В упорядочении и унификации работы органов управления на местах и их связи с центром большую роль сыграло принятие Судебника 1497 г., который не только распространил действие ряда правовых норм (например, о порядке крестьянских переходов) на всю территорию государства, положив тем самым начало унификации права, но и определил общий порядок судопроизводства (прежде всего по уголовным делам) и единые размеры судебных пошлин. В 30-й статье памятника определялись размеры расходов судебного пристава по доставке в Москву обвиняемых из Одоева, Холмогор, Нижнего Новгорода и многих других русских городов — ощутимое доказательство того, что Москва уже к концу XV в. стала реальным центром управления всей территорией России.
Ликвидация особых княжеских «дворов» в отдельных землях и образование единого великокняжеского двора вели к тому, что дети боярские из разных ранее разобщенных земель стали получать административные назначения и «кормления» на разных территориях Русского государства. Местом, где делались такие назначения, также стала Москва. В новых условиях оказалась совершенно недостаточной традиционная система управления, восходившая к порядкам домонгольской Руси.
Формирование чиновничества. Установление системы связей между центром и местными органами управления, осуществление контроля за их деятельностью, практика «доклада» наиболее важных дел в Москву — все это вызвало объективную необходимость уже в последние десятилетия XV в. вести обширную письменную документацию, что послужило толчком для расширения размеров и увеличения значимости в общественной жизни такой группы древнерусского общества, как чиновничество. Появление первых чиновников — служащих княжеской канцелярии, изготовлявших выходившие из нее документы, относится еще к эпохе раннего Средневековья. Везде в Европе такими первыми сотрудниками княжеской канцелярии были, как правило, духовные лица, как люди наиболее грамотные и владевшие искусством письма. Наименование древнерусского чиновника XIV–XVI вв. термином «дьяк» (соответственно его подчиненный — подьячий), обозначавшим обычно низшего церковного служителя, говорит о том, что первоначально так же обстояло дело и на Руси. Еще в XIII в. «печатником» (главой княжеской канцелярии, который скреплял печатью выходившие оттуда документы) Дмитрия Донского был священник Михаил-Митяй. В то время круг лиц, работавших в канцелярии, был невелик, многие дела решались устно, без составления документов. К XV в. и облик чиновников, и их место в обществе заметно изменились. К этому времени в великокняжеской канцелярии уже не было никаких духовных лиц. Дьяки XV в. (и более позднего времени) — это светские лица, чаще всего — выходцы из «добрых» семей детей боярских (лишь финансовое ведомство — Казна — по понятным причинам пополнялась членами купеческих фамилий). Дьяки XV в. уже не только выдавали жалованные грамоты, но и вели записи судебных разбирательств и судебных решений, часто посылавшихся на рассмотрение в более высокие инстанции, в их руках находилась и обширная переписка между провинцией и центром. Главной фигурой в аппарате управления, от которой зависело принятие решений, был светский сановник — боярин, наместник или воевода, но оформление этих решений и их передача на места были делом дьяков и подьячих.
Реформы налогообложения. Усилению роли чиновничества в общественной жизни способствовал и ряд преобразований, осуществленных государственной властью во второй половине XV в. От своих предшественников великие князья московские унаследовали системы обложения, сильно отличавшиеся в разных землях; сам сбор налогов основывался на весьма приблизительной общей оценке объектов обложения — проводившиеся описания были связаны с необходимостью уплаты «выхода» в Орду и представляли собой поголовную перепись населения («царев выход по описи по людем»). Уже в середине XV в. великокняжеская власть стала проводить такие описания, руководствуясь собственными целями.
О широком распространении этой практики уже в княжение Василия II говорят постоянные упоминания «писменных людей» в жалованных грамотах этого правителя. Известны и упоминания в источниках рубежа XV–XVI вв. податного описания Костромского уезда 1464/1465 гг. Из упоминаний следует, что объектом обложения были теперь не люди, а земля. Окончательное установление новой системы обложения было связано с проведением так называемых писцовых описаний, охвативших в 80—90-х гт. XV в. основную часть территории Русского государства. Проведение описаний сопровождалось прежде всего унификацией системы обложения. В летописной записи о посылке в 1491 г. писцов для описания Тверской земли отмечено, что они были отправлены «Тферские земли писати по-московски в сохи». Кроме того, описание сопровождалось определением размеров пахотной земли и сенокосов, от чего зависела величина налоговых ставок. Установленная в это время система обложения без больших изменений действовала до середины XVI в. В системе обложения денежные поступления еще не занимали главного места; не меньшее значение имели натуральные поставки и отработочные повинности разного рода. Описания сопровождались проверкой прав на землю и установлением точных границ владений, что сопровождалось разбирательством многочисленных поземельных споров. Все это требовало составления обширной и многообразной документации, что было делом сопровождавших писцов дьяков и подьячих.
Проведение описаний, точный учет размеров обработанной земли, облагавшейся налогами, способствовали притоку средств в великокняжескую казну. Увеличению источников поступлений способствовали и некоторые другие меры, проведенные великокняжеской властью в конце XV в. Так, к концу XV в. были фактически отменены податные привилегии (и до этого достаточно скромные) основной массы светских землевладельцев. Они сохранили судебно-административную власть над зависимыми крестьянами, но освобождения от налогов их владениям перестали предоставляться. Нельзя исключить, что некоторые представители правящей верхушки продолжали пользоваться освобождениями от налогов, но таких не могло быть много, так как даже владения бывших самостоятельных «государей» стали привлекаться к уплате налогов и отбыванию повинностей: так, крестьяне во владениях князей Пенковых — потомков последнего ярославского князя Александра Федоровича — уже в 20-х гг. XVI в. привлекались к отбыванию ямской повинности. Были сильно урезаны и податные привилегии церкви (за исключением некоторых почитаемых обителей). Например, владения митрополичьего дома, в конце XIV в. свободные от уплаты каких-либо налогов, после выдачи Иваном III жалованных грамот в 1504 г. утратили почти все свои податные привилегии. Все эти факты свидетельствовали не только о росте государственных доходов, но и об усилении позиции государственной власти по отношению и к духовенству, и к сословию светских феодалов.
Создание системы условного (поместного) землевладения. Усиление зависимости светских землевладельцев от великокняжеской власти было связано также с появлением и распространением именно в конце XV в. новой формы землевладения бояр и детей боярских. Именно в это время Иван III раздал своим детям боярским значительную часть конфискованных в Новгороде земель (около 36 % всего земельного фонда), но как условные владения, получившие именно в это время название «поместий». Переданным помещику владением с крестьянами он мог пользоваться лишь до тех пор, пока исправно нес военную службу великому князю, в случае неявки на службу или неспособности ее выполнять (по старости или по болезни) поместье могло быть у него отобрано. Поместье было собственностью государства, а не помещика, помещик не мог передать его своим наследникам, продать или дать вкладом в монастырь. Переданную ему государственную собственность он должен был содержать в хорошем состоянии и за нанесенный ей ущерб мог понести наказание («а доспеет пусто… от великого князя в том быть ему в опале»). В писцовых книгах подробно перечислялись повинности крестьян по отношению к помещику, очевидно, помещик не имел права изменять их по своему усмотрению.