Из-за постоянного психологического напряжения, вызванного атаками камикадзе, Нимиц сменил все высшее командование на море еще до окончания кампании. В середине мая Гарри Хилл, произведенный в вице-адмиралы, сменил Келли Тернера, получившего свои «четыре звезды». К концу месяца Хэлси сменял Спрюэнса, а Маккейн — Митшера. Пятый флот снова стал Третьим флотом, а 58-е оперативное соединение превратилось в 38-е оперативное соединение. Освободившиеся командующие получили необходимый отдых, после чего Спрюэнс и Тернер приступили к планированию операции «Олимпик». Митшер отправился в Вашингтон, чтобы сменить адмирала Фитча на посту командующего воздушными операциями ВМС.

Хэлси, желающий наконец освободить корабли от обязанностей непосредственной поддержки армии на Окинаве, предложил в срочном порядке завершить строительство радарной сети на острове. Кроме того, по его приказу на Окинаву были переброшены с Филиппин дополнительные соединения морской авиации. Затем Нимиц принял десантников Хилла и 10-ю армию Бакнера под свое непосредственное командование, освободив 38-е оперативное соединение для использования в качестве мобильной ударной силы. Хэлси выдвинулся к берегам Японии и 3 и 4 июня нанес несколько воздушных ударов по острову Кюсю. Однако 5 июня на соединение Хэлси обрушился тайфун. В результате был серьезно поврежден крейсер «Питтсбург», легкие повреждения получили еще 32 корабля, волнами было смыто 142 самолета.

Три дня спустя 38 оперативное соединение вновь нанесло удар по Кюсю. Затем, оставив десантникам Хилла две группы авиации, базирующиеся на аэродромах Окинавы, и несколько эскортных авианосцев, оперативное соединение отошло для того, чтобы подготовиться к новым ударам по островам Метрополии в июле. 13 июля оно прибыло в залив Лейте, проведя в море 92 дня.

Второй тайфун чуть не испортил Хэлси всю карьеру. Расследование, возбужденное адмиралом Хувером, показало, что вся вина за потери лежит на Хэлси и Маккейне, которые не выполнили инструкций адмирала Нимица, касающихся действий в штормовых условиях. Суд рекомендовал отстранить их от должности. Государственный секретарь Форрестол уже собирался уволить Хэлси в отставку, но вмешались Нимиц и Кинг, которые указали, что Хэлси — национальный герой и его увольнение подорвет моральный дух войск.

Корабли огневой поддержки и эскортные авианосцы оставались на Окинаве до конца кампании, который был объявлен 21 июня. Около 11 ООО человек из 100 000 защитников были взяты в плен, остальные погибли. Двадцать шесть американских военных кораблей затонули, 368 были повреждены (по большей части — без возможности восстановления). В 10-й армии 7613 солдат и морских пехотинцев были убиты и около 39 000 ранено. Во флоте около 4900 моряков погибло и столько же было ранено. Эта кампания, самая дорогостоящая для американцев в Тихоокеанской войне, предоставила союзникам плацдарм для развертывания боевых действий против островов Метрополии. Теперь действия бомбардировщиков могли быть усилены, равно как и блокада японских портов, силы вторжения могли быть непосредственно направлены на Кюсю, но самый важный результат, с точки зрения американцев, состоял в том, что теперь японцы стояли перед неизбежным поражением: им оставалось только поскорее сдаться.

В первые два года войны на Тихом океане Юго-западная зона, которая находилась в ведении генерала Макартура, была самым активным театром военных действий. Его последующий успех на берегах Новой Гвинеи далеко не был решающим для хода войны. Генерал опасался, что успешные действия в Новой Гвинее были даже до некоторой степени излишними благодаря стремительному броску сил адмирала Нимица прямо через центральную часть Тихого океана. Захват острова Лусон Макартуром был чрезвычайно полезным для блокирования Японии. Но после Лусона его войска, ограниченные юго-западной частью Тихого океана, могли двигаться только дальше на юг, к южным Филиппинам и Борнео. Военные действия в этих местах почти не имели отношения к поражению Японии.

К 1945 году военное министерство, как и сам Макартур, было все меньше довольно ограниченным положением генерала, тем более что это могло воспрепятствовать его участию в захвате Японии. В министерстве не хотели видеть Макартура вытесненным на юг, в то время как Нимиц со своим военно-морским штабом будет атаковать главные острова. В Вашингтоне вновь пошли в ход старые аргументы в пользу объединенного командования всем Тихоокеанским театром военных действий, и каждый из этих аргументов встретил яростный отпор. В конце концов на исходе марта президент дал Макартуру знать, что высшее командование пришло к единому решению. Рузвельт сказал бывшему тогда в Вашингтоне генералу Кенни: «Можете сказать Дугласу, что вскоре он займется севером Филиппин».

Компромиссное решение, предложенное объединенным штабом 3 апреля, было на первый взгляд простым: во время вторжения в Японию Макартур будет командовать всеми сухопутными и военно-воздушными силами в Тихом океане, за исключением 12-й армии ВВС, базирующейся на Марианских островах, а также подразделений, находящихся вне зоны активных боевых действий. Нимиц должен был командовать всеми военно-морскими силами Тихого океана. Согласно данному указанию, объединенный штаб приказывал Макартуру и Нимицу завершить текущие кампании при старой структуре командования. Переход к новой структуре должен был происходить постепенно и по обоюдному согласию.

13 апреля группа офицеров во главе с генералом Сазерлендом прилетела из штаба Макартура в Маниле на Гуам. Они должны были встретиться с адмиралом Нимицем и его штабом и выполнить директивы объединенного штаба. Сазерлэнд, введенный в заблуждение мягкими манерами Нимица, не терпящим пререканий тоном принялся излагать то, что он называл «мыслями генерала Макартура». Генерал, говорил он, предлагает Нимицу как можно скорее передать ему, Макартуру, весь контроль над сухопутными силами, в том числе над гарнизонами островных баз Тихоокеанской зоны. Постепенно он положит конец единоначалию Нимица — по выражению Сазерлэнда, «неосуществимого предрассудка». В будущем, заявлял он, никакие сухопутные войска никогда не будут находиться под командованием адмиралов.

Если сначала Сазерлэнд думал, что Нимиц безропотно примет подобные условия, то скоро ему пришлось убедиться в обратном. Адмирал сказал, что собирается передать Макартуру оперативный контроль над сухопутными частями только после окончания их участия в боевых действий, что основные гарнизоны всех баз Тихоокеанской зоны останутся под его, Нимица, командованием до тех пор, пока он отвечает за эти зоны, и что упразднение объединенного командования во всех подзонах и на удаленных островах вызовет неразбериху и задержит ведение войны. Адмирал подытожил: «Таким образом, я не согласен с тем, чтобы генерал принял на себя оперативный контроль над всеми силами — сухопутными, воздушными или службами, которые необходимы для обороны и функционирования тихоокеанских зон».

Сазерлэнд сказал, что Макартур хочет устроить на Окинаве базу для ВВС генерала Кенни, а также для начала операции «Олимпик» — атаки на Кюсю, назначенной на 1 ноября 1945 года. Нимиц намеревался передать все захваченные острова Рюкю Макартуру, как только завоевание Окинавы будет завершено, или раньше, если последует твердая директива объединенного штаба о вторжении. Адмирал отверг предложение о передаче оперативного контроля над проведением военно-морских операций в юго-западной зоне Тихого океана и ответственности за них. Согласись он на это, он бы неизбежно стал действовать как подчиненный Макартура. А если бы он стал подчиняться приказам генерала, последний мог бы настоять на контролировании перемещений быстроходных авианосцев — исход, который стал бы проклятием для морского министерства и для адмирала Нимица в особенности. Нимиц сказал, что хотя он не примет командование военно-морскими силами, задействованными в десантных операциях на юго-востоке Тихого океана, он будет, как и раньше, обеспечивать таким операциям военно-морское прикрытие и назначать отряды для участия в действиях под непосредственным руководством Макартура.