Общегосударственный масштаб деятельности был присущ ряду приказов узковедомственного профиля. Таковыми были Ямской, обеспечивавший ямской гоньбой казенные надобности; Приказ Каменных дел, имевший под своим управлением записных ремесленников и организующий казенное каменное строительство; Монастырский приказ, созданный в 1650 г. и ведавший монастырскими землями и судебными делами населения духовных вотчин. Он просуществовал до 1677 г. и был восстановлен в 1701 г.
Несколько приказов имели областной характер. Помимо четвертных приказов, это были Приказ Казанского дворца, созданный для управления вошедшими в состав России в.
XVI в. землями бывших царств Казанского, Астраханского и Сибирского, и Сибирский приказ, учрежденный в 1637 г. специально для управления значительно возросшей территорией Сибири.
Особую группу центральных учреждений составляли дворцовые приказы. Они заведовали обширным хозяйством царя, обслуживая царский двор. Важнейшим среди них был Приказ Большого дворца, управлявший дворцовыми землями и населением дворцовых вотчин. Продовольственным снабжением царского дворца заправляли находившиеся в ведении приказа дворы Хлебный, Кормовой, Житенный и Сытенный. Казенный приказ, или Казенный двор, являлся хранилищем царской вещевой казны, в том числе мехов («мягкой рухляди»). Царским выездом заведовал Конюшенный приказ. Под его началом находились дворцовые конюшни и мастерские по изготовлению карет, саней и упряжи. Особые приказы занимались изготовлением царского платья (Царева и Царицына мастерские палаты), обеспечением и организацией царской охоты (Сокольничий и Ловчий), медицинской службой (Аптекарский).
При патриархе Филарете были созданы особые патриаршие приказы (Дворцовый, Казенный и Разрядный). Они сохранились до конца века и управляли всем патриаршим хозяйством. Подобные патриаршим приказам учреждения существовали во всех епархиях.
Приказы как центральное звено управления создавались на протяжении длительного времени, а не возникли как дельная система, базирующаяся на единых принципах. Наряду с постоянно действующими приказами (общегосударственной и областной компетенции) широкое распространение в XVII в. получили приказы, заведомо создаваемые как временные. По существу они являлись комиссиями-поручениями («приказами» в собственном смысле) для выполнения определенных задач текущего управления, после решения которых они упразднялись или же сливались с другими приказами. Обычно это были сыскные приказы разнообразной сферы деятельности. Они создавались для сыска и возвращения в посад вышедших из тягла закладчиков (впервые в 1619 г.), отписки частновладельческих слобод на посадах, организации сыска беглых крестьян, расследования политических преступлений. Целый ряд временных приказов возник в связи со Смоленской войной и началом строительства оборонительных линий на юге страны (Ратных дел, Литовских полоняничных дел, Сбора ратных людей, Городового дела и др.), для проведения межевания земель в разных городах, разбора служилых людей в 60—70-х гг. Широкое распространение временные учреждения получили во второй половине века. Иx создание оказало сильное воздействие на состав государственного аппарата, обеспечив непосредственное проникновение кадров московских приказов в сферу местного управления. Эти приказы — «комиссии» были хотя и временными, но вполне оформившимися учреждениями: указ об их создании определял не только главу и функции приказа, но и его штат и бюджет. Свойственная им быстрота и оперативность деятельности позволяли правительству эффективно решать важнейшие вопросы управления страной, восполняя слабость, а порой, как это, например, было при организации сыска беглых крестьян, и прямой саботаж со стороны местных учреждений. Этим временные приказы XVII в. отличались от подобных приказов предыдущего столетия, но эти же черты сближали их с многочисленными и разнообразными комиссиями петровского времени.
На протяжении XVII в. общее число одновременно действующих приказов изменялось мало (в 1626 и в 1698 гг. их было 36), поскольку наряду с возникновением новых приказов происходила их ликвидация или близкие по роду деятельности учреждения объединялись в одно. Некоторое увеличение числа приказов произошло в 1660—1670-х гг., когда их количество временно достигло 43. В эти же годы несколько возросло и число общегосударственных приказов: их стало 30 против 25 в 1626 г. и 26 в конце столетия.
При неизменности в целом количественного состава приказных учреждений разительные перемены к концу столетия произошли в численности управленческого аппарата и в его составе. На протяжении всех десятилетий наблюдался неуклонный рост приказных штатов: в 1626 г. — 623 человека, в 1646 г. — 837 человек, в 1677 г. — 1558 человек, в 1698 г. — 2739 человек. Он происходил за счет младших приказных чинов (подьячих), что отражало идущий процесс бюрократизации управления, усиление роли в нем сугубо канцелярской работы. В 90-х гг. подьячие составляли почти 97 % всех приказных людей. Значительно выросли штаты всех приказов. Если в 20-х гг. в штате большинства приказов имелись один, реже два дьяка и не более 5—10 подьячих, а в крупнейших приказах (Поместном и Большого дворца) состояло 73 подьячих, то в конце 90-х гг. число дьяков в крупных приказах возросло до 7–8, а подьячих стало более 400. Наиболее типичными в это время были приказы, в которых сидели от 30 до 100 подьячих.
Эта группа приказных людей, обладавших большой мобильностью и широко использовавшихся правительством при комплектовании штата временных приказов, для выполнения различных заданий в городах, в полках и посольствах, охватила своей деятельностью всю страну. В литературе (Н. Ф. Демидова) обращено внимание на то, что сформированная в последней четверти XVII в. огромная армия московских подьячих послужила основой для организации государственного аппарата российского абсолютизма.
Уже при царе Михаиле Федоровиче практиковалось одновременное руководство двумя приказами одними и теми же дьяками. После смерти Филарета эта тенденция была продолжена в еще большей степени, причем дьяков заменили лида из ближайшего окружения царя. Так, Б. И. Морозов уже в первые годы царствования Алексея Михайловича (1645—lq76) являлся одновременно судьей пяти приказов (Большой казны, Стрелецкого, Иноземского, Новой Четверти, Аптекарского). Объединение нескольких приказов под началом одного из видных бояр стало характерным явлением государственного управления второй половины XVII в. Конечно, немалую роль в этом играло личное влияние того или иного боярина, в том числе близость к царской фамилии. Однако объективно такое объединение приказов с близкой компетенцией усиливало централизацию ведомственного управления.
Стремление к централизации управления проявилось в создании в 1654 г. Приказа тайных дел, подчинявшегося в отличие от других приказов не Думе, а непосредственно царю. Приказ не имел четкого круга дел. Он управлял дворцовым хозяйством, осуществлял политический надзор, апелляцию по политическим преступлениям, обладал контролирующими по отношению к другим учреждениям функциями. Этот контроль мог быть гласным, но чаще всего негласным и осуществлялся посредством приказных подьячих, рассылаемых с секретными царскими наказами по учреждениям, в армию, в посольства. За финансовой деятельностью приказов наблюдал Счетный приказ, созданный в конце 1650-х гг. Особое место, занимаемое этими учреждениями в приказной системе, было осознано уже современниками. По словам Г. К. Котошихина, Тайный приказ был устроен «для того, чтоб его царская мысль и дела исполнялись все по его хотению, а бояре и думные люди о том ни о чем не ведали».
В 1680-Х гг. была осуществлена новая перестройка ряда сфер управления, приведшая к дальнейшей его централизации. В частности, финансовые вопросы, которые прежде находились в ведении четвертных и различных приказов, отныне были сосредоточены в укрупненном Приказе Большой казны. Все вотчинные и поместные дела, а также дела о службе были изъяты из ведения территориальных приказов и сконцентрированы, первые — в Поместном приказе, вторые — в Разряде.
