17 августа и в последующие дни три кардинала допросили гроссмейстера Молэ, магистра Кипра, визитора Франции и наставников Нормандии и Пуату. Обвиняемые подтвердили свои прежние показания и смиренно просили отпущения грехов и воссоединения с Церковью, которое и было дано им: к королю обратились с просьбой простить их. 12 августа Климент выпустил целую серию булл, устанавливавших характер судопроизводства, которое следовало применить в данном случае. Булла «Творя милосердие» повелевала прелатам присоединиться к инквизиторским комиссарам, назначенным папой, вызвать к себе тамплиеров и начать розыск против них. Затем должны быть созваны провинциальные соборы для установления личной виновности или невиновности отдельных рыцарей, местные инквизиторы имеют право участвовать во всем делопроизводстве. Результат розысков должен быть переслан папе. Булла «Царствующий на небесах», обращенная к князьям и прелатам, предписывала созыв Вселенского собора в Вьенне.

1 октября 1310 г.; он должен решить участь ордена, обсудить вопрос об освобождении Св. Земли и принять необходимые меры для реформы Церкви. Во второй булле «Творя милосердие» от 8 августа папа формально вызывал тамплиеров явиться на собор лично или выслать своих доверенных, чтобы дать ответ по поводу обвинений, возведенных на орден; кардиналу Палестрины было приказано привести на собор Молэ и наставников Франции, Нормандии, Пуату, Аквитании и Прованса, чтобы они лично услышали решение. Эта серия булл была дополнена 30 декабря новой; в ней папа объявлял тамплиеров подозреваемыми в ереси, приказывал поэтому арестовывать их и передавать епископским судьям, запрещал князьям и прелатам давать им убежище и оказывать им помощь или покровительство под угрозой отлучения от Церкви и интердикта. Еще одна булла к князьям христианского мира приказывала схватить всех еще не арестованных тамплиеров. Папа оставлял за собой суд над магистрами Англии и Германии.

По всей Европе было предпринято преследование тамплиеров. Большое число специальных инквизиторов, которых потребовалось назначить, в сущности, были избраны королем. Во Франции после шести месяцев отсрочки тамплиеров перевели из инквизиторских в епископские суды, организованные Климентом. Папа уполномочил епископов действовать даже вне пределов их епархий; единственной целью было вырвать у обвиняемых признания, достаточные для созыва провинциальных соборов, которые должны были принять окончательные решения. Обвиняемых предупреждали, что тот, кто отречется от признаний, будет сожжен, как еретик-рецидивист. С теми, кто отказался сознаться, поступали по усмотрению епископов и их помощников. Например, клермонский епископ допросил шестьдесят девять тамплиеров; из них сорок сознались, а остальные двадцать девять отказались признать существование в ордене какого-либо порока. Упорствующие заявили, что они настаивают на своих словах, и если они позднее сознаются под страхом пытки или тюрьмы, или другого какого-либо наказания, просили не верить их словам и не обвинять их в этом; после этого их не вынуждали сознаться.

Других спросили, имеют ли они сказать что-либо в свою защиту или готовы выслушать приговор по их делу; они ответили, что не хотят защищаться и не желают слушать приговор, но предают себя милосердию Церкви. Почти всегда невозможно различить действие епископских судов от действия судов инквизиторов, и если обвиняемый перед епископским судом пытался отказаться от признаний, вырванных судом инквизиции, ему грозили пыткой и заставляли подтвердить прежние признания.

Так работали все французские епископы в течение конца 1308 г. и в 1309–1310 гг., имея в виду только личную участь членов ордена. Участь имущества тамплиеров зависела от решения, которое будет вынесено над орденом как над целой конгрегацией; для этого Климент назначил день, когда орден должен был явиться пред Вьеннским собором в лице своих старшин и представителей, чтобы защитить себя и выставить мотивы против уничтожения своего ордена. Так как члены капитула и рыцари были рассеяны по разным тюрьмам Европы, то это было делом совершенно невозможным. Тем не менее буллой от 12 августа 1308 г. папа образовал под председательством Нарбоннского архиепископа комиссию, которой было поручено вызвать к себе всех тамплиеров Франции и переслать протоколы их допросов к нему. Комиссия 8 августа 1309 г. собралась в аббатстве Св. Женевьевы и циркулярами, адресованными к архиепископам королевства, вызвала всех тамплиеров явиться пред ними. В назначенный день 12 ноября комиссары собрались снова, но ни один тамплиер, естественно, не явился. Однако комиссии удалось добиться доставки на суд Молэ, де Перо и еще нескольких братьев, арестованных в Париже. Молэ заявил, что он недостаточно развит и образован, чтобы быть хорошим защитником ордена, но что он будет презирать себя, если не попытается сделать это; он просил как милости, чтобы ему дали помощника и советника, дабы он мог защищать орден. Комиссары напомнили ему, что в делах о ереси не допускаются адвокаты, и предупредили его, каким опасностям он подвергает себя, выступая в защиту ордена после признания справедливости обвинений. Высшие лица ордена были отделены от остальных обвиняемых, так что Молэ, де Перо и де Гонвиль, обольщенные надеждой, что будут судимы особым папским судом, бросили своих учеников. После 28 ноября бальи получили приказание короля отправить под сильным конвоем тех тамплиеров, которые пожелают защищать свой орден. Новый вызов был сделан на 5 февраля 1310 г.; начали доставлять тамплиеров, желавших выступить на защиту ордена. 28 марта сто пятьдесят шесть защитников ордена было собрано в саду епископского дворца, где комиссары объяснили им, зачем их созвали, и посоветовали им выбрать из своей среды шесть, восемь или десять лиц в качестве уполномоченных, которым будут разрешены свидания со всеми заключенными в разных тюрьмах, и они смогут сговориться с обвиненными о способах защиты.

31 марта комиссары приказали своим нотариусам посетить тамплиеров в заключении и сообщить комиссии о желаниях и решениях обвиняемых. Огромнейшее большинство их заявило, что орден был чист и свят, но не знало, что делать в отсутствие старших членов ордена. Они просили, чтобы им прислали опытных и сведущих людей, которые могли бы дать им совет и явились бы от их имени на суд, так как сами они люди простые, неграмотные, заключенные в тюрьму и неспособные действовать; они просили также, чтобы была гарантирована безопасность свидетелям, так как всем тем, кто уже сознался, пригрозили костром, если они откажутся от своих первоначальных показаний.

7 апреля девять делегатов представили от имени всех записку, в которой говорилось, что заключенные не могут выбрать уполномоченных без разрешения гроссмейстера и конвента; но они готовы каждый порознь и все вместе защищать орден и просили разрешения присутствовать на разборе дела. Они заявляли, что обвинения- ужасная и неправдоподобная ложь, выдуманная отступниками и беглецами, которых исключили из ордена за преступления; все это сплетение лжи скреплено пытками отстаивавших истину и поощрением обещаниями или наградами клеветников; они просили, чтобы им было гарантировано покровительство, так как принесшим признание ежедневно грозили костром в случае отречения. В своем ответе узникам обещали похлопотать, чтобы с ними обращались хорошо, строго следуя указам, данным папой страже тамплиеров; и сообщили, что гроссмейстеру было предложено защищать орден, но он отказался, ссылаясь на то, что право суда над ним сохранил за собой сам папа. Дав тамплиерам призрачную возможность защищаться, комиссары принялись собирать свидетельские показание. Они назначили четырех уполномоченных тамплиеров — наставника Орлеана, прокурора ордена перед римской курией и двух рыцарей присутствовать при принесении свидетелями присяги и действовать, смотря по обстоятельствам дела; однако эти лица не были официально допущены в качестве адвокатов ордена. 13 апреля четыре депутата подали новую докладную записку, в которой, упомянув о пытках, при помощи которых были вырваны у подсудимых сознания, подтвердили, что для получения свидетельских показаний тамплиерам были представлены скрепленные королевской печатью грамоты, в которых им обещалась свобода и пожизненная пенсия и сообщалось об окончательном уничтожении ордена.