Кроме того, он вызвал недовольство москвичей тем, что в Кремле приказал построить для себя большой деревянный дворец с потайными ходами и комнатами, отменил всеобщий послеобеденный сон, позволил полякам заложить костелы. Москвичам не нравились потехи иноземцев: штурмы снежных крепостей, сооружение потешного «гуляй-города» (крепости, разрисованной изображениями чертей и «страшных мук» и получившей прозвище «Ад»). Горожане полагали, что участие царя в таких увеселениях есть признак его неумения держать себя сообразно царскому «чину».
Московская знать организовала заговор против самозванца, во главе которого встал боярин князь В. Шуйский. Удобный повод заговорщикам доставила свадьба Лжедмитрия с Мариной Мнишек, которая прибыла в Москву 24 апреля 1606 года со свитой в несколько сотен поляков. 8 мая состоялась церемония, которая прошла с рядом серьезных нарушений православных обычаев, что вызвало резкое недовольство части духовенства и московского люда.
14 мая 1606-го начались первые столкновения москвичей с поляками. Горожане громили дома, где жили поляки, убили около 20 знатных шляхтичей, около 400 их слуг и оруженосцев, а также аббата Помасского. Тем временем заговорщики в ночь с 16 на 17 мая ударили в набат, объявили сбежавшемуся народу, что ляхи бьют царя, и, направив толпы на поляков, сами прорвались в Кремль. Захваченный врасплох, Лжедмитрий I пытался сначала защищаться, затем бежал к стрельцам, но последние под давлением боярских угроз, выдали его, и он был застрелен Валуевым. Народу объявили, что, по словам царицы Марии, Лжедмитрий I был самозванец; тело его сожгли и, зарядив прахом пушку, выстрелили в ту сторону, откуда он пришел. Вечером того же дня Марина со своим отцом была отправлена под арест, а затем сослана в Ярославль. Царем стал глава заговорщиков Василий Шуйский.
Спустя ровно год в Стародубе объявился новый самозванец. Он был также выдвинут частью польско-литовской шляхты и опирался на нее. Основную военную силу самозванца составили отряды польских и литовских панов: Лисовского, Сапеги, Рожинского и др. К ним присоединились отряды донских и запорожских казаков, а также отдельные группы служилых людей. Согласно польским источникам, в войске Лжедмитрия II было 40 тысяч поляков.
Не встречая серьезного сопротивления со стороны московского войска, отряды самозванца двинулись к Москве. На зимовку они остановились в Орле. Всю зиму царское войско стягивалось к Волхову, закрывающему подступы от Орла к Туле и к центральным городам. Во главе войска стоял брат царя Д.И. Шуйский. Весной 1608 года царское войско потерпело поражение. Поляки захватили Волхов и двинулись к Москве.
Василий Шуйский выслал из столицы против самозванца новые полки во главе со своим племянником М.В. Скопиным-Шуйским. Но в полках началось разложение. Некоторые воеводы пытались изменить царю и перейти на сторону самозванца. Войско было отозвано. Попытка Лжедмитрия II захватить Москву не увенчалась успехом. Тогда недалеко от столицы, около села Тушино, интервенты устроили укрепленный лагерь. С целью полной изоляции Москвы войско Лжедмитрия стремилось перерезать все пути, ведущие в столицу.
Резиденция Лжедмитрия II (прозванного «тушинским вором») не имела башен и стен, которые хотя бы отдаленно походили на мощные укрепления Москвы. Но царь Василий ничего не мог поделать со своим грозным двойником в Тушине, потому что в стране бушевал пожар гражданской войны. По временам власть «тушинского вора» распространялась на добрую половину городов и уездов страны, включая Ярославль, Вологду, Астрахань, Псков.
На окраинах восставшие низы снаряжали отряды и посылали их на помощь Лжедмитрию II. Некоторыми из этих отрядов командовали собственные казацкие или мужицкие «царевичи». 14 апреля 1608 года Лжедмитрий II в манифесте к жителям Смоленска объявил, что приказал казнить самозваных «царевичей». Приглашая смоленских детей боярских к себе на службу, он пояснял, что в избиениях дворян повинен не он, а «царевич Петр» и другие казацкие «царевичи».
Известия о казнях самозванцев эхом отозвались в казацких станицах. На Волге «потомок» Грозного Осиновик был повешен его «подданными». Зато двух других «царевичей», Ивана-Августа и Лаврентия, казаки привели с собой в Тушино. «Царек» милостиво принял казаков, а двух их «царевичей» велел повесить на дороге из Тушина в Москву.
В Тушине при особе Лжедмитрия II образовались священный собор с «патриархом» во главе и «воровская» Боярская дума. Ключевыми фигурами в «воровской» думе были атаман «боярин» Иван Заруцкий и боярин Михаил Салтыков. Они беспрекословно исполняли все приказы и распоряжения гетмана Ружинского и поляков.
Заруцкий ежедневно расставлял стражу на валах и в воротах, посылал разъезды по разным дорогам, чтобы не допустить внезапного нападения неприятеля.
Лжедмитрий II многократно просил Сигизмунда III о покровительстве и помощи, но наталкивался на отказ. Однако по мере того, как гражданская война подрывала мощь России, военная партия в Речи Посполитой все выше поднимала голову. В Тушине собралось множество польских и русских дворян, пользовавшихся милостями первого самозванца. Все они откровенно презирали «царька» как явного мошенника, но не могли обойтись без него. Творя насилия и грабежи, наемное рыцарство утверждало, что его единственная цель— восстановление на троне «законного государя», свергнутого московскими боярами.
Успехи нового самозванца оказались призрачными. Тушино недолго соперничало с Москвой. Польсколитовское командование рассчитывало взять столицу измором. Когда тушинцам удалось блокировать город, там начался голод. К началу лета 1609 года цены на хлеб в столице резко подскочили. Население осажденного города было измучено дороговизной и голодом. Голодающие грозили, что откроют ворота врагам ради спасения жизни. Василий Шуйский в течение двух лет постоянно был занят тем, что уговаривал москвичей потерпеть, подождать подхода войск, не сдавать город мятежникам.
Знать и дворяне многократно пытались отстранить от власти Василия Шуйского.
В конце мая 1608 года племянник царя князь Михаил Скопин выступил навстречу войскам Лжедмитрия II. Когда полки достигли речки Незнань, Скопин был отозван в столицу, так как государю сообщили об измене. Заподозренные лица были арестованы. Но они принадлежали к высшей знати и не могли быть казнены без боярского суда. Шуйскому пришлось ограничиться служебными перемещениями. Скопин был отправлен царем в Новгород.
Москва находилась в критическом положении. Царь Василий передал войско Скопина под начальство своего брата Ивана. 22 сентября 1608 года князь Иван вступил в бой с неприятелем под Рахманцевом в окрестностях Москвы. Его ратники обратили в бегство полки Микулинского, Вилямовского и Стравинского. В центре они охватили полк Яна Сапеги и завладели всей его артиллерией. Гетман едва избежал плена. Воеводы считали, что противник разгромлен, и не ожидали контратаки. Между тем Сапега вырвался из окружения и бросил в атаку две гусарские роты. Их атака решила исход битвы. Победа обратилась в поражение.
Отряд Лисовского, заняв Дмитров и установив сношения с Тушином, двинулся на Суздаль и Шую и овладел ими. Менее успешными были действия отряда Хмелевского, который потерпел поражение под Коломной.
Оборона Москвы грозила затянуться надолго. Городовые дворяне и дети боярские, израсходовавшие свои продовольственные и фуражные запасы, стали разъезжаться из полков по домам. Начался открытый отъезд служилых людей из Москвы в Тушинский лагерь. Переход дворян и детей боярских на сторону противника имел место не только под Москвой. Во многих северо-восточных городах дворяне и дети боярские переходили на сторону интервентов и вместе с ними сражались против отрядов народного ополчения.
Попытка В. Шуйского поднять боеспособность войска активными действиями против интервентов, хозяйничавших вокруг Москвы, закончилась полной неудачей. Малочисленность и ненадежность войска привели правительство Шуйского к мысли о найме иноземцев. Шуйский решил обратиться за помощью к шведскому королю.