Между тем Петербург чествовал защитников Петропавловска, восторгался умением и прозорливостью Завойко и Муравьева. Биограф Муравьева писал: "Итак, не спрашивая даже предварительного разрешения государя, Н.Н. Муравьев решился оставить Петропавловск и перевести эскадру и все учреждения на Амур. Вследствие такой замечательной находчивости неприятель, как мы увидим; далее, был чрезвычайно озадачен, не найдя нашей эскадры ни у берегов Камчатки, ни у берегов Татарского пролива. Это действие ярко обрисовывает характер Муравьева, который, зная хорошо государя Николая Павловича, осмелился, не спросившись его, взять на свою ответственность такую важную меру, как бросить на произвол судьбы целую страну, чтобы спасти то, что должно было спасти. Это решение его можно назвать поистине геройским".

Так думали многие. Но сам-то Муравьев хорошо знал, что это все ложь. Однако признать во всеуслышание правду было выше генеральских сил. Гораздо легче оказалось убрать подальше тех, кто осмелился перечить ему. И он начал изгонять людей, благодаря которым нажил немалую долю своего авторитета и популярности. Сначала вынужден был уйти Зарин, его правая рука в Иркутске, теперь Муравьев стал проявлять неудовольствие по отношению к Запольскому, им же самим выдвинутому на пост губернатора Забайкалья и атамана тамошнего казачьего войска. А затем наступила очередь Невельского. 25 февраля 1855 года в письме к Корсакову генерал-губернатор выразил резкое недовольство тем, что Невельской осмелился строить батарею не там, где показал Муравьев, а на другом месте. И вывод, как выстрел: "Он оказывается так же вреден, как и атаман: вот к чему ведет честных людей излишнее самолюбие и эгоизм!" К чину контр-адмирала своевольный офицер был уже представлен. Так что теперь, не теряя лица, можно было спокойно обдумать и способ избавиться от него.

Но пока еще Геннадий Иванович был нужен. Второй сплав состоял из трех отрядов, или отделений. В апреле 1855 года они начали свое плавание по Шилке и Амуру. С первым отделением, которое возглавлял сам Муравьев, на 26 баржах было доставлено основное продовольствие и часть войск. Второе отделение под руководством полковника Назимова состояло из 64 барж со 150-пудовыми крепостными орудиями — самая тяжелая и самая хлопотливая часть сплава, замедлявшая его продвижение частыми посадками на мель. Третье, порученное М.С. Волконскому, включало 35 барж, на которых располагались первые русские поселенцы на Амуре — иркутские и забайкальские крестьяне. Им предстояло освоить земли на левом берегу реки между Мариинском и Николаевском. И действительно, летом тут возникли пять русских сел, или, как еще их тут называли, станиц: Иркутское, Богородское, Михайловское, Ново-Михайловское и Сергиевское. Всего переселилось 51 семейство, общей численностью 481 человек. Со сплавом следовала и экспедиция Сибирского отдела Русского географического общества во главе с натуралистом Р.К. Мааком.

По пути к устью Амура в Мариинском произошла встреча главы русской власти на востоке с представителями Китая. Предложение русской стороны сводилось к тому, чтобы "провести границу по левому берегу Амура и вдоль всего течения реки от Горбины до впадения ее в море, оставляя вам все населенные вами места на правом, кроме занятых нами мест и Приморского края, во избежание споров". То есть Муравьев уже тогда, в сентябре 1855 года, сформулировал основной тезис, по которому установление "естественной границы между Китаем и Россией по линии Амура могло бы полностью, ко взаимной выгоде, покончить с вековой неопределенностью". Именно эти положения легли три года спустя в основу Айгунского договора.

Несомненно, что все эти мероприятия проводились с "высочайшего" ведома. Уже в июне 1855 года царь признавал необходимым "утвердить за Россиею весь левый берег Амура". Было принято решение вступить в прямые переговоры с Китаем. Представлять российские интересы на них должен был генерал-губернатор Восточной Сибири. Продумано было и новое административное устройство Амурского и Приморского краев. Преобразование устраняло необходимость Амурской экспедиции, которую столько лет бессменно возглавлял Г.И. Невельской.

И когда Муравьев прибыл со вторым сплавом в Мариинский пост, он послал оттуда в Николаевск к Невельскому мичмана К.Ф. Литке (сына известного мореплавателя и ученого) со следующим предписанием:

Каждому было ясно, что такое назначение являлось, по сути, устранением Невельского от активной деятельности и предваряло его фактическое удаление с Дальнего Востока. Так оно и случилось. Как уже говорилось, перемены в отношении генерал-губернатора к мореплавателю наметились еще в 1854 году. И это тотчас заметили окружавшие их люди. Характерно в этом отношении письмо Н. В. Буссе своему полковому товарищу М.С. Корсакову от 14 декабря 1854 года. "Ты уже знаешь, — писал он, — что Н.Н. (Муравьев. — А.А.)хочет перевести Завойку на устье Амура. Тебе я прямо высказываю свои мысли. Невельской не годится теперь для Амура, его время прошло. Теперь надо человека положительнее (значит, Невельской уже считался "отрицательным" в близких к губернатору кругах. — А.А.).Завойко хорош. Я уже давно тебе говорил это. Но еще есть край, о котором надо озаботиться, — это Забайкальская область. От нее много зависит успех на Амуре. Запольского не знаю, но, кажется (видите ли, Буссе кажется! — А.А.),он плох. Послушай, Миша, скромность в сторону — ты должен быть Забайкальским правителем, все равно под каким именем".

Можно сказать, что Буссе оказался почти что пророком: Корсаков стал войсковым атаманом и губернатором Забайкалья, а сам Буссе — первым губернатором образованной (многие шутили — специально для него образованной) Амурской области. Вот так, келейно, почти по-домашнему решались вопросы огромного политического значения, так раздавались губернаторские и иные должности даже при таком незаурядном человеке, каким все же, несомненно, являлся Н.Н. Муравьев. Умный и решительный политик и вместе с тем — облеченный огромной властью сановник Муравьев, естественно, чем дальше, тем больше не выносил людей, чрезмерно, по его мнению, проявляющих инициативу или недостаточно четко проводящих в жизнь его предначертания. Такими стали Невельской, а вскоре и Завойко, Обоих он решил убрать отсюда, но, разумеется, отнюдь не доводя дело до скандала. И потому Муравьев сначала с почетом провожает Невельского, а уж затем находит способ сделать то же самое с Завойко — тот понял сам и попросился уехать по болезни.

Генерал-губернатор откровенно делится намерениями со своим родственником и приближенным Корсаковым в письме от 25 февраля 1855 года: "Для успокоения Невельского я полагаю назначить его при себе исправляющим должность начальника штаба; Завойку начальником всех морских сил, а тебя — всех сухопутных, разумеется, по прибытии твоем в Кизи, для дел же будут при мне дежурный штаб-офицер по морской части Оболенский и по сухопутной не знаю еще кто. Таким образом Невельской с громким названием не будет никому мешать и докончит свое там поприще почетно (подчеркнуто Муравьевым. — А.А.)". Муравьев достаточно тонко провел задуманную "операцию". Возле него остались только достаточно послушные люди. К таким в первую очередь относились Корсаков, Буссе, Кукель, Венцель и каким-то чудом уцелевший Казакевич — видимо, чтобы управлять Приморским краем, все-таки желательно было держать там настоящего моряка.