Нуну да Кунья энергично приступил к строительству форта, которое было закончено в 1536 г. Форт был поставлен под командование Мануэла де Соуза с гарнизоном в 900 солдат и 60 больших пушек.

После завершения строительства крепости в Диу португальцы почувствовали себя гораздо увереннее и начали вести себя в Индии нагло и бесцеремонно. Они вмешались в войну между раджами Каликута и Кочина в 1536 г. на стороне Кочина. В Диу была построена церковь Св. Фомы, которая в 1544 г. была превращена в собор Кастелу.

Такие действия португальских колонизаторов вызвали крайнее недовольство и возмущение Бахадур-шаха, который чувствовал, что его суверенитет ущемляется и попирается захватчиками. Сожалея об уступках, предоставленных португальцам, он решил избавиться от чужеземного ига и призвал правителей Малабара изгнать португальцев из Индии. Одновременно с просьбой о помощи он обратился к турецкому султану Сулейману I Великолепному, и тот немедленно ответил согласием. В марте 1537 г. португальцы заманили Бахадур-шаха в западню в Дели, где он был убит.

В середине XVI в. вокруг португальских крепостей жили группы женатых португальцев, однако они не были достаточно защищены в военном отношении. Поэтому вице-король Константину де Браганса послал из Гоа флот и солдат, чтобы укрепить Малабарское побережье.

Этот вице-король пытался решить проблемы Малабара, назначая требовательных и строгих комендантов крепостей. Это привело к серьезным конфликтам с местными правителями, которые прежде имели хорошие отношения с португальцами. Так, новый комендант крепости Кананора вскоре вступил в конфликт с раджой, в результате чего вспыхнули мусульманские волнения. С этого времени начались так называемые «малабарские войны», продолжавшиеся почти до конца правления Константину. В ходе этих войн был убит инспектор финансов, прибывший в Кочин для погрузки корабля. Восстание охватило огромную территорию от Дели до мыса Коморин. Португальцам удалось подавить это широкомасштабное восстание мусульман только после того, как они подтянули к Малабарскому побережью свои военные суда из Китая, Молукк, Малакки, Бенгелы и других мест.

Малабарские монархи, за исключением саморина Каликута, в ходе восстания сохраняли нейтралитет и ограничились тем, что наблюдали за военными действиями между португальцами и маврами. Ситуация мало изменилась и после того, как в 1561 г. Константину де Браганса уступил пост вице-короля графу Франсиску Коутинью. Самое крупное восстание мусульман имело место в 1571 г., когда они овладели крепостью в Чауле.

В 1567 г. португальские колониальные власти запретили маврам и «неверным» плавать на португальских военных судах. Было запрещено также продавать им корабли и оружие, которое могло быть использовано против христиан. Предписывалось также установить строжайший контроль над селитрой, ввозимой в крепости для изготовления пороха, поскольку она могла попасть в руки «неверных».

К середине XVI в. португальцы убедились в том, что их крепости не в состоянии решить существующие проблемы.

В начале 60-х гг. XVI в. появилась идея разделить огромные португальские владения в Индии на три административных района, чтобы легче было ими управлять. Но вскоре пришлось отказаться от этой идеи, так как между администраторами постоянно возникали трения. Мини-войны, ставшие в Индии обычным делом, вынуждали комендантов крепостей заключать договоры с индийскими раджами, поскольку вице-короли уже были не в состоянии осуществлять контроль над всей территорией.

Португальцы впервые появились на Цейлоне в 1505 г., ровно через семь лет после того, как Васко да Гама высадился на западном берегу Индии. По прибытии они установили контакты с королем Котте — самым могущественным государством Цейлона.

Португальцы имели две цели — сооружение опорных военных фортов и вывоз пряностей и других товаров.

В 1518 г. эскадра из 17 кораблей под командованием вице-короля Лопу Соариша де Албергариа прибыла на Цейлон и с разрешения короля Котте, согласившегося стать вассалом и данником короля Португалии, построила там форт Коломбо, вскоре превратившийся в опорную и торговую базу на Цейлоне.

Короля Котте приперли к стенке, и ему пришлось «добровольно-принудительно» платить королю Португалии ежегодную дань (400 мешков корицы и 100 слонов).

В 1521 г. на Цейлоне вспыхнуло восстание, окончившееся убийством короля. На троне оказался его старший сын Бхуванайка. Но два его брата возглавили маленькие государства, причем один из них — Майадуне — обосновался в Ситавака, в 30 милях от Коломбо. Между тремя братьями, как это часто бывает, разразилась междоусобная война.

Чтобы удержаться у власти, Бхуванайка вынужден был «бить челом» перед португальцами, нижайше прося у них помощи. А Майадуне обратился за помощью к злейшему врагу португальцев — правителю Каликута. В последнее время Майадуне постоянно прибегал к помощи военно-морских сил Каликута, в то время как Бхуванайка знал, что мог рассчитывать на помощь португальских эскадр. В то же время Бхуванайка сохранял определенную степень независимости и не стал португальской марионеткой. Это видно из того, что он отказался принять христианство.

По странной иронии судьбы присутствие в Ситавака Майадуне — союзника саморина помогало ему сохранять свои позиции, так как он действовал в соответствии с заветом Бисмарка: «Угрожать союзом с врагом, чтобы сдерживать португальских друзей».

К 1540 г. португальцам удалось установить политический и военный контроль над Цейлоном. Но этого им было мало. Им был нужен идеологический контроль. Страна наполнилась католическими миссионерами, которые начали бешеную охоту за душами «погрязших в ложных религиях» цейлонцев. И конечно же, в первую очередь их интересовала душа короля Бхуванайки. Перед миссионерами поставлена задача номер один — обратить его в католическую веру. И вот монах Жуан пишет вице-королю 4 октября 1545 г.: «Король Котте, по своему обыкновению, с почтением принял вашего посла. Посол заверил его в дружбе нашего короля и португальцев и сказал ему, что он должен стать христианином. Он ответил, что всегда будет верен нашему королю, но, что касается его религии, он никогда не покинет ее».

В письме Андре де Соуза принцу Энрики от 15 ноября 1545 г. читаем: «Когда я был на Цейлоне, я вместе с двумя монахами-францисканцами долгое время убеждал сына короля Цейлона стать христианином. Я сумел повлиять на него и собирался вместе с ним плыть в Гоа, чтобы сделать его христианином, когда король услышал об этом и вероломно предал сына смерти. Когда тот был мертв, король приказал его кремировать со всеми почестями в соответствии с их обычаями <…> После этого король хотел убить и двух младших сыновей и меня вместе с ними. Но меня об этом предупредили. Я укрылся в церкви вместе с ними и с 40 или 50 португальцами и многими христианами, которые были в стране. И там я сделал сыновей короля христианами, что очень разгневало отца. Я уехал вместе с ними в Индию».

Причины, по которым Бхуванайка не хотел стать христианином, он изложил в письме к вице-королю от 12 ноября 1545 г. Он пишет: «Причина, по которой я не хочу, чтобы мои люди становились христианами, состоит в том, что они становятся ими, только когда убивают, грабят или совершают другие преступления <…> Они становятся тогда христианами из-за страха, после чего не желают платить мне пошлины и налоги <…> Я направил посла (в Лиссабон), чтобы укреплялась наша дружба, а не для того, чтобы стать христианином».

Ответ, который Бхуванайка прислал на предложение стать христианином, был тверд и категоричен: «Никогда в мою голову не приходила такая мысль, и я не могу быть христианином <… > Никто, будь он великим или маленьким, не зовет “отцом” никого, кроме своего собственного отца, и я не могу верить в другого Бога, кроме моего собственного».

Фактически то же самое он написал в письме к королю Жуану III 7 декабря 1548 г.: «Ваше Величество пишет мне, что Вы недовольны мною, ибо мой посол, будучи в Королевстве, сказал Вам, что я собираюсь стать христианином. Такое заявление я не делал <…> В этом мире существуют и Ваша дружба, и мой Бог».