Нарастание напряженности в отношениях между верхами и низами новгородского общества нашло свое проявление в волнениях, вспыхнувших в Новгороде в 1418 г. Волнения начались с нападения простых людей на своего «злодея» — боярина Данила Божина, в нападении участвовали даже обиженные им женщины. Избитого боярина сбросили с моста. Во время волнений их участники «много разграбиша дворов боярскых», был разграблен и монастырь Св. Николы на поле со словами: «Зде житнице боярьскыи».
Реформы государственных институтов. Установление режима боярской олигархии. Именно нарастание такого внутреннего антагонизма побудило новгородское боярство в XIV–XV вв. принять меры к укреплению своих позиций в органах управления Новгородским государством и его населением. С 60-х гг. XIV В. высшим органом власти в Новгородском государстве стал коллективный орган — собрание посадников, в котором в определенной пропорции были представлены боярские кланы, стоявшие во главе отдельных новгородских концов. Размеры этого коллективного органа постоянно увеличивались, так что в конце существования Новгородской республики все боярские семьи участвовали в коллективном управлении этим государством. Конфликты между отдельными концами в борьбе за власть над городом и государством прекратились. Так в условиях растущей напряженности в отношениях между верхами и низами населения Новгорода произошла консолидация новгородского боярства. Не случайно одновременно с созданием коллективного посадничества сотенная организация торгово-ремесленйого населения Новгорода была также подчинена коллективной коллегии тысяцких отдельных концов, которые в отличие от более раннего времени также назначались из числа новгородских бояр. Тем самым все высшие органы государственной власти Новгорода теперь полностью контролировались боярством. В таких условиях заинтересованность «черных людей», устраненных от влияния на органы власти и лишенных своей доли в государственных доходах, в сохранении особого политического строя Новгородского государства должна была серьезно ослабеть.
Происходившие перемены наложили свой отпечаток на характер новгородского войска XIV–XV вв. Оно состояло из двух разнородных частей. Одну из них по традиции образовывало городское ополчение, боеспособность которого оставляла желать лучшего. Входившие в его состав «черные люди» не горели желанием воевать за интересы бояр, да и не могли как следует снарядиться на войну, не получая денежной помощи — «покруты» со стороны государства. «Аз — человек молодыи, испротеряхся конем и доспехом», — говорили такие рядовые новгородцы накануне столкновения с войсками Ивана III. Другая часть войска состояла из военных отрядов, выведенных на войну крупными светскими и церковными землевладельцами. Такие отряды были хорошо вооружены, но каждый из них привык слушать своего господина. Добиться взаимодействия между ними и с городским ополчением было трудной задачей, и несогласованность действий отрицательно сказывалась на способности новгородского войска вести войну.
Утрата Новгородом его федеративной структуры. Сепаратистские движения. Происходившие перемены привели и к изменению внутренней структуры Новгородского государства. В нем вплоть до конца XIII в. сохранялись черты федеративного объединения, где на разных территориях новгородцы осуществляли сбор дани по соглашению с местной верхушкой. Однако, когда большая часть земельного фонда не только на территории основного ядра Новгородского государства, но и на землях угро-финских племен — союзников Новгорода перешла в руки новгородских бояр и житьих людей, эта федеративная структура стала фикцией.
Реакцией на эти перемены стали ранее неизвестные Новгороду сепаратистские движения. Так, в 20-х гг. XIV в. от Новгорода отделилась Псковская земля, которая стала приглашать на свой княжеский стол князей без его участия. Позднее Псков самостоятельно установил отношения с Москвой, и великий князь московский стал присылать туда своих наместников. В дальнейшем по заключенным в 40-х гг. XIV в. соглашениям Псков был признан «младшим братом» Новгорода. Псковская земля в определенной мере зависела от него в решении внешнеполитических проблем, но обрела полную самостоятельность в своих внутренних делах. Стали выступать против новгородской власти карелы, в прошлом наиболее надежные союзники Новгорода. В 1314 г., а затем в 1337 г. карелы уничтожили новгородский гарнизон, расположенный в центре земли — Карельском городке.
В конце XIV в. на Двине произошел резкий конфликт между новгородским боярством и местной верхушкой — двинскими боярами, которые также успешно формировали свои владения за счет государственных земель и хотели быть полными хозяевами на своей территории. Отложившись в 1397 г. от Новгорода и перейдя под власть Москвы, двинские бояре «волости новгородскыи и бояр новгородскых поделиша собе на части». Восстание было подавлено новгородским войском, но это не принесло стабильности. В 1435 г., когда на Русский Север прибыл претендент на московский великокняжеский стол Ва-силий Юрьевич Косой, двиняне снова «задашася за него… а от Новагорода отъяшася». Растущий сепаратизм окраин стал еще одним важным источником внутренней слабости Новгородского государства. Возможно, именно этими причинами объясняется то, что уже в начале XV в. московская великокняжеская власть сумела отобрать у него ряд пограничных волостей — Бежецкий Верх, Волок Ламский, Вологду.
Изменение взаимоотношений Новгорода и княжеской власти. С переходом государственных земель Новгорода в руки житьих людей и бояр уменьшился не только размер доходов, поступавших с этих земель в новгородскую казну, но и размер доходов, поступавших с этих земель новгородскому князю, которым с конца XIII в. был обычно великий князь владимирский, а после слияния земель великого княжения с Московским княжеством — великий князь московский. Формально на содержание княжеского двора в Новгороде выделялись те же волости, что и раньше, но размер поступавших с них доходов резко сократился. С 60-х гг. XIV в. в отношениях между великокняжеской властью и Новгородом выдвинулся вопрос о «княжщинах», которые «залегли» у новгородцев. Великие князья неоднократно предпринимали походы на Новгород, и под угрозой войны новгородцы неоднократно обязывались «княжщин не таити», но затем все снова шло по-старому. Доходы, которые шли на содержание представителей князя в Новгороде, сокращались, и это содействовало упадку их роли и значения в политической жизни Новгорода. Этому упадку способствовало и то обстоятельство, что одна из главных функций княжеской администрации в Новгороде — участвовать вместе с посадником в распределении волостей «в кормление» новгородским боярам — утратила свое значение с образованием на территориях этих волостей боярских вотчин.
В Новгороде XIV–XV вв. княжеская власть, которую теперь представляли почти исключительно княжеские наместники (приезды великого князя в Новгород были большой редкостью), постепенно утрачивала свою роль арбитра в спорах между разными частями новгородского населения. Новгородское боярство перестало нуждаться в таком арбитре после создания коллективного посадничества. С XIV в. новгородские власти начинают самостоятельно решать вопросы, которые ранее относились к совместной компетенции князя и Новгорода, отдавая новгородские пригороды в кормление литовским и другим приглашенным на новгородскую службу князьям.
Кризис правопорядка в Новгородском государстве. С упадком роли княжеской власти как верховного арбитра следует связывать рост жалоб (в источниках XV в.) на отсутствие в Новгороде правосудия. Под 1445 г. новгородский владычный летописец записал: «не бе в Новегороде правде и праваго суда… вопль и клятва всеми людми на старейшины наша… зане не бе в нас милости и суда права».
По-видимому, созданию такой ситуации способствовал рост отчуждения между верхами и низами новгородского общества, когда для бояр стало психологически возможно диктовать нижестоящим, в поддержке которых они теперь так сильно не нуждались, свою волю, опираясь на свои военные отряды.