Среди церковных дел, с которыми пришлось разбираться патриарху Филарету, было дело о книжных исправлениях, произведенных архимандритом Троице-Сергиева монастыря Дионисием Зобниновским (тем самым человеком, который руководил героической обороной монастыря), старцем Арсением Глухим и священником Иваном Наседкой. Им было поручено сверить русский текст Требника и других книг с греческими образцами и исправить погрешности в русских книгах. Ими и были выявлены ошибки в церковных книгах. Так, в чине великого освящения воды в молитве: «…и освети воду сию Духом Твоим святым» прибавлялось еще — «и огнем». Это прибавление было справщиками устранено с подробными обоснованиями. Однако Крутицкий митрополит Иона и его сторонники обвинили справщиков в еретичестве и подвергли церковным наказаниям. Патриарх Филарет на Церковном соборе после всестороннего рассмотрения оправдал архимандрита Дионисия и его сотрудников. В решении этого вопроса Филарет проявил большую осторожность. Не обладая фундаментальным богословским образованием, он передал рассмотрение спорного вопроса Иерусалимскому и Александрийскому патриархам. Последние не спешили с ответом. И только в 1625 году, заручившись их поддержкой, Филарет приказал вымарать в русских книгах фразу «и огнем».
В церковном вопросе о принятии в православие бывших католиков и униатов (повторном крещении), а также в разрешении ситуации, как поступать с православными из Белоруссии, Литвы, Малороссии и Польши, Филарет проявил себя решительным борцом против «латинства». Почти восьмилетнее пребывание его в польском плену сделало Филарета ярым противником польского влияния в любой форме.
Церковная деятельность патриарха Филарета была направлена и против пережитков язычества (игрищ и колядования), которые подрывали авторитет церкви. В 1629 г. Филарет издал указ, чтобы «с кобылками не ходити и на игрища мирские люди не сходились, тем бы смуты православным крестьянам не было». Неповиновение означало царскую опалу и наказание от церковных властей.
Большое внимание в годы патриаршества Филарета уделялось книжному делу; при нем было издано богослужебных книг больше, чем за всю предшествующую историю книгопечатания. Некоторые издания вызвали споры среди книжников из патриаршего окружения. В 1626 г. был напечатан Катехизис литовского протопопа Лаврентия Зизания (его брат Стефан был известным борцом против унии и католицизма в Вильно). «Прение» с игуменом Ильей и книжным справщиком Григорием Анисимовым показало арианские заблуждения, антитринитарную сущность воззрений Лаврентия Зизания. Его Катехизис был отвергнут, а напечатанные экземпляры сожжены. Такая же судьба постигла и «Евангелие учительное» монаха из Киева Кирилла Транквиллиона, в котором московские ревнители старины, вслед за киевскими, усмотрели еретические «уклонения». По указу царя и патриарха в 1628 г. был введен запрет на ввоз в Россию книг «литовской печати» (типографий Львовской, Виленской, Супрасльской и др.) и проведена конфискация их у церквей и населения. При патриархе Филарете уже обозначились будущие противоречия и богословские споры середины столетия.
Филарет действовал в первую очередь как политический деятель, в интересах государства и династии Романовых, укрепляя церковь как часть государственного механизма. Но ему не удалось преодолеть рост антицерковных настроений и религиозного индифферентизма, проникших в разные слои общества еще в Смутное время. Так, с критикой религиозных обрядов и догм выступал князь Иван Хворостинин, дважды наказанный за это ссылкой в монастыри. К 30-м гг. относятся сведения о монахе Капитоне и его последователях, в основном из крестьянской среды, которые проповедовали приход в мир Антихриста и скорый конец света. Они отрицали православную церковь и ее таинства, призывали к уходу от мира, считали аскезу (вплоть до самоубийства) единственным способом приобщения к Богу и путем спасения. В XVII в. появляется секта «хлыстов», которые также не признавали церкви, обрядов и духовенства. По их учению «второе пришествие» уже свершилось: их общины («корабли») — ячейки «царства Божия»; Христос, Богородица, апостолы провозглашались ими из своей среды. Хлыстовщине характерно было противопоставление духа и плоти, отрицание внешнего материального мира как мира Антихриста, умерщвление плоти, углубление в самого себя. Мистико-дуалистическая секта «хлыстов» имела своих сторонников среди зажиточного крестьянства и купечества.
Внутренняя жизнь церкви в 30—40-е гг. XVII в. Вопрос об исправлении церковных книг и обрядов. Падение авторитета церкви осознавалось и некоторыми представителями духовенства. В 1636 г. девять нижегородских священников подали патриарху Иоасафу грамоту, в которой указывалось на церковные беспорядки и предлагались способы их исправления. Челобитчики обличали духовенство в невежестве и пьянстве, что, по их мнению, являлось основной причиной того, что службы велись без соблюдения правил и устава. Во время службы в целях ее сокращения читали и пели одновременно на несколько голосов, поэтому в церкви царил невообразимый шум, что вело к дальнейшему падению благочестия в народе. Священники считали, что пережитки язычества, пьянство; безнравственность являлись результатом отсутствия христианского воспитания среди прихожан, которое они должны были получать во время литургии. Примечательно, что призыв к переменам в церковной жизни, обращенный к епископату, шел от провинциального приходского духовенства. Патриархом Иоасафом I в ответ на эту челобитную была разослана «память», в которой священникам указывалось на необходимость более внимательно относиться к церковной службе, литургию служить на два-три голоса.
В годы патриаршества Филарета и его ближайших преемников продолжалось развитие печатного дела: в 1620— 1640-х гг. московским Печатным двором было выпущено 190 изданий церковных книг. Тематика изданий расширилась, печатались не только богослужебные книги. Сложился и круг активных сотрудников, работавших на этом поприще: священник Иван Наседка, монах Арсений Глухой, протопоп Михаил Рогов, Шестак Мартемьянов, Захарий Афанасьев, инок Савватий. В 1640 г. вышло первое издание трудов Иоанна Златоуста «Маргарит». В развитии религиозных настроений, особенно эсхатологических ожиданий, большую роль сыграло издание «Сборника» 1644 г., известного под названием «Кирилловой книги». «Сборник» включал многочисленные статьи западнорусских и московских авторов, направленные в защиту православного учения от католичества и протестантизма. В сборнике развивалась тема критических дат в истории церкви, в том числе назывался и 1666 г. как время приближающегося церковного кризиса, который может увенчаться победой Антихриста.
Религиозные разногласия приобретали иногда политический резонанс. Именно религиозные споры помешали заключению брака царевны Ирины Михайловны с протестантом датским принцем Вальдемаром в 1644 г. Спор между пастором М. Фильхабером и русскими защитниками православия закончился полным разногласием сторон. Православные богословы были обвинены в незнании Священного Писания, греческого и латинского языков и вообще в недостатке образования. Не принимая подобных обвинений по существу, церковные и светские власти вынуждены были признать, что России необходимо глубокое усвоение православной греческой культуры, что невозможно без создания учебных заведений разного уровня.
В середине 40-х гг. в Москве образовался кружок «ревнителей благочестия», или «боголюбцев», во главе с царским духовником, настоятелем кремлевского Благовещенского собора протопопом Стефаном Вонифатьевым. Среди «ревнителей благочестия» оказались лица духовные и светские, столичные и провинциальные. Из московских членов кружка наиболее видными были окольничий Ф. М. Ртищев, архимандрит Новоспасского монастыря Никон, протопоп Казанского собора Иван Неронов, дьякон кремлевского Благовещенского собора Федор. Из провинциальных «боголюбцев» выделялись протопопы Аввакум из Юрьевца Поволжского, Даниил из Костромы, Лазарь из Романова, Логгин из Мурома. Молодой царь Алексей Михайлович, находившийся под большим влиянием Стефана Вонифатьева, явно благоволил «ревнителям». Их церковная программа имела своей целью упрочение православных ценностей (единогласие, литургическое единообразие, церковная проповедь, исправление ошибок и разночтений в книгах), борьбу с языческими обычаями, повышение религиозно-нравственного уровня как черного и белого духовенства, так и прихожан за счет оцерковления всех сторон жизни. Эти идеи они рассматривали сквозь призму особой роли и ответственности Москвы за судьбы православия в соответствии с представлениями о Москве как Третьем Риме.
