Путятин особенно интересовался Сахалином с тех пор, как узнал, что президент США приказал коммодору Перри и капитану Рингольду создать на месте открытых там каменноугольных залежей топливные базы для пароходов, курсирующих между Сан-Франциско и Шанхаем. Поэтому он и предупреждал русское правительство об опасности захвата американцами Сахалина. Для предотвращения такой опасности он предлагал настаивать на границе между Россией и Японией по проливу Лаперуза, то есть, иными словами, владеть всем островом, а не только Северным Сахалином. Но начало переговоров в Японии умышленно затягивалось японской стороной.

Переговоры были прерваны в связи с открытием военных действий: началась Крымская война. В посланном Путятину 16 января 1854 года предписании великого князя Константина говорилось: "По нынешним обстоятельствам государь император повелевает Вам итти немедленно при первой же возможности в гавань Де-Кастри близ устьев Амура и находиться там со всеми вверенными Вам судами в распоряжении генерал-губернатора Восточной Сибири, от которого получите дальнейшее назначение".

Строптивый Путятин, послав все корабли в соответствии с предписанием, сам с "Палладой" остался в Императорской гавани ожидать генерал-губернатора, который спускался по Амуру и на встречу с которым теперь уже вторично, после свидания с Римским-Корсаковым, спешил Невельской. Адмирал-дипломат был уверен в том, что обороняться от англо-французов нужно именно в Императорской гавани, которая не одного его пленила своеобразием, а в особенности многочисленными бухтами, а потому распорядился строить батареи на берегах бухты Постовой, где располагался Константиновский пост.

Между тем шедший далеко впереди всего сплава пароход "Аргунь" с Муравьевым на борту 12 июня прибыл в Мариинский пост. За неделю до этого по пути Николай Николаевич наметил место для будущего города. На месте слияния Уссури с Амуром он увидел высокий, густо поросший вековым лесом правый берег. "Вот где будет город", — сказал он, указывая рукой на отдельную, выступавшую из общего очертания берега, скалу. И действительно в 1858 году тут был заложен город Хабаровск.

Караван достиг Мариинска 15 июня. А накануне в семи верстах от поста состоялась встреча Муравьева с Невельским. Ни участники встречи, ни современники не оставили подробностей беседы двух главных деятелей той эпохи на Дальнем Востоке, однако совершенно ясно, что разговор был нелицеприятный и откровенный. Невельской получил приказ: сосредоточить все силы Амурской экспедиции в устье Амура, доступ к которому не был известен английским и французским морякам. Муравьев настаивал также на укреплении Петропавловска-Камчатского. Невельской хотя и был против, но безупречно распоряжался отправкой войск и снаряжения на Камчатку. С этой целью от озера Кизи, то есть от Мариинского поста, до гавани Де-Кастри проложили просеку, по которой отправились 350 человек, предназначенных для усиления Камчатского гарнизона. Туда их доставили транспорты "Иртыш" и "Двина" под командой капитана I ранга А. П. Арбузова. Конная казачья сотня и батарея горной артиллерии оставались в Мариинском, а полторы сотни казаков ушли в Николаевский пост.

Муравьев с Невельским прибыли в гавань Де-Кастри Iутром 19 июня. Тут их встретили Н.М. Чихачев, Н.В. Буссе и начальник поста Я.И. Купреянов. В.А. Римский-Корсаков доложил о готовности шхуны "Восток". Вот каковы были его впечатления о генерал-губернаторе: "В половине первого показался из северной бухты вельбот, который вскоре пристал к берегу. Из него бодрою поступью выскочил на берег человек небольшого роста, крепкого сложения, с лицом, которое с первого взгляда мне не понравилось. Ласково приветствовал он Буссе, Чихачева, Купреянова, ожидавших его вместе со мною на берегу, и, приняв мой рапорт, протянул руку. Таково было мое первое свидание с этим замечательным человеком, который своими энергическими и дальновидными распоряжениями в короткое время двинул Сибирь во всех отношениях так, что заставил всю Россию обратить на нее внимание.

В доме начальника поста немедленно состоялся совет, на котором и было принято решение шхуне идти в Императорскую гавань, "Двине" и "Иртышу" с десантом — Я в Петропавловск, "Байкалу" — в Аян. Тут же приняли решение и о том, как оборонять Приамурье и Петропавловск. 20 июня рано утром "Восток" отправился в путь. Его командир отметил в своем дневнике любопытные черточки характера Муравьева: "Он бойко поздоровался с командою, и приветствие его ясно показало, что он умеет говорить с солдатом… Генерал весь день был очень разговорчив, весел и любезен. Он хорошо рассказывает, логически доказывает и в обращении очень прост, свободен и привлекателен. В разговорах касательно войны он выказывает пылкий и, даже можно назвать, мечтательный патриотизм и большую уверенность в храбрость и искусство русских войск. Это в нем доходит до пренебрежения к таким войскам, как английские и французские. Он немало путешествовал в последнее время по Европе, преимущественно по Франции и Испании, и рассказы его об этом приятно слушать".

Шхуна пришла в Императорскую гавань 21 июня, где и произошла встреча генерал-губернатора Восточной Сибири с командующим Тихоокеанской эскадрой вице-адмиралом Е.В. Путятиным. Между ними сколько-нибудь серьезных разногласий не оказалось, и совещание по-деловому быстро завершилось. Было принято решение укреплять устье Амура, Муравьевский пост на Сахалине временно снять, но продолжить переговоры в Японии, имея в виду весь остров. На следующий день Муравьев на шхуне "Восток" ушел в Петровское. Ему хотелось своими глазами взглянуть на лиман Амура, на места, о которых так много рассказывал Геннадий Иванович, пройти по открытому Невельским проливу. Римскому-Корсакову, который однажды — летом 1853 года — уже водил шхуну по лиману до самого устья, ничего не оставалось делать, как доставить такое удовольствие высокому гостю.

Частые туманы, а с ними и неизбежные посадки на мель задержали возвращение в Петровское до второго июля. Зато Муравьев сам убедился, что по лиману вполне можно плавать. Надо только ограждать фарватеры и постоянно поддерживать в порядке навигационное ограждение. На следующий день в Петровском появились Невельской и Казакевич. Шхуну генерал-губернатор 4 июля отправил в Аян. С распоряжениями, письмами и докладами в Иркутск выслали Корсакова и Буссе, а также Свербеева. С ними вместе отправился получивший отпуск Бошняк. Муравьев же со свитой и в сопровождении Невельского и Казакевича на оленях выехал в Николаевский пост. Он стремился везде побывать, все осмотреть, все испытать, чтобы иметь право говорить — "я видел сам". 7 июля караван оленей появился в Николаевском посту. Правителя края и его спутников встречал начальник поста мичман А.И. Петров.

О том, как прошли последующие дни, можно узнать из дневника мичмана: "Во всю бытность Муравьева в Николаевске время прошло хотя хлопотливо, но приятно. В восемь часов утра пили чай, в час дня был обед и кофе, в шесть часов чай, а в девять часов ужин, в полном смысле русский. После ужина до одиннадцати часов и позднее Муравьев и мы с ним гуляли по мосткам. Шуткам не было конца… Муравьев в Николаевске ходил в статском коротеньком пальто, я и другие в сюртуках без эполет…"

Наступила пора возвращаться в Иркутск. Но генерал-губернатор ожидал возвращения шхуны из Аяна. Ей предстояло еще сходить на Сахалин за углем, лишь после этого Муравьев со свитой 8 августа покинул Николаевск. Переход оказался трудным, пришлось пережидать непогоду в заливе Счастья. 15 августа бросили якорь в Аяне. А на следующий день В.А. Римский-Корсаков получил приказ идти в Петропавловск с почтой и предписанием правителя края фрегату "Аврора" зимовать в Петропавловской гавани. Здесь, в устье Амура, еще никто тогда не знал о нападении англичан и французов на Камчатку…

Из Аяна Муравьев, озабоченный предстоявшим продолжением переговоров с Японией, писал Путятину 18 августа: "В отношении переговоров с Японией я считаю долгом повторить здесь мое мнение, что лучше оставить пограничный вопрос в неопределенном по-прежнему положении, чем утверждать за ними хоть самомалейшую часть Сахалина… О неразделенности нашего владения Сахалином я получил с последним курьером из Петербурга весьма положительное мнение, но не из Министерства иностранных дел; а потому и не считаю себя вправе сообщить об этом Вашему Превосходительству официально, а передаю как бы на словах, тем более что однажды изъясненная высочайшая воля о том, что Сахалин наш, не может подлежать изменению".