Именно в этот момент на исторической арене снова появился глава анабаптистов Томас Мюнцер. В отличие от Лютера, его волновали совсем другие проблемы. Он нисколько не осуждал бесчинства, творимые восставшими крестьянами, поскольку считал, что ими движет Провидение, призвавшее их для установления царства равенства на земле. Он не видел различий между князьями-католиками и князьями-лютеранами, между священниками старого толка и проповедниками нового учения. По его мнению, любая власть на земле заслуживала уничтожения, и виттенбергских пасторов следовало выкинуть на одну помойку с римскими прелатами. Когда вспыхнуло восстание, он понял, что сами небеса посылают ему знак. Приехав в Мюльхаузен, расположенный к северу от Эйзенаха, он сейчас же собрал вокруг себя всех местных смутьянов. Захватив власть в городе, они начали жечь окрестные монастыри. Вскоре Мюнцер обратился к рудокопам Мансфельда с таким воззванием:

«Вставайте, если хотите, чтобы с вами восстал Бог! У вас нет выбора: или примете муку Божью, или станете мучениками диавола! Поднимайтесь на Божий бой! Вы знаете, что на самой Святой Неделе в Фульде разорили четыре церкви? В Клегене и Шварцвальде уже поднялось триста тысяч крестьян, и число их растет с каждым днем. Одного боюсь, как бы эти безумцы не подписали какого-нибудь обманного мира, который приведет к самым роковым последствиям... К оружию, к оружию, к оружию! Час пробил! Злодеи уже дрожат, как жалкие псы! Они будут упрашивать вас, будут рыдать и молить пощадить их детей. Не поддавайтесь! Не слушайте стонов нечестивцев! Поднимайте деревни, поднимайте города, зовите за собой рудокопов! К оружию, к оружию, к оружию! Пока железо горячо, не дайте остыть своим обагренным кровью мечам! Пока живы эти людишки, вас будет вечно преследовать страх... Слышите, Бог шагает в строю? За ним!»

Скоро саксонские князья спохватились. Филипп Гессенский, Георг Саксонский, Генрих фон Брауншвейг, Альбрехт и Эрнст Мансфельдские каждый на своих землях дали крестьянам несколько сражений, в результате которых силы последних значительно уменьшились. В конце концов восьмитысячная крестьянская армия собралась под Франкенхаузеном и стала готовиться к решительному бою. Внимательно следившие за передвижениями крестьянских отрядов князья также начали стягивать силы воедино. Мюнцер понял, что наступил решающий миг — крестьянская армия против объединенного княжеского войска! Он примчался в лагерь восставших и здесь узнал, что идет обсуждение недавно полученных мирных предложений. Ни за что! Никаких переговоров! Бог не простит нам этого, увещевал Мюнцер повстанцев. Эти слуги сатаны, эти узурпаторы власти и защитники лютеранства должны быть уничтожены. Графам Мансфельдским он направил исполненное презрения письмо, в котором говорилось: «Разве ты не знаешь, что Бог приказал всем птицам небесным клевать княжескую плоть, а всем диким зверям — питаться княжеским мясом? Одумайся и обратись, пока не поздно! Приходи к нам, и мы примем тебя, как простого брата». Вручив это послание княжеским эмиссарам, Мюнцер выпустил их из своего лагеря, оставив лишь одного молодого рыцаря, которого велел казнить. Разумеется, после этого ни о каком мире ни одна из сторон уже не могла и мечтать.

Завидев издали вражеское войско, Мюнцер выстроил крестьян за частоколом и произнес речь: «С нами Господь! Раньше земля и небо поменяются местами, чем Он покинет нас! Сейчас Бог сотворит для вас чудо. Они будут стрелять, но я своим рукавом отмету от вас все пули». Все утро в тот день шел дождь. Но вот тучи раздвинулись, проглянуло солнце, и над землей раскинулась огромная радуга. Это знак победы, ликовал Мюнцер. Княжеское войско пришло в движение. Крестьяне затянули гимн Святому Духу и принялись ожидать чуда. В это время грянул пушечный залп, и жалкое подобие оборонительных сооружений мюнцеровского воинства разлетелось в щепки. С изумлением крестьяне обнаружили, что кое-кто из их собратьев остался лежать на земле. А на них, потрясая мечами, уже неслись конные рыцари. Началось паническое отступление. Несколько часов спустя пять тысяч трупов убитых крестьян усеяли поле; остальным удалось разбежаться.

Рыцари окружили деревню Франкенхаузен, выволокли из домов три сотни прятавшихся крестьян и казнили их на месте. На чердаке одного дома слуга некоего рыцаря обнаружил лежащего в постели мужчину. «Я болен», — жаловался он. Мужчину обыскали, и последние сомнения рассеялись. Это был Мюнцер. Его переправили в Гельдрунген и устроили над ним суд. «Я хотел, — говорил он судьям, — добиться установления равенства в христианском мире. Те князья, которые выступали против, должны были умереть». Под пыткой его заставили выдать имена своих ближайших друзей, а затем приговорили к смерти. Вскоре рыцари отбили и Мюльхаузен, где вместе с Мюнцером казнили всех его сподвижников. Так завершилась в Саксонии Крестьянская война.

Лютер, верный своей привычке выносить оценки любым событиям, узнав о чудесной победе своих покровителей и трагической кончине своего врага, опубликовал книжицу под названием «Ужасная судьба Томаса Мюнцера». В казни Мюнцера он видел прежде всего поражение анабаптистов и уверял читателей, что сам Бог покарал этих еретиков за пропаганду ложного учения. «Несчастные сектанты, где теперь ваши речи, с помощью которых вы прельщали и увлекали за собой глупый народ? Где Мюнцеров рукав, которым он собирался отгонять пули? Где тот Бог, который устами Мюнцера предрек его армии победу? Безумцам, не желающим внимать Слову Божьему, достались на долю бичи и пушечные ядра, как тому и следует быть».

Рыцари выиграли свою битву, однако в народе авторитет Реформации сильно пошатнулся. Действительно, Лютер открыто выступил на стороне угнетателей. Он попытался оправдаться. Когда один из членов городского совета Мансфельда Рюгель выразил удивление в связи с тем, что уже после победы Лютер продолжал настаивать на самых жестоких мерах наказания для побежденных, тот отвечал, что в души крестьян вселился дьявол, а потому их следовало перебить как бешеных собак. Впрочем, любую критику в свой адрес он неизменно воспринимал как происки сатаны, о чем и писал Амсдорфу: «Они назвали меня княжеским прихлебателем! Я знаю, то сатана святотатствует против меня и моего Евангелия! Пусть его, пусть себе брешет».

Вместе с тем он чувствовал потребность публичного оправдания и обратился к канцлеру графа Мансфельда Гаспару Мюллеру с открытым письмом «По поводу суровой книги против крестьян». Здесь он еще раз изложил свои политико-богословские принципы, сформулированные ранее: «Милосердие, кричите вы! Не о милосердии надо говорить, а о Слове Божьем, которое велит уважать власть и подавлять восстания. Как смеете вы толковать о милосердии, когда сам Бог взывает к каре?» Он жестоко высмеивал своих критиков, которые только теперь прониклись жалостью к побежденным. Где же были они со своей жалостью, когда бродяги жгли чужие дома и убивали людей? На самом деле, повторял он, речь идет о противоборстве двух начал, которые он не раз уже называл. «Есть два царства: одно Царствие Божие, другое — царство земное. В первом есть и милость, и милосердие; во втором же судят и карают злодеев и защищают добронравие. Смешивать эти два царства — значит возносить диавола на небеса, а Бога сталкивать в преисподнюю». Разумеется, солдаты, участвовавшие в подавлении восстания, порой перегибали палку, но с этим приходится мириться, потому что «Бог избрал их своим орудием, чтобы покарать нас».

Успеху Реформации на первом этапе ее развития весьма способствовало благожелательное отношение к ней со стороны гуманистов. Объективно и гуманисты, и лютеране руководствовались сходными мотивами, толкавшими их на критику Церкви. Прежде всего это касалось защиты свободного подхода к толкованию библейских текстов. Гуманисты, прекрасно владевшие древними языками и отлично знавшие светскую историю, изучали Библию с чисто научных позиций, отбросив в сторону католическую традицию и игнорируя авторитет Святого престола. В свою очередь Лютер и его ученики также провозгласили свободу от влияния религиозных авторитетов, правда, не во имя науки, а исходя из аксиомы свободного толкования: по их мнению, каждый христианин, на которого снизошла благодать Святого Духа, сам по себе является Церковью. Гуманисты и лютеране сближались и в своих взглядах на мораль, и в критическом отношении к религиозной практике. И те и другие утверждали, что монастыри не приносят никакой пользы, а соблюдение безбрачия налагает на человека непосильную тяжесть, но при этом гуманисты выступали с жизнеутверждающих позиций, опираясь на пример языческой античности, а лютеране отталкивались от идеи бесполезности конкретных дел.