Светскую и духовную власть патриарх Никон рассматривал как «богоизбранную и богомудрую двоицу». В первые годы русско-польской войны, в 1654–1656 гг., во время продолжительного отсутствия в Москве царя, вся полнота власти сосредоточилась в руках патриарха. Титул «великого государя» фактически давал право на соправительство, которым патриарх Никон пользовался, решая дела не только церковные, но и государственные. В приговорах Боярской думы по гражданским и военным делам появилась такая формулировка: «…святейший патриарх указал и бояре приговорили». Не чуждый роскоши, Никон постоянно пополнял патриаршую ризницу (один из его саккосов из венецианской парчи, усыпанный жемчугом и драгоценными камнями, весил полтора пуда). При Никоне значительно расширились земельные владения патриаршей области, в которую входило 85 городов. Особым положением в патриаршем «домене» пользовались лично им созданные монастыри — Иверский, Крестный и Воскресенский (Новоиерусалимский).

В кругах, близких к патриарху, предпочтение отдавалось идее «Москва — Новый Иерусалим», в которой первое место принадлежало духовной власти. Сама идея была не нова, она появилась в общественной мысли еще в конце XV в., пользовалась популярностью при патриархе Филарете. Но Никон придал этой идее откровенно теократическое звучание. Если в концепции «Москва — Третий Рим» главенствующею роль принадлежала царской власти, имперской идее, то «Новый Иерусалим» выносился за пределы и царствующего града, и самодержавной власти. Рядом с Москвой по замыслу Никона создается новый центр святости, наделенный вселенским смыслом. Вся символика и архитектура Новоиерусалимского монастыря была пронизана идеей Вселенской церкви во главе с русским патриархом. Кроме копирования Иерусалимского храма Гроба Господня, алтарь в этом соборе имел пять приделов с пятью престолами для всех православных патриархов. Один из престолов Никон предназначил для себя — первого из вселенских патриархов. И хотя обе идеи «Москва — Третий Рим» и «Москва — Новый Иерусалим» имели общую цель создания православного царства, расхождения в вопросе о главенстве между светской и духовной властями вели не только к идейным разногласиям.

Конфликт между Алексеем Михайловичем и патриархом Никоном, приведший к разрыву их отношений, назревал постепенно. Обращаясь к этому напряженному моменту взаимоотношений светской и духовной власти, исследователи обычно исходят из столкновения двух личностей, наделенных сильными характерами. Среди множества объективных причин можно отметить и неудачный совет патриарха начать войну со Швецией, и недовольство Никоном в среде боярства и высших церковных иерархов, и не скрываемое патриархом желание подчеркнуть автономию церкви и свою исключительную роль не только в делах священства. Напряженность в отношениях между царем и патриархом наметилась в 1656 году. Прежде доверительные отношения становятся холодными и сугубо официальными, Никона отстраняют от участия в государственных делах. Поводом для ссоры явился, казалось бы, незначительный факт. 6 июля 1658 г. в Кремле во время встречи грузинского царевича царский окольничий Богдан Хитрово ударил палкой патриаршего стряпчего князя Дмитрия Мещерского. Никон потребовал от Алексея Михайловича немедленно разобраться и наказать виновного. Царь пообещал, но обещания не исполнил. Последней каплей стало объявление патриарху 10 июля князем Юрием Ромодановским о царском гневе. Никону запрещено было называть себя «великим государем», поскольку «у нас един великий государь — царь». В тот же день теле окончания службы в Успенском соборе Никон объявил о том, что он оставляет патриаршую кафедру. Сменив облачение патриарха на монашескую одежду, Никон покинул Москву и уехал в Новоиерусалимский монастырь. При этом он объявил, что оставляет патриаршую кафедру, а не архиерейство. В церкви на протяжении восьми с лишним лет существовала двусмысленная ситуация: формально патриархом оставался Никон, который фактически не исполнял патриаршие функции.

«Дело» патриарха Никона. Церковный собор 1666–1667 гг. Выяснение отношений царя и патриарха затянулось, приняв форму ожесточенного идейного спора о месте церковной и светской власти. После разрыва с царем Никон обрушился с резкой критикой на Соборное уложение 1649 г., называя его «беззаконной книгой». Он призывал духовенство не признавать мирской суд. Он обвинял Алексея Михайловича во вмешательстве в церковные дела: «Егда глава есть церкви царь? Ни, но глава есть Христос… Царь не есть, не может быть глава церкви… Да где есть закон и воля Божия, еже царям или вельможам судити архиереев и прочий священный чин и достояние их?» В письме к Константинопольскому патриарху Дионисию, отправленном тайно в 1665 г., он обличал царя: «Когда повелит царь быть собору, то бывает, и кого велит избрать и поставить архиереями, избирают и поставляют, велит судить и осуждать — судят, осуждают и отлучают». Противостояние приобрело принципиальный характер. Никоном была высказана мысль, что священство выше царства: «Господь Бог всесильный, егда небо и землю сотворил, тогда два светила — солнце и месяц на нем ходяще, на земли светити повеле: солнце нам показа власть архиерейскую, месяц же показа власть царскую, ибо солнце вящи светит во дни, яко архиерей душам, меньшее же светило в нощи, еже есть телу». Теократическая позиция Никона в условиях становления абсолютизма не могла найти поддержки у светской власти. Амбициозность и «тиранство» Никона вызвали оппозицию ему и со стороны епископата.

Никон покинул патриарший престол с тайной надеждой, что царь позовет его в Москву. Но Алексей Михайлович поступил иначе. В 1660 г. по инициативе царя был собран Церковный собор, который вынес решение лишить Никона сана патриарха за безответственное оставление святительского престола. Но решение это было подвергнуто сомнению таким церковным авторитетом, как Епифаний Славинецкий, который высказал мнение, что решить вопрос об архиерействе Никона может только собор с приглашенными на него восточными патриархами. В конце 1666 г. при участии восточных патриархов — Антиохийского Макария и Александрийского Паисия на Поместном соборе Никон был осужден за самовольное оставление патриаршей кафедры, низложен и простым монахом сослан в Ферапонтов монастырь. Только в 1681 г., уже при царе Федоре Алексеевиче, тяжело больному Никону было разрешено возвратиться в Новоиерусалимский (Воскресенский) монастырь. Но до своей любимой обители Никон не добрался, он умер в пути.

Суд над Никоном, его осуждение и удаление из Москвы не принесли Алексею Михайловичу окончательной победы над никоновскими идеями. На Церковном соборе в 1667 г. с положением о том, что «степень священства выше степени царства», выступили Крутицкий митрополит Павел и Рязанский архиепископ Иларион. В результате долгих споров, в которые были вовлечены восточные патриархи, пришли к решению, что царь имеет преимущество в делах гражданских, а патриарх — церковных. Собор избрал нового патриарха, им стал архимандрит Троице-Сергиева монастыря Иоасаф.

Решения собора 1667 г. закрепили принцип независимости духовной власти от светской. Церкви удалось вернуть некоторые из утерянных привилегий. Духовенство было освобождено от светского суда: от суда светских учреждений и от суда светских чиновников архиереев. Из патриаршего Разрядного приказа выделили Духовный приказ, который занимался судом над духовенством по всем делам; приказ возглавляли духовные лица, назначаемые патриархом. Фактически Монастырский приказ был лишен судебной функции (окончательно он был упразднен в 1677 г., а его функции переданы приказу Большого дворца). Наступление государства на позиции церкви было пока приостановлено. В то же время церковь не возражала против вмешательства государства в преследование антицерковных движений. Собор 1666–1667 гг. отменил ряд церковных правил, принятых еще Стоглавым собором 1551 г., осудил старообрядцев как людей, отказывающихся повиноваться авторитету официальной церкви, отлучив от церкви и предав их светскому суду. Старообрядческое движение сильно ослабляло церковь, поэтому поддержка государства была ей необходима.