18 сентября 1544 года в Крепи Карл V и Франциск I подписали мир, по условиям которого король Франции отказался от всех прав на итальянские, испанские и немецкие земли и обязался в союзе с императором выступить против турок. Теперь Карл V освободился и мог вплотную заняться внутренними проблемами империи. Прибыв в Кельн, он сделал строгое внушение Германну, но на большее не осмелился, поскольку перебежчик все еще носил официальный титул архиепископа, а в глазах остальных князей оставался курфюрстом. 9 октября 1545 года городской совет и капитул обратились с ходатайством в Рим, но прошло долгих полгода, прежде чем папа Павел III, дипломат и противник скорых решений, сказал свое слово. Лишь 16 апреля 1546 года вышел указ о низложении Германна фон Вида и его отлучении от Церкви. На его место назначили ревностного католика Адольфа фон Шаумбурга. Кельн остался в лоне католической Церкви. Кельнские викарные епископаты Мюнстер, Оснабрюк и Мюнден последовали примеру метрополии. Лютер этой победы папизма уже не увидел: он скончался двумя месяцами раньше.

Зато он успел насладиться падением Генриха Брауншвейгского. Низложенный герцог с отчаянием наблюдал, как его бывшие владения превращаются в арену грабежей, разбоя и притеснений. Он предпринял попытку отвоевать их, принял бой от объединенного войска Филиппа и Иоганна-Фридриха, потерпел поражение и сам попал в плен. Ландграф, в первый и, пожалуй, последний раз в жизни оправдав свое прозвище Великодушного, потребовал освобождения побежденного соперника, но тут в дело вмешался Лютер. Просить свободы для «этого злодея и опасного прислужника римского идола» означало, по его мнению, посягать на Евангелие и волю Господню, которая столь «ярко проявилась в этой войне, вдохновляемой ангелами».

Совещание в Регенсбурге, состоявшееся в январе 1547 года, стало еще одним актом пустого кривлянья, показав сторонникам сохранения мира, что они только зря теряют время. Германию уже сотрясал грохот солдатских сапог, оба противоборствующих лагеря вовсю ковали мечи, а богословы, исчерпав последнюю надежду добиться взаимных уступок, теперь только анафематствовали в адрес друг друга. Власть предержащие забыли о религии и думали лишь о пушках. Католическую партию спасли в это время два человека, прежде объединившиеся для войны с французами. Это были Карл V и Мориц Саксонский, заключившие между собой пакт. Мориц затаил на союзников лютую злобу за то, что они расширили свои владения за счет Генриха Брауншвейгского. С одной стороны, Филипп Гессенский приходился ему тестем, но с другой — он подверг публичному унижению его тещу, к тому же дочь его дяди Георга. Мориц питал большое уважение к Георгу и охотно принимал на службу по его рекомендации советников-католиков и даже канцлера. С Иоганном-Фридрихом они и вовсе были кузенами, однако им явно стало тесно вдвоем в одной Саксонии. Слишком прочно засело в памяти воспоминание о Вюрцене, и все эти пять лет Мориц только выжидал, когда подвернется случай захватить город. Условия пакта не отличались сложностью: герцог Саксонский присягнул служить императору и обязался выступить против Шмалькальденского союза. В случае победы ему доставалась вся Саксония и титул курфюрста в придачу. 31 марта умер Франциск I. Это означало, что бдительность на французской границе можно было слегка ослабить. Карл и Мориц вместе радовались счастливой вести.

Первыми перешли в наступление протестанты, чью армию возглавил Себастьян Шартлин. Император, расценивший эту акцию как мятеж, объявил обоих князей-зачинщиков вне закона. Протестантские войска разбили баварцев и заняли город Фюссен, открыв себе путь в тирольские земли. Отсюда они двинулись на Тренто, где наконец-то открылся Вселенский собор. Одна мысль о том, что папа вот-вот окажется в их руках и они смогут делать с папистами все, что захотят, пьянила их. И в это время к курфюрсту Саксонскому прибыл гонец с сообщением, что в его земли вторгся герцог Мориц. Иоганн-Фридрих, а вслед за ним и Филипп Гессенский дружно решили, что игра зашла слишком далеко, а жертвовать собственными землями никак не входило в их планы. Подоспевшая имперская армия под командованием Карла V отбила Ульм, Аугсбург, Франкфурт, Гейльбронн. Герцог Вюртембергский разом утратил воинственный дух и вышел из союза, уведя с собой и войско. Карл V овладел Южной Германией, и армия протестантов откатилась к северу, где соединилась с войском Филиппа Гессенского. Император, изрядно постаревший за 30 лет непрерывных войн, передал командование герцогу Альбе, успевшему прославиться в Фонтарабии и Тунисе. Альба повел дело весьма умело и сумел соединиться с полками Морица Саксонского, взявшими к этому времени Галле. Шмалькальденцев вытеснили в долину Эльбы, к югу от Торгау. Решающее сражение разыгралось 24 апреля 1547 года близ Мюльберга, на границе обеих Саксоний. Шмалькальденское войско было разбито наголову и в панике бежало. Филипп Гессенский сложил оружие, Иоганна-Фридриха взяли в плен. Мориц получил обещанное — титул курфюрста и земли побежденного врага. Амсдорфа из Наумбурга изгнали, и сюда вернулся епископ Иоганн фон Пфлюг. Генриха Брауншвейгского освободили из заточения и вернули ему все владения.

Уже на следующий после битвы день жители Виттенбер-га, этой цитадели Реформации, с горечью наблюдали за вступлением в их город императора-католика. «Сир, — обратился к нему герцог Альба, — я полагаю, что теперь нам должно извлечь из земли прах ересиарха и предать его огню». «Я воюю с живыми, — отвечал ему Карл, — но не тревожу покоя мертвых».

Параллельно с Германией распространение протестантизма шло и в Северной и Центральной Европе. Одним из первых активный интерес к учению Лютера проявил князь-епископ Бреслау Иоганн V. В 1523 году герцог Лигница Фридрих II, силезский вассал короля Чехии, призвал к себе лютеран, способствуя проникновению Реформации на территорию Силезии. В 1526 году герцог Прусский Альбрехт I поручил группе проповедников заняться организацией новой Церкви на своих землях. Он ввел отправление литании на польском языке и потребовал от всех своих подданных исполнения Аугсбургского вероисповедания. Одновременно некоторое число польских аристократов вопреки воле короля Сигизмунда склонились к Реформации и начали внедрять новое вероучение в своих поместьях.

В скандинавских странах религиозные перемены совершались на волне политических столкновений, сотрясавших побережье Балтики. Христиан II, король Дании, Норвегии и Швеции, зять Карла V, женатый на его сестре Изабелле, поссорился со своими епископами и серьезно подумывал о переходе под крыло Реформации. Этим планом он поделился с Меланхтоном, который направил к нему одного из своих учеников, Мартина Райнхарда. Обращение населения в новую веру пошло далеко не так гладко, как предполагалось, и сопровождалось жестокими репрессиями против особенно строптивых монахов. Не менее печальная судьба ожидала и архиепископа Лунда, примаса Скандинавии, посмевшего возмутиться кровавыми методами новых проповедников. Против Христиана II дружно выступило дворянство, добившееся его низложения. Тогда на престол вступил его дядя Фридрих Гольштейнский, тоже лютеранин. Не желая пугать подданных сверх меры, Фридрих I принес в день коронации клятву поддерживать католичество и бороться с ересью, что не помешало ему в 1527 году протащить на рейхстаге в Оденсе указ, уравнявший в правах обе конфессии.

Это был лишь один эпизод в истории становления государственной религии. Король получил право назначать епископов и принялся раздавать церковное имущество тем, кто перешел в лютеранство. Еще более действенные меры принял его сын и наследник Христиан III (1534—1559), друживший с Лютером. Начал он с того, что посадил в тюрьму всех епископов, а выпустил оттуда только тех, кто соглашался принять новую веру, навязанную государем. Об эффективности этого метода говорит тот факт, что участвовать в сделке отказался один-единственный епископ, так и окончивший свои дни в темнице. Устанавливать новую церковную иерархию прибыл Бугенхаген, лично рукоположивший в сан семерых священников-лютеран. Он же сформировал новый епископский корпус. Полная смена кадров произошла и в Копенгагенском университете. Сохранившие верность Церкви священники были лишены сана, а светская профессура подверглась ущемлению в правах вплоть до лишения права наследования.