Только в Диу коренное население пользовалось правом сохранять и реставрировать свои храмы, но не строить новых. Причиной этого исключения послужило то, что торговцы Диу оказали большую помощь иезуиту Афонсу Мендишу, патриарху Эфиопии, когда он был изгнан из Эфиопии и заключен в тюрьму турками. Против этой привилегии неоднократно возражали наиболее фанатичные клирики, но все же она не была отменена.

Охота за душами индийцев, или, иначе говоря, христианизация местного населения, проводилась далеко не мирными способами. В отношении строптивых и упертых, не желавших становиться христианами, благочестивые отцы иезуиты применяли жесткие репрессивные меры, в выдумывании которых они проявляли поразительную изобретательность. Этих непокорных упрямцев лишали всех гражданских и политических прав. Им запрещалось занимать официальные должности, они даже не имели права входить в состав деревенского совета.

Все нехристиане должны были носить особую одежду. Им запрещалось ездить на лошадях и пользоваться зонтиками. Архиепископ мог в любой момент изгнать с территории Гоа любого нехристианина.

В апреле 1545 г. Шавьер отплыл в Кочин, откуда перебрался в Негапатам, затем в Мелиапур и в сентябре того же года в Малакку. Всюду он учреждал иезуитские коллегии на деньги, вырученные от продажи имущества убитых или сожженных еретиков.

В 1549 г. он встретился в Малакке с одним японцем, который сумел возбудить его благочестивые мысли и воспламенить богатое воображение рассказами о Японии. Шавьер принимает решение отправиться туда, чтобы вызволить несчастных японцев из духовного плена ложных языческих религий и сделать их возлюбленными чадами Иисуса Христа. В апреле 1549 г. Шавьер с двумя иезуитами и тремя японцами отплыл из Гоа, взяв курс на Японию. После того как они осчастливили христианством и спасли там множество заблудших душ, 22 ноября 1551 г. Шавьер отплыл в Индию. Прибыв в середине февраля 1552 г. в Гоа, он стал требовать, чтобы вице-король послал в Пекин посольство, в составе которого он надеялся пробраться в Китай. Вице-король долго не соглашался, но в конце концов Шавьер его уломал. Посольство во главе с одним купцом, который был не прочь закупить китайские товары, отплыло из Гоа 14 апреля 1552 г. Пикантность ситуации заключалась в том, что в это время въезд иностранцам в Китай был строго запрещен. Однако для многоопытного и изобретательного Шавьера поистине не было такой крепости, которой бы он не мог взять! Он исхитрился в августе 1552 г. на маленькой джонке тайно пробраться на китайский остров Санчоан. Там он вступил в переговоры с одним китайским купцом, который согласился в обмен на порох помочь ему проникнуть в Поднебесную. Но человек предполагает, а Бог располагает. Шавьеру не суждено было покинуть остров Санчоан. Внезапно он заболел тропической лихорадкой и умер 3 декабря 1552 г. 46 лет от роду. Деятельность преемников Шавьера представляет не меньший интерес. В Азии он проложил путь христианству основанием на всех завоеванных португальцами территориях коллегий, резиденций и миссий. Его преемники значительно приумножили число этих заведений. Они не только строили новые церкви и коллегии. Речь шла о настоящих миссионерских базах, а образцом для них стала коллегия Св. Павла в Гоа. Иезуиты обосновались во всех городах Малабара, где португальцы построили крепости, причем они почти всегда обосновывались в домах, построенных раньше членами других орденов.

Иезуит Николау Лансилото, основатель колледжа Богоматери в Кочине, построил в начале 1550-х гг. другой колледж в Коулане. Это дало импульс к открытию новых колледжей, которые росли как грибы и заполнили все малабарское побережье.

Колледж в Коулане имел ту особенность, что в него принимали детей, окончивших начальную школу и уже знакомых с основами грамоты.

Переход к более высоким ступеням образования предполагал наличие учебных заведений, имеющих преподавателей, способных обеспечить соответствующее образование. Переезд из Пуникале в Коулан предоставлялся тем, кто обнаружил способности к получению знаний и к карьере священника. Но учеба в колледже в Коулане вовсе не означала, что его учащиеся обязательно станут священниками.

Вследствие скудности сохранившихся источников неизвестно, какие дисциплины преподавались в колледже Сан-Салвадор в Коулане, а также уровень знаний и род деятельности его выпускников.

Кроме колледжа в Коулане была еще школа, в которой учили читать и писать, основанная в 1566 г. иезуитом Луишем де Гоувейей.

Колледжами Малабара руководил ректор, ставивший каждому колледжу определенную задачу.

Только в Кочин с 1541 по 1560 г. прибыли 65 иезуитов. Большинство из них были отправлены в другие районы Индии.

В колледже Богоматери в Кочине в 1557 г. был следующий персонал: ректор, профессор Родригеш, три священника (один из них изучал местные языки) и аббат. Согласно документу 1559 г., профессор Родригеш преподавал литературу, христианскую доктрину и обычаи. Этот колледж имел самый многочисленный персонал в Малабаре. Колледж в Коулане имел в 1562 г. всего лишь двух священников и двух аббатов.

Там, где иезуиты имели колледжи, их деятельность была более разнообразной, чем в глубинке, где она ограничивалась лишь проповедями и обращениями в христианство. В колледжах было больше развлечений: там ставились своего рода театральные шоу, использовались изображения яслей, в которых родился младенец Христос, и т.п. В Рождество и на Пасху устраивались празднества. Организовывались выставки, на которых демонстрировались достижения ордена в обучении детей.

Программа деятельности миссионеров включала в себя также духовное просвещение заключенных и больных в госпиталях.

Иезуиты вмешивались почти во все сферы общественной жизни, участвуя в принятии решений, касающихся не только религиозных, но и политических вопросов. В вопросах правосудия они соблюдали осторожность, в совершенстве знали гражданское и каноническое право, а несколько дел, связанных с ересью, передали на суд Святой инквизиции.

Расписание иезуита было очень строгим и жестким. Он вставал в 4.30, пел в хоре до 5.30. Через 15 минут все иезуиты слушали мессу, после чего шли преподавать. Уроки продолжались до 9.00, потом они шли на исповедь, продолжавшуюся до 13.00. После этого они отдыхали, после чего все вместе молились и читали Библию. В 17.00 они ужинали, затем снова вели уроки.

Описанные модели были характерны для главных иезуитских колледжей в Малабаре. Однако встречались и другие варианты, например в колледже Сан-Салвадор в Колуане и в миссиях вдоль южного побережья до мыса Коморин. На этом побережье иезуиты действовали в 24 поселениях и 16 церквях, проводя миссионерскую работу более интенсивную, чем иезуиты колледжа Богоматери в Кочине. Этот колледж считался главным в провинции Малабар, и приказы его ректора были обязательными для всех колледжей.

Торговля слоновой костью привела португальские корабли в эстуаторию Замбези, в результате чего резко возрос спрос на продукты, производимые местным населением. К тому же существовал сухопутный торговый путь между островом Мозамбик и Замбези, который действовал еще в 1645 г., когда отец Гомиш написал о прибрежной долине севернее Келимане, что «она полна больших деревень, кафры (хотя и примитивные) гостеприимно принимают португальцев, принося им кур, рис и все то лучшее, что у них есть».

Это относительное процветание, судя по всему, привело к переселению большого числа людей из внутренних в прибрежные районы.

Мирные культурные и торговые контакты между макуаговорящими народами, мусульманами и португальскими приморскими общинами были насильственно прерваны в середине XVI в. сильнейшей засухой, которая вызывала миграции населения, принявшие форму вторжения, опустошения и завоевания территории макуа народом из хинтерланда.

Этим народом были монгас. Сантуш описывает монгас как «черных язычников, очень храбрых и самых воинственных из всех племен, которые жили тогда на этих реках, и поэтому они доставили великие трудности нашим завоевателям, с которыми у них было множество битв». По мнению некоторых исследователей, монгас были предками народности шона.