) произошло морское сражение. Португальцы загружали свои корабли специями в Кочине, когда Ф. Алмейда получил информацию о том, что мусульманские торговцы из Каира и Каликута делают то же самое в Понане под руководством своего храброго флотоводца и блестящего лоцмана Кутиали. Ф. Алмейда приказал кораблям Триштана да Куньи соединиться с кораблями Лоуренсу де Алмейды, и, когда они подошли к Понане, объединенный флот был поставлен под общее командование юного адмирала — сына вице-короля. Несмотря на отчаянную храбрость и упорное сопротивление мусульман, техническое превосходство португальского флота принесло ему победу (португальский гуманист XVI в. Озориу восхваляет умелую тактику и стратегию юного адмирала). Объединенные эскадры Египта и Каликута были потоплены в порту Понане. Специи, подготовленные на берегу для погрузки, были уничтожены, но солдатам не было позволено грабить город, так как в нем жили не мусульмане, а индусы.

Эта битва была подробно описана ее участником, странствующим итальянцем Людовико ди Вартема, который за проявленную в ней храбрость был возведен в дворянское звание.

Вартема был уникальным путешественником, странствовавшим по миру только из «любопытства». Когда он прибыл в Аден, арабы обвинили его в том, что он шпион христиан, и хотели убить. Вартему спасло лишь то, что он принял ислам. Это дало ему возможность посетить Мекку и пересечь внутреннюю Аравию.

Между тем мусульманский флот, вышедший из Адена в августе 1507 г., прибыл в Индию и был там усилен гуджаратскими кораблями под командованием Малика Айза.

В феврале 1508 г. в порту Чаул (в 40 км к югу от Бомбея) произошло одно из самых важных морских сражений в истории войн на море, ставшее трагедией для Португалии. В этой битве, подробно описанной несколькими хронистами, португальский флот под командованием Лоуренсу де Алмейды сражался с мамлюкско-гуджаратской эскадрой под командованием эмира Хусейна. Накануне битвы вице-король Ф. Алмейда послал своего сына с 8 судами конвоировать вдоль индийского берега корабли со специями из Кочина. Когда Лоуренсу приблизился к Чаулу, ему сообщили, что около этого порта наблюдается большое скопление вражеских судов. Это предупреждение было подтверждено посланием от его отца, содержавшим ту же информацию, которое привез Перу Кан. Однако Лоуренсу де Алмейда не придал значения предупреждениям, поскольку недооценил сложность ситуации. Он не знал, что у Чаула сконцентрировалась могучая объединенная эскадра, состоявшая из флотов Египта, Камбея, Каликута и Гуджарата.

Командовавший этой эскадрой эмир Хусейн решил атаковать флот Лоуренсу внезапно своими тремя эскадрами с базы в Диу. Авангард мусульманского флота был уже в зоне видимости, когда Лоуренсу начал маневрировать и перестраивать свои корабли в боевой порядок. Все свои надежды он возлагал на ожидавшееся прибытие из Ормуза эскадры Афонсу де Албукерки.

Первые же артиллерийские залпы мусульман вывели из строя адмиральский корабль и ранили самого Лоуренсу де Алмейду.

Португальцы заметили, что среди артиллеристов на мусульманских судах были греки и итальянцы — вероятно, бывшие христианские солдаты, взятые в плен мамлюками.

Португальцы сражались с удивительным упорством и отчаянной храбростью. Одной из первых жертв их артиллерии стал мусульманский военачальник Маимане Маркар из Каликута (он был послом са-морина Каликута к султану аль-Гури, уговаривавшим его создать коалицию из флотов Египта, Камбея и Каликута).

Хотя морское сражение продолжалось два дня, португальцы так и не смогли оправиться от первой внезапной атаки эмира Хусейна. Лоуренсу был ранен четыре раза. Обливаясь кровью, он продолжал руководить битвой. В конце концов адмиральский корабль вместе с юным адмиралом на борту пошел ко дну, а остальные португальские суда отступили и взяли курс на Кананор.