В 1996 году глава МММ напомнил вновь о себе, когда попытался стать кандидатом в президенты России. Однако ЦИК забраковал значительную часть подписных листов в его поддержку и в регистрации отказал. Вскоре Сергей Мавроди ушел в подполье.

Уголовное дело против Мавроди то возобновлялось, то снова закрывалось, то. В январе 1996 года было возобновлено следствие по делу о неуплате налогов. Но в марте оно вновь было прекращено по причине недоказанности участия самого Мавроди в совершении преступлений. 4 мая 1996 года Мавроди вернули арестованные деньги и имущество на сумму свыше 800 млн рублей. В январе 1997 года по инициативе по указанию генпрокурора Юрия Скуратова началось дополнительное расследование по делам, связанным с АО «МММ» и Сергеем Мавроди, но судебные перспективы были сомнительны.

В сентябре 1997 года арбитражный суд Москвы признал АО «МММ» банкротом в связи с неспособностью исполнить требования кредиторов и превышением обязательств над имуществом. Этого добились несколько вкладчиков — владельцев неоплаченных Сергеем Мавроди билетов и акций. Процесс проходил без ажиотажа и митингов. Суд своим решением признал МММ банкротом. Сам Сергей Мавроди в это время уже находился в бегах, а сбор средств у населения продолжал его брат Вячеслав. В 1998 году Мавроди-старший был объявлен в федеральный, а потом (когда появилась информация, что он находится в Греции) и в международный розыск. Впрочем, как говорили впоследствии, он жил под надежным прикрытием в подмосковной Жуковке-3 (его регулярно замечают в престижном ресторане «Царская охота»). Забегая вперед, скажем, что когда Сергей Мавроди был объявлен в розыск, по нему ежедневно работала оперативная группа ГУУРа из семи человек и несколько прикомандированных к ней сотрудников МУРа. Они установили, что аферист не сбежал за границу, а скрывается где-то в столичном регионе. На вопрос, почему его не удалось поймать раньше, сыщики отвечали так: «Деньги и связи позволяли ему чуть ли не каждый месяц менять квартиры в Москве и подмосковные дачи, причем снимались они на людей, которые имели документы, не вызывающие никаких подозрений, в том числе на ветеранов спецслужб».

Впрочем, в подполье Мавроди не сидел сложа руки. По данным правоохранительных органов США, в начале 1998 года экс-глава МММ вместе с двоюродной сестрой Оксаной Павлюченко создал новую финансовую пирамиду, используя Интернет. Сначала в сети появился сайт некой компании Stock Generation Ltd, представлявший собой виртуальную биржу. Там были котировки акций несуществующих компаний и рекомендации по их покупке. Для покупки акций нужно было зарегистрироваться на сайте и выслать на счет компании чек минимум на $50. Деньги переводились на виртуальный счет клиента, после чего на них можно было покупать акции. Их курс повышался в среднем на 10 % в месяц. Но периодически счет обнулялся. Чтобы заработать, клиент должен был успеть продать акции до обнуления либо ждать нового подъема котировок. Для получения денег нужно было написать письмо с требованием выслать чек по указанному адресу. В начале 1998 года, когда Stock Generation только набирала обороты, такие чеки, а также бонусы в $50 за привлечение новых клиентов действительно приходили. Но потом поток иссяк. Биржа просуществовала около двух лет, ее жертвами, по некоторым данным, стали около 20 тыс. (по другим данным — более 275 тыс.) американцев и жителей Европы. Пострадавшие начали жаловаться в комиссию по ценным бумагам и биржам США, и сайт Stock Generation был заблокирован.

Сергея Мавроди арестовали только в 2003 году. 31 января он был задержан в Москве. Сыщикам, которые задержали его, он оставил автограф: «На добрую память уголовному розыску».

Операция по задержанию Сергея Мавроди была проведена 31 января в 16 часов. К сталинскому дому 40 на Фрунзенской набережной, где он снимал трехкомнатную квартиру, подъехали несколько неприметных «Жигулей» с частными номерами. Вышедшие из них широкоплечие молодые люди в штатском поднялись на третий этаж и позвонили в бронированную дверь с большим глазком. На звонок никто не ответил, а симфония Брамса, едва доносившаяся из-за двери, тут же стихла. Тогда оперативники вызвали специалистов из своего техотдела. Через полчаса те уже вырезали «болгарками» все три замка в двери израильского производства стоимостью $5 тыс.

В прихожей группа захвата столкнулась с громилой охранником, который, впрочем, не оказал никакого сопротивления. За его спиной прятался полный человек с лицом землистого цвета. Он был одет в тренировочные штаны, красную футболку и меховую безрукавку. С его головы сползал кудрявый черный парик. «Едва ли не самый разыскиваемый в России аферист только с помощью парика пытался изменить свою внешность, — отметил руководивший операцией замначальника оперативнорозыскного бюро Главного управления уголовного розыска (ГУУР) Константин Крысанов. — Никаких пластических операций, о которых писали в СМИ, он не делал».

При задержании Сергей Мавроди не сопротивлялся, поэтому с ним обращались вежливо. Именитый арестант это оценил: перед тем как на него надели наручники, он попросил дать ему несколько минут. Взял с полки книжку Михаила Князева «История одного преступления. Сергей Мавроди, великий и ужасный» и написал на титульном листе «На добрую память уголовному розыску, 31.01.03» и расписался. Кто-то из оперативников тут же достал из кармана «мавродик» — билет АО «МММ» достоинством в 100 рублей, на котором изображен Мавроди и имеется его роспись, и сравнил их с оригиналом: «Внешне совершенно другой человек, зато подпись сохранилась один к одному».

Хозяева недвижимости, которым платили двойную цену, понятия не имели, кто у них живет. Тем более что договоры о съеме жилья категорически запрещали им появляться дома до окончания срока аренды. Сам Сергей Мавроди все это время пользовался паспортом на имя жителя Санкт-Петербурга Юрия Зайцева (документ изъяли при задержании). Условия конспирации были настолько строгими, что хозяин МММ добровольно стал заключенным, — говорили в ГУУРе. — На людях он никогда не появлялся, а свежий воздух мог глотнуть по дороге из дома к шестисотому «Мерседесу», который вплотную подгоняли к его подъезду. Поэтому, несмотря на то, что в его квартире был оборудован настоящий спортзал, заметно сдал: постарел и растолстел.

Вскоре в квартире на Фрунзенской набережной был проведен обыск. Оружия, наркотиков и чемоданов с долларами, украденными у вкладчиков, там не нашли, зато обнаружили другие интересные вещи. В частности, записные книжки Мавроди с телефонами чиновников и представителей силовых структур, которые помогали ему скрываться, протоколы о намерениях и контракты, заключенные уже объявленным в розыск аферистом.

Мавроди предъявили обвинение по ст. 147 ч. 3 УК «Мошенничество в крупном размере» ($8-10 млрд). (Обвинение в уклонении от уплаты налогов было снято — истек срок давности.) Статья предусматривала заключение на срок от четырех до десяти лет с конфискацией имущества. Кроме того, СК распространил обращение к бывшим вкладчикам АО «МММ». Из него следовало, что люди, пострадавшие от финансовых махинаций Сергея Мавроди, которые ранее не обращались в правоохранительные органы, могут обратиться в следственный комитет при МВД для того, чтобы их признали потерпевшими по этому делу (потерпевшие могли рассчитывать на компенсацию ущерба). В феврале 2003 года в следственном комитете (СК) при МВД России была создана оперативно-следственная группа для розыска средств обманутых вкладчиков АО «МММ».

На помощь Мавроди в деле поиска пропавших денег следователи не рассчитывали: он отказывался давать показания. Как говорили милиционеры, Мавроди долго не мог отойти от шока, пережитого им во время ареста. Положение арестанта его сильно угнетало: он ни с кем не разговаривал, почти ничего не ел, а большую часть времени просто лежал на нарах и смотрел в потолок.