Изначально подразделение называлось ротой специального назначения. В ее состав входило всего пять человек, и размещались они в небольшой комнате на улице Марины Расковой. Позже, когда штаты увеличились до ста человек, подразделение перевели в помещение линейного отдела на речном транспорте. После 1995 года отряд перебазировался на свое постоянное место, где находится и по сей день.

У подразделения как бы две даты рождения — 1991 год, когда появилась рота спецназа, и 1993 год, когда по приказу министра внутренних дел Российской Федерации на базе роты был создан отряд милиции особого назначения при Московском УВД на воздушном и водном транспорте.

Территориально отряд расположен на окраине Москвы, рядом с МКАД. Это позволяет в случае экстренного вызова добраться до аэропортов «Внуково», «Домодедово», до Северного речного вокзала за считаные минуты.

Тренировки омоновцы проводят у себя на базе. В нескольких пустующих домах отрабатывают штурм и захват. Свою территорию они иногда предоставляют для боевой подготовки СОБРа, ОМОНа ГУВД и бойцов «Альфы».

В начале 90-х бойцы отряда почти ежедневно участвовали в силовых задержаниях, помогая оперативникам из уголовного розыска и сотрудникам РУБОП захватывать участников бандитских группировок, которые в те годы заполонили столицу.

В 1993–1994 годах в аэропорту «Домодедово» пыталась взять власть в свои руки солнцевская организованная преступная группировка. Бандиты устанавливали в аэропорту свои порядки. Действовали нагло и дерзко. Транспортная милиция с группировкой справиться не могла.

За один день боевики из группировки были способны ограбить несколько автобусов «Икарус», которые перевозили пассажиров от аэропорта до Москвы. Когда «Икарус» выезжал на Каширское шоссе, его подрезал один легковой автомобиль, а сзади блокировал другой. Остановив автобус на обочине, бандиты заходили в салон и грабили пассажиров. Таким же образом они грабили водителей грузовиков.

Бойцы ОМОНа стали контролировать почти каждый автобус на маршруте аэропорт — Москва. Они неоднократно вступали в схватку с вооруженными бандитами и в конце концов навели порядок.

На протяжении десяти лет отрядом руководил полковник милиции Игорь Лазаревич Бирагов. Он стоял у истоков создания отряда, прошел в нем путь от лейтенанта до полковника и в 2001 году перешел на службу в МВД.

После него командиром отряда был полковник милиции Александр Иосифович Бибиков, а в апреле 2002 года ОМОН возглавил новый руководитель — подполковник милиции Алексей Владимирович Кузьмин. Он пришел в ОМОН из СОБРа УБОП по Московской области, где был начальником отделения. Ездил в боевые командировки в Чечню, имеет два ранения, кавалер двух орденов Мужества, награжден медалями «За отвагу», «За воинскую доблесть» I и II степени и «За ратную доблесть». До службы в милиции Кузьмин закончил Благовещенское речное училище и на лоцманском судне проводил караваны судов из Карского моря в Енисей. Поэтому ОМОН на воздушном и водном транспорте был логическим продолжением двух его любимых профессий — речника и милиционера.

В 2004 году командиром ОМОНа стал Сергей Владимирович Бекетов, служивший в отряде с самого его основания.

В отряде готовят снайперов, верхолазов, взрывотехников, а с 1995 года — и пловцов-водолазов. Бойцы ОМОНа проходят физическую, тактико-специальную, огневую, инженерную, медицинскую подготовку.

В отряде существует группа подводников. В системе МВД, кроме ОМОНа на воздушном и водном транспорте, по штату боевые пловцы есть только во внутренних войсках. Водолазов ОМОНа привлекали для обеспечения безопасности судов во время проведения Всемирных юношеских игр — пловцы проверяли днища речных судов на предмет обнаружения взрывных устройств. С подобной же целью подводники регулярно производят осмотр многочисленных плотин и шлюзов Москвы-реки. Водолазы тренируются на базе внутренних войск.

В 1998 и 2004 годах подводная группа отряда выезжала в командировку на озеро Байкал, где водолазы во время многочисленных погружений подтвердили высокий класс своей подготовки.

Подразделение всегда находится в боевой готовности. В распоряжении моторизованного взвода есть два катера и два скутера — небольшая флотилия, которая успешно борется с многочисленными нарушениями на водных просторах.

Каждое лето омоновцы задерживают и сдают в Государственную инспекцию по маломерным судам (ГИМС) несколько десятков водных мотоциклов, владельцы которых нарушают правила регистрации водно-транспортных средств или просто хулиганят на воде, создавая угрозу жизни купающихся и мешая судоходству. Эта же флотилия помогает борьбе с браконьерами, которые в путину сотнями выходят на берега рек и озер на преступный промысел.

Чтобы быть принятым на службу в отряд, надо иметь отменное здоровье и соответствующую физическую подготовку, пройти психологические тесты.

Конечно, в ОМОНе, как и во многих подразделениях МВД, существуют проблемы с финансированием и нехваткой сотрудников. Еще несколько лет назад в отряды милицейского спецназа был конкурс — восемь человек на место, претенденты стояли в очереди по нескольку месяцев, чтобы удостоиться чести быть принятыми в отряд. Теперь, конечно, такого конкурса нет, но в отряд все равно попасть непросто. Однако тех, кто поставил перед собой цель и выбрал настоящую мужскую профессию, никакие трудности не остановят.

Первая чеченская кампания для ОМОНа началась в декабре 1994 года. А первыми населенными пунктами, в которые входили омоновцы, были Самашки и Ассиновская, затем — Гудермес и Червленная. В декабре 1996 года омоновцы уходили из Чечни одними из последних.

На той войне ОМОН охранял особо важные транспортные сооружения (станции, мосты и железнодорожные пути), работал с войсковой разведкой, помогал контрразведчикам обезвреживать террористов.

За время первой командировки отряд потерял одного бойца — Игоря Сергеевича Романова, который пришел работать в ОМОН в мае 1995 года. В августе того же года в составе сводного отряда он был направлен в Чеченскую Республику для выполнения специального задания. 9 сентября 1995 года старшина милиции Романов в составе группы осуществлял охрану и оборону железнодорожного моста через Терек. В 23 часа 20 минут пост, на котором нес службу сотрудник, был обстрелян боевиками из автоматического оружия и подствольных гранатометов. Романов получил смертельное ранение.

Для увековечения памяти погибшего сотрудника руководством ОМОНа было принято решение занести его имя в книгу памяти подразделения. У Игоря Романова осталось двое детей. Бойцы ОМОНа не забывают семью Игоря и оказывают ей помощь.

В ноябре 1995 года сотрудник сводного отряда Сергей Бекетов получил тяжелое осколочное ранение при охране железнодорожного моста через Сунжу. Благодаря усилиям врачей и силе воле Бекетов остался служить в отряде и даже стал командиром подразделения.

С октября 1999 года и по настоящее время на счету отряда более десяти командировок в Чечню. Новыми местами дислокации отряда стали населенные пункты Червленная-Узловая, Гудермес, Грозный — железнодорожный вокзал, аэропорт Грозного — «Северный». Тридцать пять процентов личного состава ОМОНа награждены орденами и медалями.

10 февраля 2003 года ОМОН был выведен из города Грозного. А СОБР по сей день ездит в командировки в Чеченскую Республику. Война для собровцев началась в 1994 году, когда СОБРы были впервые направлены туда как наиболее подготовленные подразделения МВД. С 14 декабря 1994-го по 11 января 1995 года их личный состав восемь раз находился в районах боевых действий, в том числе по восстановлению конституционного порядка на территории Чечни и пресечению террористических актов в городе Буденновске Ставропольского края, населенного пункта Первомайское Республики Дагестан.

В Буденновске операцией руководили министр внутренних дел Ерин и начальник ГУБОПа Егоров. Министерский и подмосковный СОБРы уже захватили одно крыло больницы, когда руководство потребовало по телефону, чтобы Егоров прекратил штурм. Надо было тогда боевиков прижать, нельзя было давать спуску террористам, иначе они снова повторят свои действия. Что и произошло позже в Кизляре…