Внимание молодого ученого привлекают архивные материалы конца XV — начала XVIII веков, связанные с общественно-экономической историей Восточной Сибири — прежде всего с историей русского крестьянства и западных бурят Приангарья и Ленского края. На основании чудом сохранившихся документов он пишет подробную историю ленского села Бирюльского. В судьбе столь, казалось бы, неприметного села отразились важные события, связанные с заселением и освоением Сибири русскими, бунтарский дух крестьян, боровшихся против притеснений со стороны властей, становление того специфического душевного склада, который выражается в слове "сибиряки". К сожалению, эта большая работа, оставшаяся незаконченной, была утеряна во время блокады в Ленинграде, и только материалы о западных бурятах Окладников опубликовал в 1937 году в большой монографии "Очерки из истории западных бурят-монголов (XVII–XVIII вв.)".
Каждое лето Окладников выезжает в археологические экспедиции. В постоянных скитаниях по Лене, Ангаре, Селенге молодой археолог все более и более расширял район своих исследований. И каждый год приносил новые удивительные открытия.
Долгие годы верным и надежным спутником в его нелегкой экспедиционной жизни была Вера Дмитриевна Запорожская — жена и опытный, знающий помощник. Она и после смерти мужа ведет важную работу по изданию того, что он не успел опубликовать.
В 1935 году А.П. Окладников поступает в аспирантуру ведущего в то время археологического учреждения страны — Института истории материальной культуры. Научным руководителем у молодого, но уже прошедшего суровую школу сибирской археологии ученого был П.П. Ефименко — известный советский археолог, создатель школы исследователей древнейшего прошлого человечества — палеолита. Окладников полюбил Ленинград всей душой, всем сердцем, полюбил и шумный Невский проспект, где жил долгое время, и Дворцовую набережную, где размещался институт, и пригороды с пушистыми елями и стройными соснами, так напоминавшими ему сибирскую тайгу.
В Ленинграде, продолжая лучшие традиции отечественной школы археологов и востоковедов, формировалась советская археологическая наука. В то время здесь работала целая плеяда многих выдающихся представителей науки: Н.Я. Марр, И.А. Орбели, В.В. Струве, В.И. Равдоникас, лекции и семинары которых с большим интересом посещает молодой ученый. Вскоре Окладников был избран членом ученого совета Института востоковедения. Встречи и дискуссии с маститыми и с молодыми коллегами — Б.Б. Пиотровским, Н.П. Третьяковым и другими — рождают много интересных мыслей. Наряду с плодотворным, творческим обобщением уже накопленных материалов, Окладников каждое лето ведет неустанный поиск новых памятников…
В 1936 году — открытие в устье Сухой пади, неподалеку от села Верхняя Буреть, уникального палеолитического поселения Буреть, в 1937 году — выход на большую Ангару, от Братска до устья, где были найдены десятки совершенно новых памятников, свидетельствующих о своеобразии в развитии древних культур этого района. Новые памятники, новые открытия, новые идеи — все это находит завершение в фундаментальной сводке — двухтомной монографии "Неолит и бронзовый век Прибайкалья", первый вариант которой принес со временем Алексею Павловичу ученую степень кандидата исторических наук.
Каменные кладки, о существовании которых не подозревали многие исследователи, были теперь прослежены по обоим берегам Лены, начиная от Качуга и до устья реки Илги, а затем и на Ангаре.
Вопреки ожиданиям Бернгарда Эдуардовича Петри Ангара оказалась не только не беднее, но, может быть, даже и богаче Лены. Куда бы ни приходил со своей лопатой Окладников, он снова и снова находил скопления камней, а под ними — неолитические костяки и захоронения людей каменного века. Нужно было только зорко следить жадным неуемным глазом охотника-следопыта за каждым камнем на высоких речных берегах, особенно там, где в Ангару или Лену впадала какая-нибудь маленькая речка, а порой совсем ничтожный по размерам ключик.
Костяк за костяком, комплекс за комплексом — так складывалась стройная и неожиданная по богатству фактов историческая картина жизни древних охотников и рыболовов сибирской тайги: открылось, вернее даже, распахнулось окно в неведомый исчезнувший мир далекого прошлого. Недаром же так любил это слово — "окно в неведомый мир" — сам Алексей Павлович. Он и на самом деле хотел увидеть за грудой вещей живой конкретный мир человеческих страстей и переживаний. Да, именно переживаний, а не только типы вещей или общие контуры хозяйственной жизни и уклада древнего человека.
Проходили годы. Ученому приходилось работать в различных районах страны, за рубежом. Но Лена и Ангара постоянно манили к себе ученого.
Так было в пятидесятые годы, когда началась эра строительства крупнейших гидроэлектростанций ангарского каскада. Алексей Павлович возглавил в этом районе большую экспедицию, которая вела исследования в зоне затопления Иркутской ГЭС, затем в еще больших масштабах — в зоне затопления Братской ГЭС.
В последние годы Окладникова вновь неодолимо влекли Ангара, Лена и красавец Байкал, хранящий еще тысячи тайн прошлого. А как ни напряжен бывал летний период экспедиционных работ, Алексей Павлович непременно возвращается в места, где он делал свои первые раскопки, где пролегли его первые археологические тропы, превратившиеся в широкую дорогу к новым открытиям в истории человеческого общества.
Десятки, сотни исследованных памятников, тысячи новых фактов, обобщенных Окладниковым, позволили ему написать яркие страницы той жизни, которую вели охотники и рыболовы, расселившиеся на бескрайних таежных просторах Восточной Сибири. Вместе с работами других ученых из Иркутска, Ленинграда, Новосибирска, Читы, Улан-Удэ, они раскрыли многое в своеобразном и оригинальном прошлом народов Прибайкалья на протяжении тысячелетий, начиная с эпохи, отдаленной от нас на 35–40 тысяч лет назад, а может быть и гораздо больше, с тех времен, когда эти самые первые "землепроходцы" проникли в бассейн Енисея, Лены, Ангары и на берега Байкала.
Наиболее яркое представление о жизни и быте человека, жившего в Сибири в то время, дают раскопки двух палеолитических памятников: Буреть — открытого и исследованного Окладниковым, и Мальта — исследованного его другом, крупнейшим антропологом профессором Герасимовым.
Древние обитатели Мальты и Бурети, подобно современным эскимосам, строили постоянные или сезонные деревни вдоль берегов Ангары. Так же как нынешние эскимосы и чукчи, они сооружали большие дома из костей животных, но только давно вымерших — мамонтов и носорогов, причем жилища их имели углубленные в землю основания — наподобие тех, что делают эскимосы, а сверху покрывались куполообразной легкой крышей, опиравшейся на эластичный каркас из жердей и рогов северного оленя.
Первоначальное освоение человеком севера Азии, совершавшееся в конце ледниковой эпохи, стало возможным лишь после того, как первобытные охотничьи племена Восточной Европы создали в борьбе с суровой природой эту самобытную арктическую культуру. И уже затем они могли подвигаться все дальше и дальше: сначала к Уралу, потом еще далее на Восток, пока, наконец, не достигли берегов Байкала. Но первобытные охотники не остановились и здесь.
Продолжая неудержимо двигаться вслед за стадами диких животных, они шли в новые области, богатые дичью. Такими областями, наиболее удобными для расселения охотничьих племен, оказались долины реки Лены, Алдана, Зеи, Амура. Далее их путь шел по древнему мосту, соединявшему Азию с Америкой. И племена охотников перешли в Новый Свет, став предками его коренных жителей.
Историческая заслуга первых обитателей Сибири и Дальнего Востока бесспорна. Именно они, пионеры Севера, в погоне за мамонтами и носорогами, за стадами северных оленей и быков открыли эту совершенно новую для человека страну, протоптали на ее девственной почве первые тропы и разожгли свои очаги, заложив основу дальнейшего развития культуры и завоевания человеком необозримых пространств Севера.