В те годы он ловко вмешивался в дела Авиньона и графства Венессен, распутывая — как всегда, к своей пользе — беспорядочно переплетенные нити и находя выход из ситуаций, которые без него наверняка не разрешились бы так счастливо. Главным тогда было сохранить мир и оградить имущество и торговые пути от банд сбившихся с пути солдат, возглавляемых капитанами, которые заявляли, что действуют от имени короля или итальянской лиги, но на самом деле преследовали собственные интересы и жили грабежом. Папскому протонотариусу Жану Розе не удавалось собрать против них значительные силы и обеспечить безопасность жителей. В январе 1479 года Бернар де Гарлан заполонил графство Венессен во главе полутора тысяч солдат, всадников и пехотинцев, захватил несколько укрепленных сел и вычистил деревни под гребенку, заявляя без зазрения совести, что он прислан Людовиком XI и идет через графство, чтобы помочь флорентийцам, которым все еще угрожает папа. Король под нажимом авиньонских послов отрекся от него и поручил своим комиссарам (бастарду де Комменжу и Бернару де Беарну, смотрителю мостов и соляных копей Лангедока) восстановить порядок. Все напрасно: Гарлан упорствовал и никуда не уходил. Жители Авиньона громко возмущались и слали гонца за гонцом, чтобы поведать о своих несчастьях. Они обвиняли Комменжа в бездействии, говоря, что тот отделывается уклончивыми словами, а то и вовсе заявляет, что обитатели графства Венессен «чересчур жирны, не мешало бы их слегка пощипать». В общем, этим-то и оправдывались все бесчинства. Король заплатил капитану-бандиту, и тот наконец покинул графство 16 марта 1479 года, разграбив его, разгромив и наполовину разрушив. Авиньонцы дорого заплатили за отсутствие настоящего покровительства и всё осознали, возблагодарив короля за то, что он употребил свою власть и свои деньги для их избавления.

Главный инициатор итальянской лиги, игравшей не последнюю роль, и великий миротворец, Людовик XI оказывал на Апеннинах такое же влияние, как некогда император. Но только ни на минуту не подвергаясь риску. Его преемники, от Карла VIII до Франциска I, не унаследовали этой мудрости.

По отношению к французской Церкви позиция Людовика всегда была двусмысленной. Как можно поддерживать папу, заключать с ним договоры и в то же время считать себя господином духовенства в своем королевстве? Требовать для себя всяких прав, распоряжаться назначением епископов, держать под контролем перемещения французских прелатов и перевод денег в Рим? Как запрещать соборные уложения, враждебные папской власти, и не слишком раздражать епископов, аббатов и докторов Университета — сторонников галликанства, и зачастую весьма активных? И уступать, хоть и немного, их притязаниям, при этом подчиняя их своей воле?

Карл VII велел собранию представителей духовенства и королевских советников, по большей части членов Парламента, подготовить Прагматическую санкцию (1438) — торжественную декларацию из двадцати трех статей, которая определяла в одностороннем порядке отношения между французской Церковью, королем и папским престолом. Эти статьи во многом отражали тезисы, выдвинутые Базельским собором 1431 года, в которых утверждалось главенство собора над папой, а также то, что каждая национальная Церковь должна пользоваться определенной независимостью. Множество высших королевских чиновников и церковных иерархов, близких к королевской власти, высказались в поддержку этих «соборных» теорий — явных проявлений галликанства, уже зревшего во многих церковных кругах. Поэтому Прагматическая санкция, утверждавшая, в частности, право государя непосредственно вмешиваться в назначение епископов и настоятелей крупных монастырей, была хорошо принята. Некоторые королевские советники дошли до того, что состряпали фальшивый документ, приписываемый Людовику Святому и датируемый 1269 годом, в котором заявлялось, что избрание епископов должно происходить без участия папы, и запрещалось агентам понтифика взимать чрезвычайные подати с французского духовенства. Эта «Прагматическая санкция Людовика Святого», чистая подделка, тем не менее имела большой успех и была предъявлена в Шартре в 1439 году, а затем в Бурже в 1452 году для обоснования Санкции 1438 года.

Оставалось одно щекотливое обстоятельство, и дофин Людовик, который, без сомнения, участвовал вместе с отцом в этом деле, осознал его серьезность. Базельский собор, находившийся под покровительством императора, состоял из множества более или менее признанных «богословов», монахов различных орденов, отобранных неизвестно по какому принципу, каноников, представленных в разном качестве, — то есть людей, провозгласивших самих себя уполномоченными, но среди них было мало кардиналов, епископов и аббатов. Собор уронил себя в глазах многих христиан, особенно в Италии, провозгласив низложение папы Евгения IV — венецианца, законно избранного в 1431 году римским конклавом; затем он провозгласил папой Амедея VIII, герцога Савойского, находившегося тогда в монастыре, который взял себе имя Феликса V. Всего через четверть века после долгожданного окончания Великого западного раскола (Констанцский собор 1415 года), в тот момент, когда папство, вернувшееся в Рим, силилось утвердиться приличествующим образом и поддержать единство Церкви в городе-зачинщике беспорядков и интриг, такие нападки со стороны людей из Базеля были плохо восприняты даже в рядах некоторых «галликан».

Карл VII отправил торжественное посольство (1447) в Лозанну к сторонникам Феликса V, чтобы убедить их отказаться от своей затеи. В следующем году другое представительное посольство, возглавляемое архиепископом Реймсским Жаном Ювеналом дез Юрсеном и Жаном Дове, генеральным прокурором Парижского парламента, отправилось в Рим на одиннадцати великолепных судах, нагруженных коврами и тканями, подарками и невероятным количеством съестного, чтобы поздравить и подбодрить нового, только что избранного папу Николая V. Феликс V отрекся в 1449 году, и весь народ в Риме и Италии почел французского короля Карла настоящим ревнителем веры.

Людовик XI пошел еще дальше. Вскоре после своего восшествия на престол, в ноябре 1461 года и в марте 1462 года, он отменил Прагматическую санкцию — вероятно, чтобы проявить в этом отношении, как и во многих других, свое желание перечить отцу, но также и чтобы лишить французских князей присвоенного права назначать своих людей на церковные должности. Его решение, хорошо воспринятое папой, было, разумеется, сильно раскритиковано многочисленными архиепископами и епископами Франции, а еще больше парижским Университетом и палатами Парламента; все они в один голос осуждали короля. Тот слегка уступил и издал один за другим, в 1463 и 1464 годах, ордонансы об исполнении законов галликанской направленности. Но отказался полностью восстановить Прагматическую санкцию 1438 года и остался глух к увещеваниям Парижского парламента, представленным в 1465 году в длинном и объемистом меморандуме из восьмидесяти девяти статей. Наоборот, он запретил в 1467 году то, что до сих пор разрешал, и французская Церковь во многом утратила свободу действий.

Подавляя воинствующее галликанство, выставляя себя врагом «соборных» теорий, он, однако, не собирался подчинить французскую Церковь Риму. Он поддерживал папу в противовес соборам и епископам, но собирался сам распоряжаться Церковью в своем королевстве и не упустил ни одного случая показать это на словах и на деле. Он больше всех своих предшественников вмешивался в назначения, сообщая о своем выборе, навязывая его недвусмысленным образом, без всякого удержу, и пуская в ход все средства, чтобы добиться своей цели. Он говорил, что речь идет о безопасности страны и о поддержании общественного порядка, так как опасно назначать епископом человека, связанного с врагом через отношения родства или подданства. При таком подходе завоевание новых территорий должно было вызвать многочисленные отставки. Следуя политике «францизации» и более тесного присоединения новых провинций к владениям короны, он потребовал от папы весной 1477 года восстановить в должности аббата Турнюса Франсуа Савойского, брата королевы Шарлотты, некогда смещенного герцогом Бургундским, который заменил его Жаном де Тулонжоном. Но король ничего не добился: Сикст IV подтвердил полномочия Тулонжона.