Невзирая на падение Свеаборга, шведы упорствовали в защите Финляндии. Для облегчения участи своих войск, они стали морем подбрасывать подкрепления. 7 июня шведский десант из четырех тысяч человек высадился при Лемо и двинулся к Або. Батальон Либавского полка с одним орудием ненадолго мог задержать шведов, и даже посланный ему на помощь с немногочисленным отрядом генерал Багговут не спасал положения. Коновницын употребил все возможное, чтобы срочно изыскать резервы. Сводный отряд бегом стекался на сборное место. Дав людям десять минут необходимого отдыха, он бросил их на помощь Багговуту, вот уже пять часов отбивавшемуся от превосходящих сил. Приведенная пехота решила дело: Невский батальон усилил стрелков, а Перновский ударил в штыки. Шведы дрогнули и побежали, преследуемые до самого берега.

Позже ему пришлось действовать на «стихии, дотоле ему незнакомой», на море. Когда стало известно о приближении к финскому берегу шведских галер, он оперативно организовал оборону. 22 июня на случай высадки десанта на мысе острова Рунсало поставил в засаде стрелков, а сам возглавил гребную флотилию, на удивление «искусно маневрируя ею, как на сухом пути». Два часа шведы безуспешно атаковали левое крыло русских, но были всегда отбиваемы хладнокровною пальбою с близкого расстояния. Тогда они двинули на Коновницына мощный кулак из двенадцати канонерских лодок. Одновременно, под прикрытием канонады, галера и несколько вражеских транспортных судов подошли к острову, намереваясь высадить десант, чтобы ударить русским в тыл, но артиллерийский огонь и сидевшие на мысу стрелки не допустили неприятеля. Тогда шведы усилили натиск на фланги и принудили их несколько отступить, в то время как по центру ударили шесть их галер и четыре канонерские лодки, намеревавшиеся прорвать линию русских судов. Коновницын и в этой критической ситуации не растерялся, решив напрячь все усилия на то, чтобы потопить флагманскую галеру и тем расстроить их ряды. Намерение его удалось, атакованная сразу пятью лодками, она была тут же подбита и на буксире выведена из-под огня. Та же участь постигла и другую галеру, были подбиты также несколько иолов и канонерских лодок.

Наступившая ночь не принесла русским облегчения, шведы не прекращали огня, намереваясь прорваться за линию судов. Стреляя изо всех своих орудий, они вдруг «с ужасным криком пошли на нас». Но Коновницын не дрогнул. Он дерзко двинул вперед все свои суда, загремело встречное могучее «ура!», громыхнула русская артиллерия, осыпавшая неприятеля картечами, гребцы изо всех сил навалились на весла. Не ожидавшие подобной встречи шведы смешались, отступили и скрылись за острова. Коновницын преследовал их еще с версту. Он доносил: «Ни одно из наших одиннадцати судов не оставляло линии. Исправляя на месте, что было нужно, они снова открывали огонь». До конца жизни с особенной теплотой вспоминал Петр Петрович о своем единственном морском сражении.

В середине лета он был участником другого морского боя, действуя береговыми батареями по шведской флотилии. Когда шведы отступили, главнокомандующий беспечно расположился со своим штабом на заброшенной мызе на пустынном острове Кимито обедать. Внезапно появились скрытно высадившиеся на острове шведы, устремившиеся на мызу. Произошла общая тревога, если не паника. Коновницын поднял в ружье всех, кто мог держать оружие, ударил в штыки и опрокинул неприятеля. Шведы побежали на суда, причем поручик артиллерии «Глухов зажег брандскугелями и принудил сдаться одно неприятельское судно с девятью десятками человек на борту и шестью орудиями конной шведской артиллерии». Всего в этом бою Коновницыным было взято два судна, сто пятьдесят человек пленных и шесть орудий, за что пожалован ему был Георгиевский крест 3-й степени.

По окончании войны в 1809 году Коновницын был назначен командиром 3-й пехотной дивизии, а также шефом Черниговского мушкетерского полка. В продолжение двух предшествовавших 1812 году лет, по случаю разрыва с Англией, он охранял со своей дивизией и войсками, расположенными по берегам Балтийского моря, «все побережье от Полангена до Гаапсаля, включая Эзель и Даго». Предупреждая возможности неприятельских высадок, он «неустанно заботился об устройстве вверенной ему дивизии и довел ее до истинного совершенства». Когда в начале 1812 года Александр I инспектировал 1-ю Западную армию, то 3-ю пехотную дивизию выделил изо всей армии. Ее начальнику была пожалована теперь уже вторая, украшенная алмазами табакерка с портретом царя, который удостоил награжденного завтракать у него в Троках — редкое для того времени отличие, и каждого нижнего чина дивизии наделил пятью рублями. Похвалы императора командир счастливым счел для себя разделить с «господами полковыми командирами, как товарищами, коих ценить и уважать я истинно умею», — писал он в приказе по дивизии.

Первая встреча генерала Коновницына с неприятелем в Отечественную войну произошла 14 июля под Островно. Армия Барклая, выставив для прикрытия сильный арьергард к Островно под командованием Остермана-Толстого, поджидала у Витебска 2-ю Западную армию Багратиона. Отчаянно отбиваясь от превосходящих сил противника, Остерман понес большие потери, и на следующий день Коновницын со своей дивизией сменил изнуренные боем войска. Став при корчме Кукавячино в восьми верстах от Островно, Коновницын на высотах, поросших мелким лесом, устроил сильные батареи, а колонны пехоты поставил скрытно. Утром французы атаковали его аванпосты. Преследуемые кавалерией противника, они отошли на основную позицию, центром которой являлась разрезавшая ее дорога. По фронту перед нею был большой овраг, фланги с одной стороны были прикрыты Двиной, а с другой — густым лесом. Мюрат и вице-король итальянский объединенными силами атаковали левый фланг Коновницына, но атаки в непролазном лесу без поддержки кавалерии захлебнулись. Правый фланг также стойко держался и после двух отбитых атак сам ударил в штыки. Но контратака эта не имела успеха, поскольку к французам со свежими силами подоспел сам Наполеон, о чем Коновницын тут же узнал от пленных и от донесшегося из неприятельского лагеря восторженного крика французов, приветствовавших своего императора. «Честь сражаться с самим Наполеоном подвинула его на новые усилия», но силы были слишком неравны. «Что прикажете делать?» — спрашивали у него в надежде на приказ к отступлению. «Не пускать неприятеля!» — был неизменный ответ. Тут французы атаковали по всему фронту, намереваясь выбить русских из лесов, и ни отвага войск, ни храбрость и бесстрашие самого Коновницына не смогли удержать неприятеля. Воодушевленные присутствием самого императора, французы, которые еще практически не были в деле, шли напролом и даже захватили несколько русских орудий, которые тут же были отбиты штыками Черниговского полка. Имея позади себя узкий лесной проход, Коновницын предусмотрительно переправил через него часть артиллерии и только после этого отступил. Брошенные ему на подкрепление корпус Уварова и 1-я гренадерская дивизия под командованием Тучкова встретились уже по дороге. Командование принял старший по званию Николай Тучков.

Только вечером французы заняли лес, в котором еще некоторое время не умолкала пальба. Сбив с позиции Коновницына, «не приобрели они никаких трофеев, кроме поля сражения». К ночи войска отступили к Витебску, выполнив задачу удержать Наполеона сколько это возможно. На другой день выяснилось, что Багратион не сможет соединиться с первой армией и отступает к Смоленску. Барклай повел свою армию туда же.

Это сражение было одним из первых крупных дел русской армии с французами. Потери с обеих сторон были огромные. Только в одной 3-й пехотной дивизии недосчитались убитыми, ранеными и пропавшими без вести 1215 человек. Потери французов значительно превосходили наши. Как писал Петр Петрович: «Его колонны при батареях наших падали мертвыми». Сохранилось и письмо того времени, в котором он под свежим впечатлением рассказывает своей жене Анне Ивановне об этом сражении: