В условиях, предложенных синьорией, говорилось, что если представитель доминиканцев погибнет один или вместе со своим противником, то Савонарола должен покинуть город, пока его не призовут обратно; если падет один только францисканец, то брат Франческо подвергнется изгнанию; то же наказание было определено той из двух партий, которая в последнюю минуту уклонится от ордалии.

Синьория направила десять граждан председательствовать на испытании, назначенном на 6 апреля, а затем отложенном на один день в надежде, что от папы, к которому обратились за разрешением, будет получен запрет; он действительно пришел, но слишком поздно. 7 апреля на площади Синьории воздвигли огромный костер, который должны были поджечь после того, как в него войдут противники.

Францисканцы прибыли первыми на место испытания. Затем явились около двухсот доминиканцев. Стороны опасались колдовства и требовали выполнения разных условий. В это время синьория объявила, что ордалии не будет, францисканцы удалились, а за ними и доминиканцы. Толпа, терпеливо ожидавшая под проливным дождем и грозой, пришла в ярость, что обещанное зрелище не состоялось. Жители увидели в этом торжество францисканцев; но Савонарола обещал чудо; его сторонники непреклонно верили в его предсказание, так что это нерешенное испытание было в их глазах поражением; это было знамение, что Савонарола не мог рассчитывать на вмешательство Бога. Вера учеников в их пророка поколебалась. На другой день, в Вербное Воскресенье, во время вечерни доминиканец хотел произнести проповедь в кафедральном соборе, но Компаньацци прервали проповедника. Все бросились к Св. Марку. Когда прибыла толпа из собора, то молящиеся с трудом спаслись монастырскими переходами. Дома, принадлежавшие сторонникам Савонаролы, были разграблены и сожжены.

Среди этого волнения синьория выпустила одно за другим четыре объявления; в них приказывалось Савонароле до истечения двадцати часов покинуть флорентийскую область, а всем мирянам не позже чем через час очистить церковь Св. Марка, которая подверглась осаде противников Савонаролы. Наконец, синьория послала стражу схватить Савонаролу и его главных соратников, Доминика и Сальвестро, с обещанием, что им не будет сделано ничего плохого. Сопротивление прекратилось; Савонарола и Доминик были найдены в монастырской библиотеке, но Сальвестро спрятался и был арестован только на другой день. Пленникам надели цепи на руки и на ноги и повели по улицам, их не могли защитить от ударов ногами и кулаками разъяренной толпы.

В тот же день назначили трибунал из семнадцати членов, набранных среди главных врагов Савонаролы. Этот трибунал принялся за дело уже 10 апреля, хотя акт назначения, разрешавший применять пытку, был опубликован только 11 апреля. У папы было испрошено разрешение нарушить неприкосновенность узников, как лиц духовного звания; но дело начали, не дождавшись благоприятного ответа. К членам трибунала присоединились два папских комиссара. Савонарола и его спутники в цепях были приведены в Барджелло. Так как Савонарола не сознавался, ему пригрозили пыткой; угроза не подействовала, и его подвергли пытке на дыбе. Уже первое применение пытки вырвало у Савонаролы полное признание. Он просил прекратить пытку, обещая сказать все, что знал. Допрос его длился до 18 апреля.

С самого начала он признавал себя обманщиком, человеком недостойным веры, единственной целью которого было добиться могущества путем обмана народа. Если бы его проект созыва собора окончился избранием его в папы, то он не отказался бы от этого звания; но если бы этого и не случилось, то он все равно стал бы самым могущественным человеком на земле. Для достижения своих планов он вооружал одних граждан против других и вызвал разрыв между городом и Св. Престолом, стараясь образовать правление по образцу Венецианской республики, причем пожизненным дожем должен был быть его сторонник Франческо Валори.

Добившись у него сознания в том, что он не был пророком и что втайне верил в действительность папского отлучения, его избавили от обвинения в упорной ереси. 19 апреля публично было прочтено в большой зале Совета признание Савонаролы. Однако синьория не была удовлетворена, 21 апреля началось новое дело; Савонаролу снова подвергли пытке и у него вырвали самые полные признания относительно его политических действий. В то же время арестовали массу людей, скомпрометированных его сознанием, а также признаниями Доминика и Сальвестро. Многие из его сторонников бежали из города, 27 апреля арестованные были отведены в Барджелло, где их подвергли жестокой пытке, но не удалось вырвать у них ни одного показания против Савонаролы. У магистратов оставалось мало времени для окончания дела, так как власть их прекращалась в конце месяца. Последним их официальным актом было изгнание 30 апреля десяти обвиненных граждан и наложение на двадцать трех других разных штрафов на общую сумму в двенадцать тысяч флоринов.

Новая синьория, вступившая в управление 1 мая, освободила из тюрьмы всех заключенных граждан, кроме Савонаролы и его товарищей. Последние, как доминиканцы, не подлежали суду светской власти; но синьория немедленно обратилась к папе Александру с просьбой разрешить осудить и казнить их. Папа отказал и повелел передать их на его суд. Республика представила возражения на папское распоряжение в силу того, что Савонарола знал чересчур много тайн государства. Но предложили, чтобы папа прислал во Флоренцию комиссаров, которым было бы поручено вести дело от его имени. Александр согласился на это и 11 мая предложил суффрагану архиепископа Флоренции, епископу Везона, снять сан с подсудимых, принадлежащих к святым орденам, по ходатайству комиссаров, которым было поручено вести допрос и все дело до окончательного приговора. Комиссары прибыли во Флоренцию 19 мая и подвергли Савонаролу третьему суду 20 мая. Савонарола отрекся от признания, вырванного у него пыткою, и утверждал, что он послан Богом. Согласно с инквизиционными правилами, подобное отречение делало его еретиком-рецидивистом, которого можно было сжечь; но судьи еще несколько раз подвергали его пытке, и он взял назад свое отречение.

21 мая под влиянием повторной пытки Савонарола признал участие кардинала Неаполя в проекте созыва Вселенского собора, но 22 мая он отрекся. Приговор был объявлен 22 мая. Подсудимые были осуждены, как еретики, схизматики, мятежники против Церкви, и подлежали выдаче светской власти. Утром 23 мая состоялось публичное снятие сана с осужденных, после чего они были выданы светским властям. От имени папы Александра жертвам дали полное отпущение грехов. Осужденные сначала были повешены, а потом сожжены. Папские комиссары приказали 27 мая, под страхом отлучения от Церкви доставить им все сочинения Савонаролы, но не нашли в них ни одного еретического мнения и вернули их владельцам. Тем не менее Савонаролу сожгли как еретика.

Светские князья следовали примеру Церкви и пользовались обвинением в ереси всякий раз, когда могли заставить духовенство действовать по их воле. Уже в начале XIV в. инквизиционные методы внушили Филлипу Красивому идею уничтожения ордена тамплиеров.

В 1119 г. девять французских рыцарей дали обет очистить дорогу в Иерусалим от разбойников, чтобы паломники путешествовали безопасно. На соборе в Труа в 1128 г. рыцарям был дан устав, выработанный святым Бернаром, и они получили название Бедных Воинов Храма. Вступающие в орден давали монашеские обеты послушания, бедности и целомудрия. Вступающий испрашивал разрешения стать навсегда слугою и рабом «Дома» и его предупреждали, что он бесповоротно лишался свободы.

Слава ордена быстро распространялась по всей Европе: самые знатные рыцари, герцоги и князья отрекались от мира, чтобы послужить в его рядах; на состоявшемся вскоре общем капитуле собралось триста рыцарей, не считая братьев-служителей. Их владения росли беспрерывно. Политика Св. Престола стремилась сделать из рыцарей послушное орудие для распространения папского влияния и для подчинения Риму местных церквей. Поэтому их избавили от пошлин и от всяких налогов; их церквам и домам было предоставлено право убежища; сами они пользовались неприкосновенностью личности наравне с лицами духовного звания; они были освобождены от всяких феодальных обязанностей и присяг и подсудны только одному Риму; епископам было запрещено отлучать их от Церкви. Тамплиеры, бывшие честолюбивыми и воинственными рыцарями, недолго сохраняли аскетические обеты своих основателей. Они злоупотребляли дарованными им привилегиями, чтобы угнетать и теснить людей. Так как они были подсудны исключительно римской курии во всех делах, кроме обвинения в ереси, то были вне преследований за творимый произвол.